休眠会社の手続きの流れと所要日数｜届出先・休眠中の申告・再開まで

休眠会社の手続きは、役員任期・未払税金・契約の事前整理（1〜2週間程度）から始め、税務署（即日〜数日）、都道府県・市区町村（1〜2週間程度）へ休業の届出をする流れです。休眠中も法人税の申告義務は続き、株式会社は登記を12年放置するとみなし解散の対象になります。

休眠前に何を確認する？事前整理のチェックリスト

休眠に入る前に、財務・法務上の整理を済ませておくことが大切です。見落としがあると、休眠後に追加の費用や手続きが発生し、再開や清算のときの負担も大きくなります。

• 未払いの税金・社会保険料がないか確認する（滞納があると休眠後も請求・督促が続く）
• 役員の任期と次の満了時期を、定款と前回の登記の日付から確認する（任期が切れたまま放置すると過料のリスクがある）
• 口座・契約（リース・回線・保険・サブスクリプションなど）の解約・精算をまとめておく
• 従業員がいる場合は、退職・雇用保険の離職・社会保険の資格喪失の手続きを先に済ませる
• 役員報酬の支払いをやめる場合は、社会保険と源泉所得税（給与支払事務所）の手続きも確認する
• 許認可を持っている場合は、休業時の届出や更新の扱いを所管の行政庁に確認する

休眠と解散・清算のどちらを選ぶか

休眠は、解散・清算より手順が少なく、会社を残したまま事業を止められる方法です。ただし毎年の管理は続くため、再開や売却の見込みがないなら、解散・清算で会社を閉じる選択肢とも比べて決めます。

比べる点	休眠	解散・清算
会社（法人格）	残る。届出をすれば再開できる	清算結了の登記で消える
主な手続き	税務署・都道府県・市区町村への休業の届出	解散と清算人の登記、債権者への公告・催告、清算中の申告、清算結了の登記
その後の負担	毎事業年度の申告、均等割（課税される場合）、役員任期ごとの登記	清算結了後はなし
向いているケース	再開・売却の可能性がある、許認可や社歴を残したい	再開の予定がなく、財産と債務を整理できる

休眠手続きはどんな流れで、何日かかる？

休眠に向けた手続きの標準的な流れと所要日数の目安は、次のとおりです。依頼する事務所や管轄の自治体によって、順序や様式が異なる場合があります。

ステップ	内容	主な書類	所要日数の目安
1. 事前整理	役員任期・未払税金・契約・従業員の確認と整理	定款、登記事項証明書、納税の通知書、契約書	1〜2週間程度
2. 税務署への届出	異動届出書の提出（事業の休止）。給与の支払いをやめる場合は廃止の届出も	異動届出書、給与支払事務所等の廃止届出書	書類提出後即日〜数日
3. 都道府県・市区町村への届出	各自治体への休業の届出	各自治体の異動届・休業届（様式・呼称は自治体により異なる）	1〜2週間程度（自治体窓口の混雑による）
4. 法人税・地方税の申告	休眠前の事業年度の決算・申告書の作成・提出	決算書、法人税・地方税の申告書	事業年度終了の翌日から2か月以内の期限に合わせて準備
5. 休眠中の管理	毎事業年度の申告、均等割の確認、役員任期の管理	申告書、役員任期の管理表	継続的（年次）

税務署への届出書は国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。都道府県・市区町村の届出は自治体ごとに様式が異なるため、主たる事務所（本店）の所在地を管轄する自治体のホームページで確認してください。休眠前の事業年度の決算では、残っている資産・負債を整理した貸借対照表が、休眠中の申告の出発点になります。

休眠中も申告は必要？休眠中の義務と注意点

休眠中であっても、法人税の確定申告は毎事業年度必要です。法人税法には休眠中の会社の申告を免除する規定がなく、売上や所得がゼロでも、決算書を添えて申告書を提出します。期限は事業年度終了の翌日から2か月以内が原則で、延長の特例を受けている場合は原則1か月延びます。

税目・手続き	休眠中の扱い
法人税・地方法人税	所得がなくても毎事業年度の申告が必要
防衛特別法人税	2026年4月1日以後に開始する事業年度から、税額が0でも申告が必要（期限は法人税と同じ）
法人事業税・法人住民税	所得に応じる部分はゼロでも、申告の要否と均等割の課税は自治体の取扱いを確認する
消費税	課税事業者でも、その課税期間に課税売上げがなく納める税額もない場合は申告不要
登記	役員の任期満了・代表者の住所変更などがあれば、休眠中でも変更登記が必要

均等割（法人住民税のうち所得に関係なくかかる部分）は、課税される場合、申告・納税を怠ると延滞金や不申告加算金の対象になります。資本金等1,000万円以下・従業者50人以下の会社が札幌市内にある場合、課税されると北海道2万円＋市5万円＝年7万円です。

休眠前の赤字（欠損金）は、2018年4月1日以後に開始した事業年度の分なら10年間繰り越せますが、休眠中も期限は進みます。また、繰越欠損金を再開後の利益と相殺するには、赤字の年度に青色申告をし、その後も連続して確定申告書を出していることが条件です。休眠中の決算書の作り方は経理・決算セルフチェックも参考になります。

休眠から事業を再開するときの流れは？

休眠を解除して事業を再開する場合は、休眠時とは逆方向の届出が必要です。役員の任期が切れていれば、届出より先に役員変更登記を済ませます。

1. 役員と登記の状態を確認する任期が満了していれば、株主総会で役員を選任し、役員変更登記をします。本店や目的を変える場合もあわせて登記します。
2. 税務署に再開を届け出る異動届出書（事業の再開）を提出します。役員報酬や給与の支払いを始める場合は、給与支払事務所等の開設届出書を開設の日から1か月以内に出します。
3. 都道府県・市区町村に再開を届け出る休業の届出を出した自治体それぞれに、再開の届出をします。
4. 社会保険・労働保険の手続きをする法人は役員1人だけでも健康保険・厚生年金保険の強制適用事業所です。役員報酬を支払う場合や従業員を雇う場合は、加入の手続きをします。
5. 青色申告・消費税の状況を確認する青色申告の承認が取り消されていれば改めて申請し、消費税の課税事業者になるか、インボイスの登録が必要かも取引先に合わせて判断します。

具体例｜休眠中に役員の任期が満了したら？

休眠中だからといって、登記の義務がなくなるわけではありません。役員の任期は休眠中も進むため、満了の時期を把握してカレンダーなどで管理しておくと、登記を忘れるリスクを減らせます。

みなし解散になった後も、一定の期間内であれば、株主総会の決議で会社を継続し、継続の登記をすることができます。ただし手続きと費用が余分にかかるため、通知が届いた段階で対応するのが現実的です。なお、合同会社には役員の任期がなく、みなし解散の制度も適用されませんが、税務署・自治体への届出と毎年の申告は株式会社と同じように必要です。

見落としやすいポイントは？

ポイント	起きやすいこと	対策
休眠中の郵便物・行政からの通知	登記上の本店に郵便物が届かず、税務署・自治体・法務局からの通知を見落とす	本店の郵便を確認できる体制を残し、転送の手配をする
代表者の住所変更	休眠中の引っ越しで登記上の住所変更を後回しにし、変更漏れが積み重なる	引っ越しのたびに代表者の住所変更登記をする
社会保険・労働保険の脱退	休眠の届出とは窓口が別のため、手続きが漏れる	年金事務所に適用事業所全喪届、ハローワークに雇用保険適用事業所廃止届などを出す
取引先への通知範囲	伝え方によって、再開後の取引の戻りやすさが変わる	伝える相手と時期、再開時の連絡方法を事前に整理する
預金口座・残った資産	使わない口座や資産が残り、休眠中の決算書と実態が合わなくなる	残す口座を決め、資産・負債の残高を休眠前の決算で確定させる

実務ワンポイント｜休眠中に申告をやめてもよい？

「休眠届を出したら申告はいらない」と考えられがちですが、法人税については申告不要となる特例はありません。申告不要となるのは、課税売上げも納める税額もない課税期間の消費税など、限られた場面です。地方税の均等割も、課税されるかどうかを自己判断せず、自治体の取扱いを確認してから決めます。

申告を止めると、期限内の申告がない状態が続いて青色申告の承認が取り消されたり、連続して申告していないために繰越欠損金を再開後に使えなくなったりします。休眠中の申告は取引がほとんどないため、e-Taxで提出すれば負担は大きくありません。

過去に申告を止めていた期間がある場合は、まずその期間の申告をそろえることから始めます。納める税額があった年度は、期限後申告として延滞税や加算税がかかるため、早めに対応するほど負担を抑えられます。進め方は期限後申告：依頼から完了までの流れにまとめています。

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よくある質問

まとめ

休眠会社の手続きは、事前整理、税務署への届出、都道府県・市区町村への届出の順に進み、届出までの目安は事前整理に1〜2週間程度、各届出に即日〜2週間程度です。休眠中も法人税の申告、均等割の確認、役員任期の管理は続き、株式会社はみなし解散にも注意が必要です。再開・売却・清算の選択肢を残せるよう、届出の前後で手続きの抜けがないかを確認しましょう。