調剤薬局・ドラッグストアの税務・経理 よくある質問（16問）

健康保険が適用される保険調剤の報酬(調剤技術料や薬剤料など)は、消費税法上の非課税取引である社会保険診療報酬にあたるため、消費税は課税されません。国民健康保険団体連合会や社会保険診療報酬支払基金へのレセプトにも消費税を上乗せする必要はありません。入金はレセプト請求から約2か月後になるのが通常で、例えば4月の調剤分は5月上旬に請求し、審査を経て6月下旬から7月上旬頃に入金されます。

レセプトは診療月の翌月10日前後までに提出し、審査支払機関での審査を経てから支払いが行われるため、実際の調剤日から入金までは2か月前後のタイムラグが生じます。会計処理では入金日を待たず、調剤を行いレセプトを請求した月の売上として発生主義で計上するのが原則です。

月末在庫や査定減(審査による減点)により請求額と入金額に差が生じることがあるため、入金時に差額を調整する仕訳をあらかじめルール化しておくと、売掛金の残高管理がしやすくなります。

自由診療にあたる健康食品やサプリメント、美容目的の物品販売などは非課税の対象外で消費税がかかります。保険調剤とその他の物販は、帳簿上区分して管理する必要があります。

#消費税非課税 #レセプト請求 #発生主義

OTC医薬品や日用品、化粧品などの物販は保険調剤とは異なり消費税の課税取引にあたるため、販売価格に消費税を含めて請求します。簡易課税制度を選択している場合、これらの物販は原則として小売業にあたる第2種事業(みなし仕入率80%)に区分され、非課税である調剤報酬とは別枠で仕入控除税額を計算します。

簡易課税は課税売上を事業区分ごとに分けて仕入控除税額を計算する制度で、非課税売上である調剤報酬はそもそも計算の対象に含めません。OTC等の物販でも、食品(軽減税率8%対象)と医薬品(標準税率10%)が混在する場合は、税率ごとの区分記載も必要になります。

レジシステムやレセコンの売上区分設定を誤ると、非課税売上と課税売上が混同され申告税額を誤るおそれがあるため、部門(調剤・物販)別に売上を分けて集計できるよう設定しておくことが重要です。

原則課税(本則課税)を選択している場合は、みなし仕入率ではなく実際の課税仕入れに基づいて仕入税額控除を計算するため、請求書等の保存要件を満たしているかも合わせて確認が必要です。

#簡易課税 #第2種事業 #区分経理

使用期限切れや品質劣化により販売・使用できなくなった医薬品を廃棄したときは、廃棄した事業年度の損金(必要経費)として棚卸資産廃棄損に計上できます。廃棄の事実を客観的に示すため、廃棄日・品名・数量・廃棄理由・廃棄方法を記録した廃棄リストや写真を保存しておくことが重要です。

税務調査では実際に廃棄されたかどうかが確認されやすいため、産業廃棄物処理業者への引渡し記録や、廃棄に立ち会った担当者の記録を合わせて保存しておくと、廃棄損の計上根拠として説明しやすくなります。

まだ廃棄していない不動在庫は、廃棄損ではなく著しい陳腐化などの事実がある場合に評価損の対象となり得ますが、単に売れ行きが悪いというだけでは評価損は認められないため注意が必要です。

麻薬や向精神薬など特別な管理が必要な医薬品を廃棄する場合は、税務上の記録に加えて薬機法や麻薬及び向精神薬取締法に基づく届出や立会いが必要になるため、廃棄前に手続きを確認してください。

#廃棄損 #棚卸資産 #使用期限切れ

レセコンや電子薬歴システムの導入費用は、取得価額に応じて資産計上し、耐用年数にわたって減価償却するのが原則です。中小企業者等に該当する場合、取得価額が40万円未満の減価償却資産は、令和8年4月以降は年間300万円を上限に取得時に全額を損金算入できる特例の対象になります。

取得価額が特例の上限を超える場合や、リース契約でシステムを導入する場合は、通常の減価償却または賃貸借処理になるなど、契約形態によって処理方法が変わります。月額利用料型のクラウドサービスは、初期導入費用と切り分けて毎月の費用として処理します。

同じ事業年度に複数のシステム更新が重なると、少額減価償却資産の特例の対象金額が積み上がるため、資産ごとに取得価額と適用要件を確認し、特例を使うかどうかを個別に判断する必要があります。

国や審査支払機関が実施するシステム改修の補助金を利用した場合は、補助金相当額の圧縮記帳の要否によって翌期以降の減価償却費の計算が変わるため、補助金の交付要綱もあわせて確認してください。

#少額減価償却資産 #電子薬歴 #資産計上

薬価改定は近年、中間年も含めて原則として毎年4月に実施されており、改定後は保険請求できる薬価が引き下げられる医薬品が多くあります。ただし税務上の棚卸資産の評価は薬価そのものではなく取得原価(仕入価格)を基準に行うため、薬価が下がったこと自体は直接的な評価損の計上事由にはなりません。

薬価改定後に卸売業者との取引価格が見直され、改定前に仕入れた在庫について値引きや返品調整(仕入割戻し)が行われることがあり、この場合は仕入価格の修正として在庫の帳簿価額を調整します。著しい陳腐化など評価損の要件を満たす場合は別途評価損の計上も検討します。

薬価改定前の駆け込み仕入れで在庫が積み上がると、改定後に薬価差益(仕入価格と薬価の差)が縮小し在庫回転が悪化するリスクがあるため、改定時期をまたぐ仕入量は例年の実績を踏まえて調整することが望まれます。

後発医薬品は先発品より薬価改定の影響を受けやすい品目もあるため、後発品比率の高い薬局ほど改定後の粗利率の変化を早めに試算しておくことをおすすめします。改定内容が告示された後は、主要な取扱品目だけでも新薬価を一覧にまとめておくと、卸との価格交渉や在庫調整の判断が早くなります。

#薬価改定 #棚卸資産評価 #仕入割戻し

特定の医療機関の近くに立地し、その医療機関からの処方箋を主に受け付けるいわゆる門前薬局では、賃料を相場より著しく低く設定するなど医療機関側に有利な条件で不動産を提供すると、患者誘引の対価とみなされ薬機法上の規制に抵触するおそれがあります。賃料は近隣相場に基づく適正な金額で契約することが基本です。

医療機関との間で賃貸借契約を結ぶ場合は、周辺の賃料相場や築年数、面積などの条件を踏まえた金額を設定し、契約書に賃料の算定根拠を残しておくと、税務調査や行政指導の際に適正性を説明しやすくなります。

賃料以外にも、医薬品の便宜供与や過大な接待、無償の役務提供など、実質的な利益供与とみなされ得る取引がないか、既存の契約や慣行を定期的に見直すことが望まれます。

医療機関との関係性は保険薬局の指定取消しなど行政処分に発展する可能性もあるテーマのため、契約内容に疑問がある場合は税務だけでなく薬事に詳しい専門家にも相談することをおすすめします。

#門前薬局 #賃料相場 #利益供与

管理薬剤師を含む正社員薬剤師は、原則として健康保険・厚生年金保険の被保険者となり、給与から社会保険料を控除して事業主と折半で負担します。パート・アルバイト薬剤師も、週の所定労働時間・所定労働日数が正社員のおおむね4分の3以上であれば同様に社会保険の加入対象になります。

4分の3未満のパート薬剤師でも、一定規模を超える企業の事業所に勤務し、週の所定労働時間が20時間以上、賃金が月額88,000円以上などの要件を満たす場合は短時間労働者として加入対象になります。ただしこの賃金要件は令和8年10月に廃止される予定で、以後は週20時間以上という労働時間の基準が中心になります。

管理薬剤師は薬機法上、薬局の管理者として常時勤務することが求められるため、他店舗の管理薬剤師との兼務や極端な時短勤務は認められにくく、給与体系を検討する際は勤務実態と法令上の要件を両方確認する必要があります。

令和8年10月には短時間労働者の社会保険加入要件のうち賃金要件が廃止され、企業規模要件も段階的に縮小される予定です。パート薬剤師のシフトを検討する際は、加入対象者が今後広がっていく方向であることを踏まえておくと安心です。

#社会保険加入 #管理薬剤師 #パート薬剤師

在宅患者訪問薬剤管理指導料や、介護保険の居宅療養管理指導費は、保険調剤や介護保険サービスの対価として消費税は非課税となり、通常の調剤報酬と同じくレセプトを通じて請求します。訪問に使用する車両の費用やガソリン代、駐車場代などは、業務のために使用した部分を必要経費や損金として計上できます。

自家用車を訪問と私用の両方に使っている場合は、走行距離や使用日数の記録をもとに事業使用割合を算出し、ガソリン代・車検費用・減価償却費などを按分して経費に計上する必要があります。訪問件数が多く専用車両を用意している場合は、全額を経費とすることもできます。

個人宅への訪問と施設(グループホームや有料老人ホームなど)への訪問では、算定できる指導料の区分や1回あたりの取り扱いが異なり、同一建物での複数人訪問には別の点数区分が設けられているため、レセコン側の設定を実態に合わせて確認しておく必要があります。

自転車や電動アシスト自転車で訪問している場合も、購入費用や維持費のうち業務使用分は同様に経費にできます。訪問件数が増えてきた場合は、車両を新たに導入する際の資金計画もあわせて検討するとよいでしょう。

#在宅患者訪問薬剤管理指導 #車両費按分 #居宅療養管理指導費

地域支援体制加算は、在宅対応や24時間対応、多職種連携など地域医療への貢献度が高い薬局を評価する調剤報酬上の加算です。令和8年度の改定では後発医薬品調剤体制加算と統合され、地域支援・医薬品供給対応体制加算として再編されており、研修実績や在宅対応実績などの実績要件と、調剤室の設備など体制面の施設基準の両方を満たす必要があります。

施設基準を満たすための投資として、在宅対応に必要な無菌調剤設備や、セルフメディケーションに関連する測定機器の設置、24時間対応のための連絡体制の整備などが必要になる場合があり、これらの費用は資産計上や消耗品費として区分して管理します。

実績要件は届出区分によって細かく定められており、直近の改定でも見直しが行われているため、算定要件の詳細は地方厚生局の届出様式や最新の通知で確認し、要件を満たせなくなった場合は速やかに区分変更の届出を行う必要があります。

体制整備にかかった費用のうち、取得価額が少額減価償却資産の特例の対象となるものは、通常の減価償却より早期に損金算入できる場合があるため、投資計画とあわせて税務上の取扱いも確認しておくと資金計画が立てやすくなります。

#地域支援体制加算 #施設基準 #実績要件

調剤過誤による患者への損害賠償に備える薬剤師賠償責任保険の保険料は、事業に必要な損害保険料として、支払った事業年度の損金(必要経費)に算入できます。積立部分のない掛け捨て型の保険であれば、資産計上を行わずそのまま費用処理するのが一般的です。

契約が複数年にわたる場合や、次年度以降の期間に対応する保険料をまとめて支払った場合は、当期に対応する部分だけを費用にし、残りは前払費用として資産計上したうえで翌期以降に費用化する必要があります。

保険金を実際に受け取った場合、患者への損害賠償金の支払いと保険金の入金は原則として相殺せず、それぞれ雑収入(保険金収入)と損害賠償金(費用)として両建てで計上するのが基本的な処理です。

調剤過誤が発生した場合は、保険金請求のためにも過誤の内容・患者への説明・再発防止策を記録した報告書を作成しておくと、保険会社とのやり取りや行政への報告がスムーズになります。

#賠償責任保険 #損害保険料 #前払費用

医薬品卸から仕入数量や取引実績に応じて支払われるリベートや仕入割戻しは、税務上は仕入対価の返還等にあたり、原則としてリベートの対象となった仕入れを行った事業年度の仕入金額から減額して処理します。決算後に金額が確定する場合でも、当期の仕入れに対応する分は未収の割戻しとして見積り計上することが必要になる場合があります。

消費税の計算でも、仕入割戻しは課税仕入れに係る対価の返還等として扱い、仕入税額控除の計算上、控除する仕入税額から減額調整を行います。調整を漏らすと仕入税額控除を過大に計上してしまうため注意が必要です。

契約書や卸からの通知書でリベートの算定期間・算定基準・支払時期を確認し、決算月をまたぐ場合は当期分をどう見積もるか、卸への確認や過去実績をもとにしたルールを社内で統一しておくと処理がぶれません。

リベートには仕入高から減額するもののほか、販売促進費の負担など性質の異なるものが混在することがあるため、通知書の内容を確認し、単純な仕入割戻しか別の収益取引かを区別して処理することが大切です。

#仕入割戻し #リベート #仕入税額控除

薬局の開設許可は薬機法上、許可を受けた開設者(法人や個人)に与えられるものです。株式譲渡(会社の株式を譲渡して経営権を移す方法)であれば許可は法人に残るため引き継ぎやすい一方、店舗や事業そのものを譲渡する事業譲渡では、譲受人が新たに薬局開設許可を取得し直す必要があります。

株式譲渡か事業譲渡かによって、許可の再取得の要否だけでなく税務上の処理(株式の譲渡益課税か、資産・負債の個別引継ぎか)も大きく異なるため、契約前にどちらの手法を取るかを税理士や弁護士と確認しておく必要があります。

かかりつけ患者の薬歴やお薬手帳の情報を引き継ぐ際は、個人情報保護の観点から患者本人への説明と同意取得が必要になる場合が多く、譲渡前に案内文書を用意し、来局時や在宅訪問時に丁寧に説明する準備を進めておくと引継ぎが円滑になります。

管理薬剤師や勤務薬剤師の雇用契約の引継ぎ、医薬品卸との取引契約の名義変更なども事業承継にあたって必要な手続きになるため、許可や税務だけでなく人事・取引先まわりの引継ぎリストを早めに作成しておくと安心です。

#事業承継 #薬局開設許可 #株式譲渡

セルフメディケーション税制は、スイッチOTC医薬品など対象の医薬品を購入した場合に所得控除を受けられる制度で、令和8年12月31日まで適用期限が延長されています。対象商品を販売した際は、レシートに対象商品であることが分かる識別マークを表示し、購入者が確定申告で使う証明書類として利用できるようにする必要があります。

レジシステムの医薬品マスタに対象商品の識別フラグを設定し、対象商品を購入した際にレシート上へ商品名・金額とあわせて識別マークが自動で印字されるようにしておくと、レジ担当者が都度判断する必要がなくなり、記載漏れを防げます。

令和3年分の確定申告以降、購入者はレシートの原本添付が不要になりましたが、税務署から提示を求められた場合に備えて購入者自身が5年間保管する必要があるため、感熱紙で文字が薄くなりやすい場合はコピーの保管を案内するなどの配慮も喜ばれます。

セルフメディケーション税制と医療費控除は同じ年に重複して適用できないため、購入者から制度の説明を求められた場合は、どちらか一方を選択する制度であることも伝えると親切です。

#セルフメディケーション税制 #識別マーク #レシート発行

オンライン資格確認の基本的な仕組みはすでに全国の薬局で稼働しており、導入時の顔認証付きカードリーダーなどにかかる基礎的な補助は多くの薬局で活用済みです。現在は子どもの医療費助成など公費負担医療をマイナ保険証で確認できるようにする追加のシステム改修について、社会保険診療報酬支払基金を通じた補助制度が実施されています。

この補助金は年度ごとに申請期間が設定されており、申請にはレセコンベンダーが発行する改修費用の見積書や、調剤基本料の届出に関する書類など複数の添付書類が必要になるため、システム更新のタイミングに合わせて早めに準備を進める必要があります。

補助対象外の費用や、補助金の交付を受けるまでの立替期間が生じることもあるため、システム改修の契約前に補助金の上限や自己負担が生じる部分を確認し、資金繰りに与える影響を見込んでおくと安心です。

補助金を受けて取得した資産については、圧縮記帳の適用可否によって翌期以降の減価償却費の計算が変わるため、補助金の交付決定通知を受け取った時点で顧問税理士に取扱いを確認しておくとよいでしょう。

#オンライン資格確認 #システム改修補助金 #公費負担医療

複数店舗を展開する薬局グループでは、全社の損益だけでなく店舗ごとに調剤報酬・物販売上・人件費・家賃などを区分した部門別損益管理を行うことで、店舗単位の収益性や課題を把握しやすくなります。会計ソフトの部門コードを店舗ごとに設定し、日々の仕訳の段階で店舗を紐づけておくことが土台になります。

本部の管理部門人件費や本部家賃、システム利用料など複数店舗にまたがる共通費は、処方箋枚数や売上高、従業員数など合理的な基準で各店舗に配賦し、店舗別の損益に反映させることで、単純な売上比較では見えない収益構造の違いを把握できます。

新規出店直後の店舗は認知度不足などから一時的に赤字になりやすいため、既存店と同じ基準で単純に比較するのではなく、開店からの経過期間ごとに目標損益を設定し、計画との差異で評価する運用が実態に合いやすいです。

店舗ごとの処方箋単価や後発医薬品比率、在宅対応件数なども合わせて管理すると、単純な損益だけでは見えない改善余地を見つけやすくなります。店舗間で数値に大きな差がある場合は、立地や患者層の違いだけで片付けず、業務フローや加算の算定状況を比較して改善につなげる視点も持つとよいでしょう。

#部門別損益 #共通費配賦 #店舗別管理

薬局を開業するには、薬機法に基づき店舗所在地を管轄する保健所に薬局開設許可を申請し、構造設備や管理薬剤師の配置などについて実地調査を受けたうえで許可を取得する必要があります。許可取得後は保険薬局としての指定申請を地方厚生局に別途行わなければ、保険調剤の報酬を請求できません。

税務面では、個人で開業する場合は開業から1か月以内に個人事業の開業届出書を、青色申告を希望する場合は原則2か月以内に青色申告承認申請書を税務署に提出します。法人で開業する場合は、会社設立の登記後に法人設立届出書や青色申告承認申請書などを税務署・都道府県・市区町村へ提出します。

保健所の許可手続きには申請から許可まで一定の審査期間があるため、内装工事や什器の発注、管理薬剤師の採用スケジュールと合わせて逆算したスケジュールを組み、開業予定日から余裕をもって申請することが重要です。

青色申告承認申請書は、原則として開業日から2か月以内(1月16日以後に開業した場合)に提出する必要があり、期限を過ぎると開業年は白色申告になってしまうため、他の届出とあわせて早めに提出することをおすすめします。

#薬局開設許可 #保険薬局指定 #開業届