会社経営者が亡くなったときの手続き｜会社の登記・自社株・死亡退職金と期限

会社経営者が亡くなったときは、一般的な相続手続きに加えて、代表取締役の変更登記、自社株式の評価と承継、死亡退職金の支給など、会社に関する手続きが同時に発生します。登記は2週間以内、相続税の申告は10か月以内と期限が重なるため、会社と家族の手続きを並行して進めます。

会社側で優先して行う手続き

代表取締役が死亡した場合、まず会社として速やかに対応すべき事項があります。社内の意思決定、登記、外部への連絡の三つを同時に動かします。

手続き	内容	期限・注意点
後継の代表取締役の選定	取締役会設置会社は取締役会、取締役会を置かない会社は株主総会などで、新しい代表者を選ぶ	取締役の人数が法律や定款で定めた数を下回るときは、株主総会で新しい取締役も選ぶ
変更登記	代表取締役の死亡による退任と、新しい代表取締役の就任を法務局に申請する	変更が生じた日から2週間以内（会社法第915条）
金融機関・取引先への連絡	代表者の変更を通知する。金融機関では口座の届出や届出印などの変更が必要	届出が済むまで、手続きによっては進められないことがある
借入・保証・保険の確認	代表者の個人保証がついた借入と、会社が受け取る生命保険の死亡保険金の請求を確認する	保険金の請求は、保険会社に早めに連絡して進める
許認可などの届出	代表者の変更の届出が必要な許認可や契約を洗い出す	業種によって届出先と期限が異なる

変更の登記は、変更が生じた日から2週間以内に申請することが会社法で定められています（会社法第915条）。新しい代表者は正式な選定を経て決まるため、取締役会や株主総会の日程を早めに固めることが、期限を守るための第一歩です。

自社株式（非上場株式）の評価と承継

非上場会社（中小企業の多く）の自社株式は、相続財産として相続税の対象になります。評価方法は、国税庁が定める「取引相場のない株式の評価」（財産評価基本通達）に従います。

評価方式	内容	主に使われる場面
類似業種比準方式	業種が似た上場会社の株価をもとに、配当・利益・純資産の3要素を比べて評価する	大会社・中会社の株式を、同族株主が取得する場合（中会社は純資産価額方式と併用）
純資産価額方式	会社の資産・負債を相続税の評価額に置き直し、純資産から評価する	小会社の株式を、同族株主が取得する場合（類似業種比準方式との併用も選べる）
配当還元方式	過去の配当の実績から評価する	同族株主以外の少数株主が取得する場合

評価方法は主に「類似業種比準方式」「純資産価額方式」またはその併用で、会社の規模・業種・純資産などによって決まります。業績が好調な会社ほど株価評価が高くなり、相続税が多額になることがあります。事前の株価対策（役員退職金の活用など）が有効な場合もありますが、その有効性は個別の状況によります。

亡くなった後の評価では、会社が受け取る生命保険金と、支給が決まった死亡退職金の扱いが評価額を大きく動かします。純資産価額方式では、会社が受け取る死亡保険金は資産に加わり、遺族に支給する死亡退職金は負債として差し引かれます。評価の前に、支給額と保険金の額を確定させておきます。

相続税の申告と納付の期限は、相続の開始があったことを知った日の翌日から10か月以内です。自社株式の評価には決算書や株主名簿などの資料が必要で時間がかかるため、早めに着手します。

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死亡退職金・弔慰金の税務上の扱い

会社が遺族に支給する死亡退職金と弔慰金は、税務上それぞれ異なる扱いとなります。

支給の種類	相続税の扱い	非課税枠など
死亡退職金	みなし相続財産として相続税の対象	500万円×法定相続人の数が非課税（相続人が受け取った分に限り、相続を放棄した人は使えない）
弔慰金（業務上の死亡）	一定額まで相続税は非課税	死亡当時の普通給与×36か月分が目安
弔慰金（業務外の死亡）	一定額まで相続税は非課税	死亡当時の普通給与×6か月分が目安
弔慰金の目安を超える部分	退職手当金等として相続税の対象	死亡退職金と合わせて非課税枠を計算する

死亡退職金は会社の損金に計上できるため、適切な金額で支給すれば法人税の節税にもなります。ただし、不相当に高額な退職金は損金算入が認められない場合があるため、在任期間・報酬額・同規模他社との比較を踏まえた金額設定が重要です。

支給額の確定が遅れると、相続税ではなく、受け取った遺族の所得税（一時所得）の対象になる場合があります。株主総会（または取締役会）で支給額を早めに決議し、議事録に残しておきます。

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事業承継と相続税の関係

後継者が自社株式を相続・贈与で取得する際には、「非上場株式等についての相続税・贈与税の納税猶予及び免除の特例」（事業承継税制）を利用できる場合があります。

区分	内容	期限・注意点
一般措置	相続税・贈与税の一定割合を納税猶予	対象になる株式や猶予の割合に上限があり、雇用の維持などの要件もある
特例措置	2018年度税制改正で創設。対象株式の全部について全額の猶予が可能（特例承継計画の提出が必要）	特例承継計画の提出期限は2027年9月30日（令和8年度改正で延長）。相続・贈与の期限は2027年12月31日のまま

経営者が亡くなった後でも、相続で特例措置を使える場合があります。相続の場合も、相続開始後の期限内に都道府県知事の認定を受ける必要があり、後継者が会社の役員・代表者であることなどの要件もあります。相続税の申告期限より前に手続きが必要になるため、適用を考えるなら早めに動きます。

特例措置の適用要件や手続きは複雑です。令和9年度税制改正に向けて制度の見直しが要望されていますが、2026年10月時点で内容は決まっていません。事前に税理士などの専門家に相談することをおすすめします。制度の全体像は事業承継税制のガイドにまとめています。

社長個人の土地を会社が使っている場合

社長が所有する土地を会社の事業に使っていた場合は、小規模宅地等の特例の「特定同族会社事業用宅地等」として、400㎡まで評価額を80%減らせる場合があります。主な要件は次のとおりです。

• 被相続人と親族などが株式の過半を持つ会社の事業（不動産の貸付けなどを除く）に使われていた
• 会社から相当の地代・家賃を受け取っていた
• 相続した親族が、相続税の申告期限に会社の役員である
• 相続した親族が、申告期限までその土地を持ち続ける

地代を受け取らずに無償で貸していた場合は、この特例の対象になりません。土地を個人と法人のどちらで持つかの考え方は、個人と法人のどちらで不動産を持つかの比較も参考にしてください。

具体例｜代表者死亡直後の初動対応の順序

たとえば代表取締役が急逝した場合、まず社内では新しい代表者を誰にするかの意思決定を優先し、並行して金融機関への連絡と生命保険の請求手続きを進めるのが一般的な流れです。

1. 直後：社内の体制を決める新しい代表者の候補と、当面の決裁・支払いの担当を決めます。取引先・従業員への説明の方針もここで決めます。
2. すぐに：金融機関と保険会社に連絡する代表者の変更の予定を伝え、借入と保証の状況を確認し、会社が受け取る生命保険の請求を始めます。
3. 2週間以内：新しい代表者を選定して登記する取締役会や株主総会で新しい代表取締役を正式に選び、変更の登記を申請します。
4. 早めに：相続の全体像を確かめる遺言の有無、相続人、財産と債務（保証債務を含む）を把握し、相続放棄を検討するかを判断します。相続放棄には家庭裁判所への申述の期限があります。
5. 並行して：死亡退職金を決議し、準確定申告を準備する支給額と弔慰金の区分を決議し、亡くなった方の所得税の準確定申告を準備します。準確定申告の期限は、相続税の申告より早く来ます。
6. 10か月以内：相続税を申告・納付する自社株式の評価を固め、事業承継税制を使うかどうかを決めて申告します。

登記の変更は株主総会や取締役会での正式な選定を経てから行うため、社内合意の形成が遅れると、2週間以内という登記の期限にも影響します。取引先への連絡は、代表者変更の登記が完了してから行う会社もあれば、混乱を避けるため先に一報を入れる会社もあり、対応方針を早めに決めておくことが望まれます。

相続で早めに確認しておくこと

• 財産の一覧（不動産・預貯金・有価証券・保険）
• 借入金・未払金などの債務と、会社の借入の保証
• 法定相続人の確認
• 遺言の有無
• 自社株の評価と、承継の方針（後継者・株式を誰が相続するか）

見落としやすいポイント

ポイント	起きること	対応
経営者保証の承継	亡くなった経営者の会社の借入への個人保証は、相続人に引き継がれる。保証債務は原則として、相続税の計算で差し引けない	保証人としての地位がどう引き継がれるかを金融機関に確認する。相続放棄を検討する場合は特に早めに確認する
社長の会社への貸付金	会社から見た役員借入金は、社長の相続財産（貸付金）として額面で評価されるのが原則	会社の返済余力を確かめ、相続した貸付金の扱い（返済を受ける・放棄する）を、会社の課税への影響も含めて検討する
準確定申告の準備	経営者本人の所得税について、相続人が準確定申告を行う。死亡後に支給日が来る役員報酬は、所得税ではなく相続税の対象になる	役員報酬の源泉徴収票や不動産所得などの資料を早めに集め、会社の手続きと並行して準備する
弔慰金と死亡退職金の区分	名目と金額があいまいだと、相続税と法人税の扱いが分かれる	どちらの名目でいくら支払うかを明確に分けて、議事録・規程に残す
役員退職慰労金規程の有無	規程がないと、支給額が「不相当に高額」でないことを説明しにくい	規程がない場合は、支給額の根拠（在任期間・報酬額・同規模の会社との比較）をどう説明するかを検討する
会社名義の生命保険	会社が受け取る死亡保険金は会社の益金になり、自社株式の評価にも影響する	保険金の使い道（死亡退職金の原資・借入の返済など）を決めておく

実務ワンポイント｜相談先の整理

会社経営者の相続は、法務局への登記手続きは司法書士、相続税・自社株評価は税理士というように、複数の専門家が関わります。顧問税理士がいる場合は、まず状況を共有し、必要な専門家を紹介してもらう形で進めると、初動の混乱を抑えやすくなります。

手続き	主な相談先
代表者の変更登記、不動産の相続登記	司法書士
相続税の申告、自社株式の評価、準確定申告、死亡退職金の税務	税理士
遺産分割の争い、相続放棄の判断	弁護士
事業承継税制の認定の申請	都道府県（札幌市内の会社は北海道）。計画づくりは税理士などと進める
借入・保証の扱い	取引金融機関

当事務所では、自社株評価・死亡退職金の設計・事業承継税制の活用など、経営者の相続に特有の論点を一括してご相談いただけます。会社の決算・税務と、ご家族の相続税の申告を同じ目線で整理できるのが、税理士に相談する利点です。

よくある質問

まとめ

会社経営者が亡くなったときは、新しい代表者の選定と変更登記（2週間以内）、金融機関・取引先への連絡を最優先に進めます。並行して、死亡退職金の支給額と弔慰金の区分を決議し、自社株式を財産評価基本通達で評価して、相続税の申告（10か月以内）と事業承継税制の適用を判断します。保証債務や社長の貸付金など見落としやすい論点も含め、早めに専門家と整理しましょう。