グループ法人税制とは｜完全支配関係の判定と譲渡・寄附・配当のルール

グループ法人税制は、発行済株式の全部を直接・間接に保有する「完全支配関係」にある会社どうしの取引について、譲渡損益の繰延べや寄附金・受贈益、配当の扱いを定めた法人税の制度です。選択制ではなく要件に当てはまれば自動的に適用されるため、社長が全株を持つ複数の会社にも関係します。

グループ法人税制とは？対象になる会社と「強制適用」の意味

グループ法人税制は、平成22年度の税制改正で導入された制度です。株式の全部を持ち合う会社のグループは、経済的には一つの会社に近いと考えられます。そのため、グループ内で資産を動かしたり資金を融通したりしても、その時点では課税関係を生じさせない（または調整する）仕組みになっています。

この制度は、届出や申請をして選ぶものではありません。完全支配関係があれば自動的に適用され、個別に「使わない」と選ぶこともできません。同じくグループを対象とするグループ通算制度は承認を受けて選ぶ制度で、別のものです。

取引・場面	主なルール	対象となる完全支配関係
資産の譲渡	譲渡損益調整資産の譲渡損益を繰り延べる	法人による関係・個人による関係の両方
寄附・資金援助	寄附金は全額損金不算入、受贈益は全額益金不算入	法人による関係のみ
配当の受取り	完全子法人株式等の配当は全額益金不算入	配当の計算期間を通じて完全支配関係がある場合
株式の発行会社への譲渡	自己株式の取得などで株主に譲渡損益を計上しない	法人による関係・個人による関係の両方
子会社の清算	株式の消滅損を計上せず、一定の要件で子会社の欠損金を引き継ぐ	完全支配関係がある子会社
中小法人の特例	大法人の完全子会社は軽減税率などを使えない	大法人による関係

各ルールが適用されるのは、原則として日本の法人（内国法人）どうしの取引です。社長個人と会社の間の取引は対象外で、通常の所得税・法人税のルールで判断します。

完全支配関係はどう判定する？兄弟会社も対象になる

完全支配関係には、一の者が会社の発行済株式の全部を直接・間接に保有する関係（親子の関係）と、同じ一の者に完全支配されている会社どうしの関係（兄弟の関係）の二つがあります。「一の者」は法人だけでなく個人もなり得て、個人の場合は配偶者や親族など特殊の関係のある個人が持つ株式も合わせて判定します。

発行済株式の判定では自己株式を除きます。また、従業員持株会の会員が持つ株式と、役員や従業員がストックオプションの行使で取得した株式の合計が発行済株式の5%未満であれば、それらを除いて判定します。株式のわずかな移動で判定が変わることがあるため、株主の異動があった年は特に注意して見直します。

事業会社と、社長が不動産などを持たせている資産管理会社の株式を同じ社長と家族で全部持っている場合も、兄弟の完全支配関係になります。資産管理会社の役割や注意点は「資産管理会社の仕組みと活用の注意点」で整理しています。

グループ内で資産を譲渡したら？譲渡損益の繰延べ

完全支配関係がある内国法人どうしで「譲渡損益調整資産」を譲渡した場合、売った会社の譲渡益や譲渡損は、その時点では課税所得に反映せず繰り延べます。譲渡益に課税されない代わりに、譲渡損も損金にできません。含み損のある資産をグループ内で売って損を出す、といった使い方はできない点に注意が必要です。

区分	内容
対象になる資産	固定資産、土地（棚卸資産の土地を含む）、有価証券、金銭債権、繰延資産
対象外の資産	売買目的有価証券、土地以外の棚卸資産、譲渡直前の帳簿価額が1,000万円に満たない資産
1,000万円の判定単位	土地は一筆ごと、建物は一棟ごと、有価証券は銘柄ごとなど、資産の単位ごとに判定する
繰り延べた損益が実現するとき	買った会社での再譲渡・減価償却・評価換え・貸倒れ・除却など、または完全支配関係がなくなったとき

繰延べと戻入れの処理を正しく行うため、売った会社は買った会社に「譲渡損益調整資産である旨」を通知し、買った会社は再譲渡や償却などの事由が生じたときに売った会社へ通知する仕組みになっています。グループ外の第三者には関係ない手続きでも、グループ内では書面で記録を残しておきます。

グループ内の寄附・資金援助・債権放棄はどうなる？

法人による完全支配関係がある内国法人の間で寄附をした場合、支出した側の寄附金は全額が損金不算入、受け取った側の受贈益は全額が益金不算入になります。資金の贈与だけでなく、債権放棄、無償や低い価格での資産の譲渡、無償の役務提供も寄附にあたることがあります。

一方、社長個人がグループの頂点にいる兄弟会社どうしでは、この規定は適用されません。寄附をした側は通常の寄附金として損金算入の限度額を超える部分が損金不算入となり、受け取った側の受贈益は益金として課税されます。兄弟会社の間で株主（親族）どうしの財産の価値を移すことを防ぐため、対象から外されているとされています。

配当・自己株式・清算：株式に関するルール

配当の計算期間を通じて完全支配関係がある会社（完全子法人）から受け取る配当は、全額が益金不算入です。通常の株式の配当と違い、借入金の利子を差し引く計算もありません。ただし、申告書の別表への記載など手続きは必要で、単純に「税金がかからない」と済ませないようにします。2023年10月1日以後に支払う完全子法人株式等の配当は、所得税の源泉徴収も不要になっています。

完全支配関係がある会社の株式を、その発行会社に譲渡した場合（自己株式の取得など）は、株主側で株式の譲渡損益を計上しません。配当とみなされる部分（みなし配当）は、上の配当のルールで扱います。

完全子会社を清算して残余財産が確定した場合も、親会社は子会社株式の消滅損を損金にできません。その代わり、一定の要件を満たせば、子会社に残っていた欠損金を親会社が引き継げます。赤字の子会社を清算するか存続させるかを決めるときは、欠損金の引継ぎができるかどうかも含めて比較します。

大法人の完全子会社は、中小企業向けの特例が使えない？

資本金5億円以上の法人（大法人）による完全支配関係がある会社は、自社の資本金が1億円以下でも、法人税の中小法人向けの特例が使えません。複数の大法人が株式を全部持っている場合も同様です。グループ入りや持株会社化を検討するときは、失う特例まで含めて損得を比べます。

• 年800万円以下の所得に対する軽減税率15%（2027年3月31日までに開始する事業年度）
• 交際費の定額控除限度額800万円（2027年3月31日までに開始する事業年度）
• 欠損金の繰越控除を所得の全額まで使えること（それ以外の法人は所得の50%まで）
• 欠損金の繰戻しによる還付、貸倒引当金の繰入れ、特定同族会社の留保金課税の不適用

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なお、経営強化税制などの租税特別措置法の特例で使う「中小企業者」の判定は、大規模法人の持株割合などの別の基準で行います。法人税の中小法人の判定とあわせて、両方を確認しておきます。

実務で何を準備する？出資関係図と取引台帳

完全支配関係がある会社がある場合、法人税の確定申告書には、グループ内の資本関係を示した「出資関係図」を添付します。強制適用のため「知らないうちに対象取引をしていた」という事態が起こりやすく、決算のたびに次の三点を更新する運用が有効です。

• 最新の資本関係図（社長の親族が持つ株式、従業員持株会の株式も含めて）
• グループ内の資産の移転・寄附・配当・貸付けを記録した取引台帳
• 繰り延べた譲渡損益を資産ごとに管理する表（戻入れの事由と時期を含む）

繰り延べた譲渡損益は、対象資産の再譲渡や償却などをきっかけに数年後に実現します。管理表がないと、担当者が替わったときや数年後の申告で戻入れが漏れやすくなります。グループ内の取引は、次の順番で確認してから実行すると安全です。

1. 完全支配関係の有無と種類を確かめる株主名簿で、頂点が法人か個人か、親族や持株会の株式を含めて全株を持っているかを確認します。
2. 対象の資産か判定する資産の種類と、単位ごとの帳簿価額が1,000万円以上かを確認します。
3. 時価を把握する時価と取引価格に差があると、寄附金・受贈益の問題になります。不動産は鑑定や査定で根拠を残します。
4. 相手側の処理と通知をそろえる売った会社と買った会社で、繰延べ・寄附修正・通知の内容を一致させます。
5. 申告書に反映する別表への記載と出資関係図の添付を行い、管理表を更新します。

グループ会社の決算・申告を継続して見る体制については「会計・税務顧問のご案内」をご覧ください。

よくある質問

まとめ

グループ法人税制は、完全支配関係にある会社どうしの譲渡損益・寄附・配当などの扱いを定めた制度で、選択できない強制適用です。社長個人が全株を持つ兄弟会社も対象になる一方、寄附金・受贈益のルールは法人が頂点のグループに限られるなど、株主構成によって扱いが変わります。資本関係図・取引台帳・繰延損益の管理表を整え、グループ内の取引は実行前に確認しましょう。