修正申告を税理士に依頼した場合、内容の確認から申告書提出・追加納税まで、おおむね2週間〜2か月程度かかるのが一般的です。案件の複雑さや資料の準備状況によって変わるため、本記事では依頼から完了までのステップと、各フェーズの所要時間の目安を、札幌の税理士・公認会計士事務所が解説します。
この記事は、こんな方に役立ちます
- 決算・申告を控えて段取りを確認したい経営者
- 記帳や決算整理をどこまで自社でやるか迷っている方
- 申告期限と納税の流れを把握したい方
- 修正申告の標準的な所要期間は2週間〜2か月程度で、資料の準備状況や内容の複雑さで変わります。
- 自主修正は税務調査の着手前に行うほど、加算税の負担を抑えられる場合があります。
- 相談前に申告書の控えと帳簿・証憑を準備しておくと、手続きがスムーズに進みます。
- 複数年・複数税目に及ぶ修正や税務調査対応は、早めに税理士に相談することをおすすめします。
1. 修正申告の全体フロー
修正申告の手続きは、大きく次の5ステップに分かれます。
- ステップ1：状況の相談・資料収集
- ステップ2：申告内容の確認・誤りの特定
- ステップ3：修正申告書の作成
- ステップ4：税務署への提出
- ステップ5：追加税額（本税＋加算税・延滞税）の納付
2. 各ステップの詳細と所要時間の目安
各ステップの内容と、一般的な所要時間の目安を整理します。
| ステップ | 主な作業内容 | 所要時間の目安 |
|---|---|---|
| 1. 相談・資料収集 | 税理士との初回相談、申告書の写し・帳簿・証憑の収集 | 数日〜1〜2週間（資料が揃うまでの時間による） |
| 2. 誤りの特定・分析 | 誤りの原因・修正すべき項目の特定、追加税額の試算 | 数日〜1週間 |
| 3. 修正申告書の作成 | 修正後の計算・申告書の作成・内容の確認 | 数日〜2週間（複雑な案件はさらに時間がかかる場合あり） |
| 4. 税務署への提出 | e-Tax提出または持参・郵送 | 当日〜数日 |
| 5. 追加税額の納付 | 本税・過少申告加算税・延滞税の計算・納付 | 提出後おおむね2週間以内に納付が一般的 |
資料が揃っていてシンプルな修正（収入の申告漏れ1件など）であれば、依頼から提出まで2〜3週間程度で完了するケースもあります。一方、複数年・複数税目・税務調査対応を含む場合は2か月以上かかることもあります。
3. 税務調査中の修正申告と自主修正の違い
修正申告には「自主的な修正」と「税務調査の過程での修正」という2つの経路があり、加算税の扱いが異なります。
- 自主修正（調査着手前）：過少申告加算税が課されないか軽減される場合があります。延滞税は法定納期限の翌日から発生します。
- 税務調査の通知後〜調査中の修正：調査の事前通知後は過少申告加算税の軽減割合が下がります（5%加算の場合など）。
- 調査の結果による修正：調査担当者からの指摘に基づく修正申告では、原則として過少申告加算税が課されます。
申告に誤りがある可能性に気づいたら、税務調査の通知が来る前に税理士へ相談することが早期解決につながります。
4. 修正申告を早期に終わらせるための準備
修正申告の所要期間を短縮するために、相談前に準備しておくと役立つ書類があります。
- 修正対象年分の申告書（控えのコピー）
- 当該年分の帳簿・総勘定元帳（会計ソフトのデータ）
- 修正の原因となる証憑（契約書・領収書・売上明細など）
- 源泉徴収票や支払調書（給与・報酬がある場合）
具体例｜相談から納税完了までの日数をイメージする
たとえば給与所得者が副業の申告漏れ1件に気づき、税理士に相談したケースを考えてみます。必要な資料（源泉徴収票・副業の売上明細など）がすでに手元にそろっていれば、内容確認から申告書提出まで2〜3週間程度で進み、その後の納税まで含めても2週間〜2か月の目安の範囲内におさまりやすいケースです。一方、同じ副業でも複数年分の売上明細を一から探すところから始める場合は、資料収集の段階で日数がかかり、2か月以上に近づいていきます。準備状況によって同じ「修正申告」でも所要日数に大きな差が出る点を押さえておきましょう。
見落としやすいポイント
- 資料収集がボトルネックになりやすい／修正申告の所要日数は、税理士の作業時間よりも依頼者側の資料収集に左右されることが多いため、通帳や領収書は早めに整理しておくと全体の期間を短縮できます。
- 税務署の処理期間は別途かかる／申告書を提出してから納税額の通知や還付までには、税務署側の処理期間が別途必要になる場合があるため、提出＝完了ではない点に注意します。
- 担当者が変わると確認に時間がかかることがある／顧問税理士以外に依頼する場合、過去の経緯を一から説明する必要があり、資料の受け渡しに時間がかかることがあります。
- 納税資金の準備は申告と並行して進める／申告書の作成を待ってから納税資金を用意し始めると納付までの期間がさらに延びてしまうため、試算の段階から資金準備を並行して進めておくと安心です。
実務ワンポイント｜オンラインでのやり取りを活用する
修正申告の相談では、必ずしも毎回対面で打ち合わせをしなくても、オンライン面談やメール・チャットでの資料共有を組み合わせることで、やり取りの往復にかかる時間を短縮できる場合があります。特に遠方や日中の時間が取りにくい方は、資料をスキャンやスマートフォンで撮影して共有する方法も含めて、税理士に相談時の進め方を確認しておくとスムーズです。
相談前にしておきたいセルフチェック
税理士に相談する前に、いくつかの点を自分なりに整理しておくと、初回の打ち合わせがスムーズに進みます。
- 誤りに気づいたきっかけ／どの取引や書類を見て誤りに気づいたのかをメモしておくと、税理士が状況を把握しやすくなります。
- 対象になりそうな年数の見当／同じ処理を何年続けていたかを振り返り、対象になりそうな年数のおおよその見当をつけておきます。
- 税務署からの連絡の有無／すでに税務署から連絡や通知が来ている場合は自主修正の扱いが変わるため、届いた書類一式を用意しておきましょう。
まとめ
修正申告の手続きは当事務所へ
当事務所は、札幌・北海道の修正申告・税務調査対応を手がける税理士・公認会計士事務所です。スポット依頼にも対応しています。料金やご契約の流れは料金・契約・業務フローのページを、ご相談はお問い合わせフォームからお気軽にどうぞ。
決算前にそろえておく主な書類
- 売上・仕入の請求書と入金記録
- 預金通帳・借入金の返済予定表
- 請求書・領収書（経費）
- 固定資産の取得・売却の資料
- 棚卸表（在庫の数量と金額）
※本記事は2026年9月時点の法令・情報に基づく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の適用にあたっては税理士等の専門家にご相談ください。
出典・参考情報（公的機関）
本記事は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の税務判断・アドバイスを行うものではありません。税制・法令は改正される場合があります。実際の申告・手続の際は、上記の公的機関が公表する最新情報をご確認のうえ、税理士など専門家へご相談ください。