IT・ソフトウェア業のM&A|サブスク収益とエンジニア流出の評価ポイント

公認会計士・税理士 監修

この記事は、公認会計士・税理士が代表を務める札幌の会計事務所「ジェイスタート会計事務所」が監修しています。

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IT・ソフトウェア業のM&Aでは、在庫や設備よりも、サブスクリプション収益の継続性とエンジニアの定着が評価の中心になります。解約率や前受金の処理、開発の属人化、ソースコードの権利まで説明できるかどうかで、評価額と交渉の進み方が変わります。

執筆:札幌の公認会計士・税理士(ジェイスタート会計事務所)2026年10月時点の法令に基づき作成

この記事の結論

IT・ソフトウェア業のM&Aでは、継続収益・人材・知的財産という無形の価値を、数字と契約書で説明できるかが評価を左右します。

  • サブスク収益は、解約率・継続率・契約期間から将来キャッシュフローの安定性を見られる
  • 年間契約の前受金は期間按分が前提で、入金時の一括売上はデューデリジェンスで修正される
  • 主要エンジニアへの依存は財務諸表に出ないリスクで、事業譲渡では従業員の個別の同意が要る
  • ソースコードの権利帰属や未払残業代などの簿外債務も確認される
  • 資料の整備には時間がかかるため、検討の初期から準備を始める
目次

IT・ソフトウェア業のM&Aでは何が評価される?

製造業や小売業のM&Aでは、工場設備や在庫といった有形資産の評価が重要になります。IT・ソフトウェア業は有形資産が少なく、無形の価値をどう評価するかが中心的な論点です。

重視されるのは、継続的に発生する収益の質、開発体制を支える人材の定着度、ソースコードなど知的財産の権利関係の三点です。買い手は「引き継いだ後も、今と同じ収益と体制を維持できるか」という視点で財務資料を読み込みます。

評価の軸買い手が知りたいこと説明に使う主な資料
収益の質来期以降も同じ売上が続くか顧客別・契約別の売上一覧、解約の履歴
人材の定着主要エンジニアが残るか、開発が特定の人に依存していないか組織図、在籍年数、採用・離職の状況
知的財産ソースコードやシステムの権利が会社にあるか開発委託契約、利用規約、オープンソースの利用一覧
顧客基盤特定の取引先に売上が偏っていないか取引先別の売上推移と取引年数
IT・ソフトウェア業のM&Aで評価の中心になる要素

譲渡を検討する経営者は、決算書の数字だけでなく、その数字を生み出している契約構造や人的体制まで説明できるように準備しておくことが望まれます。

サブスク収益はどう評価される?解約率と前受金の見方

月額課金や年間契約によるサブスクリプション型のビジネスは、単発の受託開発や売り切り型のライセンス販売に比べて、将来収益の予測可能性が高いのが特徴です。M&Aでは、この予測可能性の高さが企業価値の評価に直結します。

指標意味見られ方
MRR・ARR月次・年次で繰り返し発生する売上単発の売上と分けて示せるか
解約率(チャーンレート)一定期間に解約した顧客数や売上の割合低いほど将来キャッシュフローが安定する
継続率1−解約率。契約が続いている割合顧客数ベースと売上ベースの両方で確認される
顧客あたり収益顧客1社あたりの月間・年間の売上値上げや上位プランへの移行の余地
契約期間・更新条件月額か年額か、自動更新か長期契約の比率が高いほど評価されやすい
サブスクリプション収益で確認される主な指標

同じ年商でも、解約率が低く長期契約の顧客が多い事業と、単発契約中心で入れ替わりが激しい事業とでは、将来得られるキャッシュフローの安定性が大きく異なります。その差が評価額の差になって表れることがあります。

計算例:解約率の違いが顧客1社の価値に与える影響

例えば、月額10,000円のサービスを100社が利用している場合、MRRは10,000円×100=1,000,000円です。

  • 月次解約率が2%の場合:平均継続期間は1÷2%=50か月、1社あたりの売上の生涯価値は10,000円×50か月=500,000円
  • 月次解約率が5%の場合:平均継続期間は1÷5%=20か月、1社あたりの売上の生涯価値は10,000円×20か月=200,000円

MRRが同じでも、解約率によって将来の売上の見込みは2.5倍違います。解約率の逆数は平均継続期間の目安で、継続率は「1−解約率」で表します。

年間契約の前受金は期間按分が前提

年間契約の代金を一括で受け取っている場合、会計上は契約期間にわたって按分して収益を計上します。入金時に全額を売上にしていると、利益が実態より大きく見え、財務デューデリジェンス(買収監査)で修正されます。

計算例:12月決算の会社が10月に年間契約の代金を受け取った場合

例えば、10月1日に年額1,200,000円の契約代金を一括で受け取ったとします。

  • その期の売上:1,200,000円×3/12=300,000円
  • 前受金(翌期以降の売上):1,200,000円−300,000円=900,000円

入金時に1,200,000円を全額売上にしていると、その期の利益は900,000円多く見えます。買い手は過去の決算をこの基準で組み直して評価します。

前受金や売上計上の基本的な処理は、中小企業の経理・会計処理ガイドで確認できます。

受託開発・SESの事業は何を確認される?

受託開発や、エンジニアが顧客先で技術支援を行うSES(システムエンジニアリングサービス)の事業は、サブスクとは別の観点で確認されます。売上が案件の受注状況に左右されるため、案件ごとの採算と契約の実態が論点になります。

論点確認される内容準備しておくこと
売上の計上時期検収時の計上か、進捗に応じた計上か。期末に仕掛かり中の案件の扱い案件別の契約書・検収書・工数の記録
赤字案件見積りを超える工数が出た案件の損失見込み案件別の予算と実績の比較
契約形態請負・準委任・派遣の区分と、実態が契約どおりか契約書と、作業の指示系統の実態
取引先の集中特定の元請けへの売上依存度、単価改定の履歴取引先別の売上推移と契約期間
受注残契約済みで未完成の案件の金額と時期受注残の一覧と見込み工数
受託開発・SES事業で確認される主な論点

SESの契約が準委任でも、顧客先で顧客の指揮命令を受けて働く実態があると、労働者派遣とみなされるおそれがあります。労働者派遣事業の許可の有無とあわせて、法務面の確認が必要になる論点です。

エンジニアが辞めたら会社の価値はどうなる?

IT・ソフトウェア業のM&Aで特有の懸念とされるのが、キーパーソンとなるエンジニアの流出リスクです。開発体制が特定の技術者に依存していると、その人が経営者の交代を機に離職した場合、事業の継続そのものが難しくなります。

このリスクは財務諸表には直接現れない「見えないリスク」として、価格や支払条件の交渉で重要な論点になります。買い手は、開発が属人化していないか、ドキュメントやチーム開発の仕組みが整っているか、主要メンバーとの雇用契約や譲渡後の処遇を確認します。

株式譲渡か事業譲渡かで、雇用の引継ぎ方が違う

株式譲渡は会社の株主が替わるだけなので、雇用契約はそのまま続きます。一方、事業譲渡は従業員が譲受側の会社に移る形になり、一人ひとりの同意が必要です。

事業譲渡で同意が得られないと、主要なエンジニアが移らないまま事業だけが移ることになりかねません。人材への依存度が高い会社ほど、どの方式で譲渡するかが価値の維持に直結します。

流出を防ぐために検討される手当て

  • 開発ドキュメントの整備と、コードレビューなどチーム開発の仕組みづくり
  • 主要メンバーへ説明するタイミングと、譲渡後の処遇の提示
  • 一定期間の在籍を条件にした特別賞与(リテンションボーナス)
  • 譲渡後の業績に応じて対価の一部を支払う条件(アーンアウト)
  • 経営者自身が一定期間残って引き継ぐ期間の設定

会社から支払うリテンションボーナスは賞与として源泉徴収や社会保険料の対象になり、アーンアウトは対価が確定する時期と税務上の扱いが論点になります。条件を決める前に、会計・税務の扱いを確認しておきます。

未払残業代は簿外債務として価格に影響する

エンジニアの長時間労働や、固定残業代の運用が適切でない場合、未払いの残業代が簿外債務(帳簿に載っていない債務)として見つかることがあります。勤怠記録と給与計算の突き合わせは、譲渡前に自社で点検しておきたい項目です。

財務デューデリジェンスでは何を確認される?

IT・ソフトウェア業の財務デューデリジェンスでは、一般的な収益性・安全性の分析に加えて、業界特有の項目が確認されます。主な項目は次のとおりです。

確認項目主なチェックポイント
収益構造サブスク比率、契約継続率、解約理由の傾向
人的資産エンジニアの在籍年数、属人化の度合い、採用・離職の状況
知的財産ソースコードの権利帰属、外部委託先との契約関係、オープンソースのライセンス条件の遵守
顧客基盤特定顧客への売上依存度、取引の継続年数
開発体制開発ドキュメントの整備状況、業務フローの標準化
会計処理前受金の期間按分、ソフトウェアの資産計上と償却、仕掛かり案件の評価
簿外債務未払残業代、賞与・退職金の未計上、無償で約束している保守対応
IT・ソフトウェア業の財務デューデリジェンスで確認される主な項目

これらの項目は、問題がないかを確認するだけでなく、譲渡後にどのような統合作業(PMI:Post Merger Integration)が必要かを見極めるためにも使われます。

正常収益力の調整で利益が見直される

財務デューデリジェンスでは、決算書の利益から一時的な要因を除いた「正常収益力」(事業本来の稼ぐ力)を算定します。中小のIT企業では、次のような調整がよく論点になります。

  • 経営者の役員報酬を、後任者を置いた場合の水準に置き換える
  • 前受金を期間按分した売上に組み直す
  • 一度きりの大型案件や補助金収入を除く
  • 経営者個人に関わる費用や、譲渡後になくなる費用を除く
  • 未払残業代など、計上されていない費用を加える

ソースコードの権利は契約書で確認する

外部に開発を委託したプログラムの著作権は、契約で譲渡を定めていなければ、原則として作成した委託先に残ります。社員が職務として作成したプログラムは、一定の要件を満たせば会社の著作物になります。

オープンソースを組み込んでいる場合は、ライセンスの条件どおりに使っているかも確認されます。委託契約書と利用しているオープンソースの一覧を早めにそろえておくと、権利関係の説明がスムーズです。

  • 顧客別・月別の売上(サブスクと単発を分けた一覧)
  • 解約の履歴と解約理由
  • 前受金の残高と按分の根拠
  • 主要エンジニアの在籍年数と担当システム
  • 開発委託契約・利用規約・オープンソースの利用一覧
  • 勤怠記録と給与計算の資料

日々の処理に抜けがないかは、経理・決算セルフチェックで事前に点検しておくと、資料の整備が進めやすくなります。

株式譲渡と事業譲渡は何が違う?売り手の税金と手続き

中小企業のM&Aでは、オーナーが株式を売る株式譲渡と、会社が事業を売る事業譲渡が主な方式です。売り手の税金だけでなく、従業員や顧客との契約の引継ぎ方も変わります。

項目株式譲渡事業譲渡
売り手株主(オーナー個人など)会社
売り手の税金個人株主の譲渡益は分離課税(所得税・復興特別所得税・住民税の合計20.315%)会社の譲渡益に法人税等。オーナーが受け取るには配当や退職金として別に課税
従業員雇用契約はそのまま続く一人ひとりの同意を得て移る
顧客との契約原則そのまま(支配権の変更に関する条項は要確認)契約ごとに相手方の同意などが必要
簿外債務買い手が会社ごと引き継ぐ引き継ぐ範囲を契約で限定しやすい
消費税株式の譲渡は非課税営業権や機器など課税資産の譲渡は課税
株式譲渡と事業譲渡の主な違い(2026年10月時点)

計算例:オーナーが株式を譲渡した場合の手取り

例えば、出資額10,000,000円の株式を60,000,000円で譲渡し、仲介手数料などの譲渡費用が2,000,000円かかった場合です。

  • 譲渡所得:60,000,000円−10,000,000円−2,000,000円=48,000,000円
  • 税額:48,000,000円×20.315%=9,751,200円
  • 手取り:60,000,000円−2,000,000円−9,751,200円=48,248,800円

譲渡対価の一部を役員退職金として受け取る方法もあります。退職所得控除(勤続20年以下は40万円×年数、20年超は800万円+70万円×(年数−20))を差し引いた額の2分の1が課税対象になる仕組みですが、役員としての勤続年数が5年以下だと2分の1になりません。

退職金が不相当に高額だと、会社側で損金にならない部分が出ます。退職金の水準、会社の資金、買い手との合意によって有利不利が変わるため、方式と支払い方は組み合わせて検討します。

株式譲渡か事業譲渡か、退職金を組み合わせるかで手取りは変わります。初回無料で考え方を確認できます。

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中小のIT事業者はどんな順番で準備する?

札幌市内には、受託開発やSaaS(クラウド型ソフトウェア)を手がける中小のIT事業者が数多くあります。後継者不在や、より大きな資本のもとで事業を伸ばしたいといった理由でM&Aを検討する場合、一般的な流れは次のとおりです。

  1. 現状を整理する財務状況と事業の強み・弱み、顧客別の売上、主要メンバーの担当範囲を棚卸しします。
  2. 企業価値の水準をつかむ専門家に相談し、正常収益力と純資産から評価のおおよその水準を把握します。
  3. 相手先を探す仲介機関やM&A専門家を通じて候補を探します。中小企業庁のM&A支援機関登録制度に登録された機関かどうかも確認材料になります。
  4. 基本合意とデューデリジェンス基本合意書を結び、買い手による財務・法務・労務などの調査を受けます。
  5. 最終契約とPMI最終契約を結び、譲渡後の統合作業で開発体制と顧客を引き継ぎます。

中小規模の事業者は日々の経理処理が簡素化されていることも多く、M&Aを見据えた財務資料の整備には一定の時間がかかります。月次決算や部門別・サービス別の損益を整えておくことは、M&Aをしない場合でも経営判断に役立ちます。

当事務所では、会計・税務顧問として月次の数字を整える段階から、財務コンサルティングとして譲渡に向けた資料づくりや論点整理まで支援しています。

よくある質問

赤字のIT企業でも売却できますか?

赤字でも、継続課金の顧客基盤や技術、人材に価値があれば買い手が見つかる場合があります。赤字の原因が一時的な開発投資なのか、構造的なものなのかを、数字で説明できるかが重要です。

サブスクの指標を管理してこなかった場合、今から用意できますか?

請求データや会計データが残っていれば、過去にさかのぼって顧客別・月別の売上や解約の推移を集計できます。請求の仕組みと会計の売上がずれていないかも、あわせて確認しておきます。

創業者が開発の中心です。売却後も会社に残る必要がありますか?

開発が創業者に依存している場合、買い手から一定期間の引継ぎや在籍を求められることがあります。残る期間や役割、処遇は最終契約の条件として交渉します。

買い手側で、のれん(営業権)は税務上どう扱われますか?

事業譲渡では、買い手は対価のうち資産・負債の時価を超える部分を、税務上5年で均等に損金にするのが一般的です。株式譲渡では買い手は株式を取得するため、税務上の償却はありません。

M&Aの専門家費用に使える補助金はありますか?

事業承継・M&A補助金には専門家活用やPMIの枠があり、上限額は枠と条件により専門家活用が450万〜2,000万円、PMIが150万〜1,000万円です。16次の受付は2026年10月2日〜11月6日17時の予定です(2026年10月3日時点)。対象経費や要件は最新の公募要領で確認してください。

まとめ

IT・ソフトウェア業のM&Aでは、有形資産よりも、サブスク収益の継続性、エンジニアの定着、ソースコードの権利といった無形の価値が評価の中心になります。前受金の期間按分や未払残業代など、買い手が見直すポイントを先に整えておくと、評価と交渉が安定します。譲渡の方式で雇用の引継ぎ方も税金も変わるため、資料づくりと並行して方式も検討しておきましょう。

札幌の公認会計士・税理士事務所

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出典・参考(公的機関)

本記事は2026年10月時点の法令等に基づく一般的な解説です。個別の状況により取扱いが異なる場合がありますので、実際の申告・手続きは税理士等の専門家にご相談ください。

更新履歴:2026年10月 全面改訂

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この記事の執筆・監修

札幌の税理士・公認会計士事務所「ジェイスタート会計事務所」の公認会計士・税理士が、記事を執筆・監修しています。AI×クラウド会計の活用から税務・決算・資金調達・経営改善まで、中小企業の実務に役立つ情報をお届けします。

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