休眠会社の手続きは「税務署への届出→都道府県・市区町村への届出→申告書の提出」という流れが基本です。解散・清算より手順は少ないものの、複数の行政機関への届出が必要になります。
この記事では、休眠手続きの標準的な流れと、各ステップの所要日数の目安を整理します。費用については関連記事「休眠会社の手続き：費用はいくら？」も合わせてご確認ください。
この記事は、こんな方に役立ちます
- 税理士の顧問料や費用の相場を知りたい方
- スポット相談か顧問契約か迷っている方
- 依頼の流れと範囲を把握したい方
- 休眠前に役員任期・未払税金・契約の整理を先に行うことが大切。
- 税務署・都道府県・市区町村の3か所への異動届が基本の流れ。
- 休眠中も申告・均等割の納税・登記管理（みなし解散への注意）は続く。
- 事業再開時は逆方向の届出が必要。役員任期のリセットも確認する。
休眠前に確認すること
休眠に入る前に、財務・法務上の整理が欠かせません。見落としがあると、後から追加の費用や手続きが発生してしまいます。
- 未払いの税金・社会保険料がないか確認する（滞納があると休眠後も請求・督促が続く）。
- 役員の任期を確認する。任期が切れると登記変更が必要になり、放置すると過料が発生するリスクがある。
- 口座・契約（リース・回線など）の解約・精算をまとめておく。
- 従業員がいる場合は離職・社会保険喪失の手続きを先に完了させる。
休眠手続きの標準的な流れ
休眠に向けた手続きの標準的な流れは、次のとおりです。なお、依頼する事務所や管轄自治体によって、順序や様式が異なる場合があります。
| ステップ | 内容 | 所要日数の目安 |
|---|---|---|
| 1. 事前整理 | 役員任期・未払税金・契約の確認と整理 | 1〜2週間程度 |
| 2. 税務署への届出 | 異動届出書の提出（事業の廃止または休止） | 書類提出後即日〜数日 |
| 3. 都道府県・市区町村への届出 | 各自治体の異動届（様式・呼称は自治体により異なる） | 1〜2週間程度（自治体窓口の混雑による） |
| 4. 法人税・地方税の申告 | 休眠前の事業年度の決算・申告書作成・提出 | 申告の期限（決算後2か月以内）に合わせて準備 |
| 5. 休眠中の管理 | 毎事業年度の申告（均等割含む）、役員任期の管理 | 継続的（年次） |
税務署への届出書は国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。都道府県・市区町村の届出は自治体ごとに様式が異なるため、主たる事務所の所在地を管轄する都道府県・市区町村のホームページでご確認ください。
休眠中の申告義務と注意点
休眠中であっても、毎事業年度に法人税の申告書を提出する義務があります。売上や所得がゼロでも申告は必要です。なお、一定の要件のもとで申告が不要となる特例が認められるケースもあります。
- 法人税の申告の期限は、事業年度終了の翌日から2か月以内が原則。延長申請が可能な場合もある。
- 均等割（法人住民税）は、申告・納税を怠ると延滞税・加算税の対象になる。
- みなし解散に注意：会社法上、最後の登記から12年が経過した株式会社は、法務局から「まだ事業を継続しているか」の確認通知が届き、回答しないとみなし解散になる場合がある。休眠中も登記の管理が必要。
休眠から事業を再開する場合の流れ
休眠を解除して事業を再開する場合は、休眠時とは逆方向の届出が必要です。
- 税務署へ「異動届出書」（事業の再開）を提出する。
- 都道府県・市区町村にも再開の届出を行う。
- 役員任期が切れていた場合は先に役員変更登記を済ませる。
- 従業員を新規採用する場合は労働保険・社会保険の手続きも必要。
具体例｜役員任期切れが休眠中に到来するケース
たとえば、休眠に入った時点で役員の任期があと1年程度残っていたとしても、休眠中に任期が満了すれば、通常どおり役員変更登記（重任登記を含む）が必要になります。休眠中だからといって登記の義務がなくなるわけではなく、放置すると過料の対象になる点は休眠前の確認事項と同じです。あらかじめ任期満了の時期を把握し、カレンダーなどで管理しておくと、うっかり登記を忘れるリスクを減らせます。
見落としやすいポイント
- 休眠中の郵便物・行政からの通知／休眠中も税務署や自治体からの通知・申告書の送付は続きます。登記上の本店所在地に郵便物が届かない状態になっていると、重要な通知を見落とすことがあります。
- 代表者の住所変更／休眠中に代表者が引っ越しをした場合も、登記上の住所変更手続きは別途必要です。休眠中だからと後回しにすると、変更漏れが積み重なることがあります。
- 社会保険・労働保険の脱退手続き／従業員がいなくなった時点で社会保険・労働保険の適用事業所を脱退する手続きが必要です。休眠届と別の窓口になるため、あわせて確認します。
- 取引先への通知範囲／休眠に入ることを誰にどこまで伝えるかは、今後の取引再開のしやすさにも影響します。伝える相手と伝え方を事前に整理しておくと安心です。
実務ワンポイント｜申告不要の特例を使う場合の注意
休眠中は一定の要件のもとで申告が不要となる特例が使えるケースがありますが、要件を満たしているかどうかの判断には注意が必要です。自己判断で申告をしないままにしてしまうと、後から加算税などのリスクにつながることもあるため、特例の適用可否は税理士に確認してから判断することをおすすめします。
まとめ
休眠会社の手続きをスムーズに進めたい方へ
当事務所は、休眠前の届出代行・決算・申告から、休眠中の年次管理・再開支援まで対応する札幌の税理士・公認会計士事務所です。みなし解散への対策を含め、個別のご状況に合わせてサポートいたします。
料金やご契約の流れは料金・契約・業務フローのページを、ご相談はお問い合わせフォームからどうぞ。
料金を相談する前に整理しておくと早いこと
- 業種と年間の売上規模
- 記帳を自社でやるか依頼するか
- 訪問・オンラインなど希望の対応方法
- 現在の課題（節税・資金繰り・申告など）
- 法人か個人事業かと決算月
※本記事は2026年9月時点の法令・情報に基づく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の適用にあたっては税理士等の専門家にご相談ください。
出典・参考情報（公的機関）
本記事は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の税務判断・アドバイスを行うものではありません。税制・法令は改正される場合があります。実際の申告・手続の際は、上記の公的機関が公表する最新情報をご確認のうえ、税理士など専門家へご相談ください。