第9章 消費税実務 — インボイス時代の判断と申告｜会計事務所 実務ハンドブック

CHAPTER 09消費税実務 — インボイス時代の判断と申告

消費税は「預かった税から支払った税を差し引く」だけの単純な税目に見えて、実務の誤りが最も多い税目である。原因は取引ごとの課税区分判定、届出書の提出期限、そして毎年動く経過措置の3つに集中している。2026年10月1日には免税事業者からの課税仕入れの控除割合が80%から70%へ下がり、2割特例も令和8年（2026年）9月30日の属する課税期間で終了する。本章は判定から記帳、申告までを担当者がその場で手を動かせる順序で整理する。

1. 消費税の全体像

消費税の納付税額は次の式で決まる。この1行を理解していれば、あとはすべて「どちらの箱に入れるか」の判定作業である。

課税の対象となる4要件

国内取引が消費税の課税対象になるのは、次の4つをすべて満たす場合に限る。1つでも欠ければ不課税である。

• 国内において行うものであること（取引の場所が国内かどうか。資産の譲渡は譲渡時の資産の所在地、役務提供は役務提供地で判定）
• 事業者が事業として行うものであること（個人が生活用の家財を売っても課税対象外）
• 対価を得て行うものであること（無償の贈与、寄附金、補助金、損害賠償金は対価性がない）
• 資産の譲渡、資産の貸付け、役務の提供のいずれかであること

このほか、保税地域から引き取る外国貨物（輸入取引）は、事業者でなくても課税対象になる。輸入消費税は税関へ納付し、その額が仕入税額控除の対象になる。

税率の内訳

申告書は国税部分と地方消費税部分を分けて計算する。会計ソフトの税区分名や付表の欄と直結するので、内訳は覚えておく。

納税義務者と申告期限

中間申告

中間申告の回数は、直前の課税期間の確定消費税額（国税部分の年税額）だけで決まる。地方消費税を含んだ金額で判定しないこと。

• 中間納付額には、上表の国税部分に加えて地方消費税（国税額の78分の22）を併せて納付する。税務署から送付される納付書には合計額が印字されている。
• 直前課税期間が1年でない場合は、確定消費税額を年換算してから判定する。
• 仮決算による中間申告も選択できる。前期が好調で当期が不振という顧問先は、仮決算で中間納付額を圧縮できる。ただし仮決算の結果がマイナスでも還付は受けられない（中間段階での還付はない）。
• 48万円以下でも「任意の中間申告書を提出する旨の届出書」を出せば年1回の中間申告ができる。資金繰りの平準化に使える一方、提出後に中間申告書を出さないと届出を取り下げたものとみなされる。

2. 納税義務の判定フロー

納税義務の判定は順序が決まっている。上から順に見て、どこかで「課税事業者」に該当したらそこで終了する。飛ばして下から見ると誤る。

1. STEP0 インボイス登録の有無を確認する
   適格請求書発行事業者として登録している場合は、基準期間や特定期間の課税売上高がいくらであっても課税事業者である。登録している顧問先はここで判定終了。以下のSTEPは、登録していない事業者、または登録の取消しを検討する場合に使う。
2. STEP1 基準期間の課税売上高で判定する
   基準期間（法人は前々事業年度、個人は前々年）の課税売上高が1,000万円超なら課税事業者。課税売上高は税抜きで判定するが、基準期間が免税事業者だった期間は税込金額そのままで判定する。基準期間が1年でない法人は年換算する。
3. STEP2 特定期間の課税売上高または給与等支払額で判定する
   基準期間が1,000万円以下でも、特定期間（法人は前事業年度開始の日以後6か月間、個人は前年1月1日から6月30日まで）の課税売上高が1,000万円超で、かつその期間の給与等支払額も1,000万円超なら課税事業者。どちらか一方が1,000万円以下なら免税のまま。判定に使う指標は納税者が選べる。
4. STEP3 新設法人に該当するか
   設立時の資本金または出資の金額が1,000万円以上の法人は、基準期間がない設立1期目・2期目は課税事業者になる。期中に増資して1,000万円以上になった場合は、その事業年度からではなく、各事業年度開始の日の資本金で判定する。
5. STEP4 特定新規設立法人に該当するか
   資本金1,000万円未満でも、他の者に発行済株式等の50%超を直接・間接に保有され、その者またはその特殊関係法人の基準期間相当期間の課税売上高が5億円超であれば課税事業者になる。令和6年度改正により、国内課税売上高5億円超に加えて、国外分を含む収入金額が50億円超である場合も判定に加わった。大企業や資産家グループが設立した子会社は必ず確認する。
6. STEP5 課税事業者選択届出書を出していないか
   還付を受けるために「消費税課税事業者選択届出書」を提出している場合は課税事業者。提出の効力は「不適用届出書」を出すまで続く。過年度の届出の有無は必ず控えで確認する。
7. STEP6 3年縛り・高額特定資産に該当しないか
   後述の調整対象固定資産・高額特定資産の縛りに該当する期間は、強制的に課税事業者かつ本則課税になる。
8. STEP7 相続・合併・分割の特例に該当しないか
   被相続人の基準期間の課税売上高が1,000万円超であれば、相続人は相続のあった日の翌日から課税事業者になる（相続年）。翌年以降は相続人と被相続人の課税売上高の合計で判定する。合併・分割にも同様の特例がある。

課税事業者選択の2年縛り

「消費税課税事業者選択届出書」を提出した場合、事業を廃止した場合を除き、適用開始課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ「不適用届出書」を提出できない。つまり最低2年間は課税事業者を続ける。設備投資の還付狙いで選択した後、翌期に売上が伸びて納税になるケースがあるので、選択前に2期分のシミュレーションを必ず作る。

調整対象固定資産の3年縛り

調整対象固定資産とは、建物、構築物、機械装置、車両運搬具、工具器具備品、無形固定資産などで、一の取引単位の税抜価額が100万円以上のものをいう（棚卸資産は含まない）。次のいずれかの期間中に調整対象固定資産を取得し、その課税期間で本則課税により仕入税額控除を受けた場合、取得した課税期間の初日から3年間は免税事業者に戻れず、簡易課税も選択できない。

• 課税事業者選択届出書による強制適用期間（2年間）
• 新設法人・特定新規設立法人の基準期間がない課税期間

高額特定資産の3年縛り

高額特定資産とは、一の取引単位の税抜価額が1,000万円以上の棚卸資産または調整対象固定資産をいう。本則課税の課税期間中に高額特定資産を取得した場合、取得した課税期間の翌課税期間から3年間は免税事業者になれず、簡易課税制度選択届出書も提出できない。自己建設した資産は、建設等に要した原材料費・経費の累計額（税抜）が1,000万円以上となった課税期間から縛りが始まる。

3. 課税区分の判定

課税区分は課税・非課税・免税・不課税の4つに分かれる。非課税と不課税は「消費税がかからない」点は同じだが、課税売上割合の計算で扱いが決定的に違う。非課税売上は分母に入り、不課税売上は分母にも分子にも入らない。

間違えやすい取引の一覧

輸出免税を受けるための証憑

• 本船渡し等の物品の輸出 … 税関長が交付する輸出許可通知書
• 郵便による輸出で価額20万円超 … 輸出許可通知書
• 郵便による輸出で価額20万円以下 … 帳簿または発送伝票等の控え（日付、品名、数量、価額、受取人の氏名・住所）
• 国際輸送・非居住者への役務提供 … 契約書等で非居住者であることと役務の内容がわかる書類
• 保存期間は7年間。輸出免税は証憑の保存が実体要件なので、紛失は即座に課税扱いにつながる。

4. 軽減税率8%の対象範囲

軽減税率の対象は飲食料品と定期購読契約の新聞の2つだけである。この2つに当てはまらなければ10%と考えてよい。

飲食料品の範囲

• 食品表示法に規定する食品（人の飲用または食用に供されるもの）。医薬品、医薬部外品、再生医療等製品は除く。
• 酒税法に規定する酒類は除く（アルコール分1度以上）。
• 外食（飲食設備のある場所での飲食の提供）とケータリング（相手方の指定した場所での調理・給仕等の役務）は除く。

一体資産の判定

一体資産とは、食品と食品以外の資産があらかじめ一体となっている商品で、その一体としての価格のみが提示されているものをいう。次の2要件をどちらも満たせば、全体が8%になる。

1. 一体資産の譲渡の対価の額（税抜）が1万円以下であること
2. 一体資産に含まれる食品に係る部分の価額の占める割合が3分の2以上であること

割合の算定は、原価または販売価額のいずれか合理的な方法によればよい。判定例を挙げる。

• 菓子と玩具のセット（税抜800円、原価に占める菓子の割合80%）… 全体が8%
• ビール1本と高級グラスのセット（税抜3,000円）… 酒類は軽減対象外なので食品部分がなく、全体が10%
• 紅茶とティーカップのセット（税抜1万2,000円）… 1万円超のため一体資産の特例は使えず、全体が10%
• 食品と非食品それぞれの価格を個別に表示して同時に販売した場合 … 一体資産ではないので、食品部分8%、非食品部分10%に区分する

5. インボイス制度の実務

仕入税額控除を受けるには、原則として適格請求書（インボイス）と帳簿の両方を保存する。どちらか一方でも欠ければ控除できない。以下は交付側と受領側の両面から整理する。

適格請求書の記載事項6要件

簡易インボイス（適格簡易請求書）

不特定多数の者に販売等を行う次の事業は、簡易インボイスを交付できる。

• 小売業、飲食店業、写真業、旅行業、タクシー業、駐車場業（不特定多数向けのものに限る）、その他これらに準ずる事業

簡易インボイスは、上表の6（交付先の氏名）が不要で、かつ4の適用税率と5の消費税額等はどちらか一方の記載でよい。レシートがこれに当たる。

返還インボイス（適格返還請求書）

• 返品、値引き、割戻し、販売奨励金など売上に係る対価の返還等を行うときに交付義務がある。
• 記載事項は、発行事業者の氏名・登録番号、返還等を行う年月日、返還等の基となる取引を行った年月日、取引内容（軽減対象である旨）、税率ごとに区分した返還等の対価の額、税率ごとの消費税額等または適用税率。
• 税込1万円未満の売上に係る対価の返還等は交付義務が免除される（恒久措置）。振込手数料相当額を売上値引きとして処理する場合が典型で、この処理をしていても返還インボイスの交付は不要である。
• 継続取引先には、当月の請求書に返還内容を併記する「1枚方式」が実務上便利である。適格請求書と適格返還請求書の記載事項を1枚に満たせば、1つの書類で足りる。

修正インボイス

交付した適格請求書に誤りがあった場合、交付した側が修正したものを交付し直す義務がある。受領側が自分で赤ペンを入れて修正することはできない。修正の方法は2つある。

• 正しい記載事項をすべて記載した書類を改めて交付する（差替え）
• 当初交付したものとの関連性を明らかにしたうえで、修正箇所のみを明示した書類を交付する（追加交付）

例外として、買い手が作成する仕入明細書（支払通知書）の方式を採っている場合は、売り手の確認を受けることを条件に、買い手側で作成した書類を仕入税額控除の要件を満たす書類にできる。建設業の出来高払いや、運送業の運賃精算で広く使われている。

電子インボイス

• 適格請求書は書面に代えて電磁的記録で提供できる。メール添付のPDF、EDI、Webからのダウンロードのいずれも可。
• 提供した側も受領した側も、電子帳簿保存法の電子取引の保存要件（真実性の確保と検索要件）に従って保存する。紙に印刷しただけの保存は原則として認められない。
• デジタルインボイス（Peppol準拠）を使えば、請求データがそのまま会計システムに取り込まれる。仕訳入力と証憑保存を同時に片付けられるので、取引件数の多い顧問先には導入を勧める価値がある。

登録番号の確認方法

1. STEP1 番号の形式を確認する
   「T」＋13桁。法人は法人番号と一致する。個人事業者や人格のない社団等は法人番号とは無関係の固有の13桁が付される。
2. STEP2 国税庁の公表サイトで照会する
   適格請求書発行事業者公表サイトで登録番号を入力し、氏名または名称、登録年月日、登録取消年月日を確認する。法人は本店所在地も表示される。
3. STEP3 継続取引先は定期的に一括確認する
   公表サイトでは全件データのダウンロードやWeb-APIの利用ができる。取引先マスタの登録番号を年1回、決算前に一括照合する運用をルール化する。取消しや失効に気づかないまま控除していると、調査で全額否認される。
4. STEP4 記録を残す
   確認した日付と結果を取引先マスタに記録する。事務所ルールとして、新規取引先の初回請求書受領時に必ず照会し、その画面を証憑と一緒に保存する。

登録の取消し

• 「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を、取消しを受けようとする課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出する。提出が遅れると、その翌課税期間からの取消しになる。
• 免税事業者が登録により課税事業者となった場合（令和5年10月1日を含む課税期間中に登録した場合を除く）、登録日から2年を経過する日の属する課税期間の末日までは免税事業者に戻れない。
• 登録の取消しをすると、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば免税事業者に戻る。ただし取引先から仕入税額控除ができないことを理由に取引を見直される可能性があるため、取引先構成（相手が消費者中心か事業者中心か）を確認したうえで判断する。

免税事業者との取引と価格交渉

仕入先が免税事業者の場合、買い手は経過措置の範囲でしか仕入税額控除ができない。その負担をどう分担するかは当事者間の協議事項だが、一方的な取扱いは独占禁止法上の優越的地位の濫用、下請法上の買いたたき等に該当するおそれがある。

6. 免税事業者からの課税仕入れの経過措置

適格請求書発行事業者以外の者（免税事業者、登録していない課税事業者、消費者、免税事業者である農家等）からの課税仕入れについては、一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が置かれている。令和8年度税制改正で2年延長され、5段階になった。

経過措置の適用要件

• 帳簿に、通常の記載事項に加えて「80%控除対象」「70%控除対象」等、経過措置の適用を受ける課税仕入れである旨を記載する。記号を付して欄外に説明する方法でもよい。
• 請求書等として、区分記載請求書等と同様の記載事項（相手方の氏名・名称、年月日、取引内容と軽減対象である旨、税率ごとに区分した対価の額、交付を受ける者の氏名・名称）がある書類を保存する。登録番号と税率ごとの消費税額等は不要である。
• 会計ソフトで所定の税区分（各社「区分80%」「経過措置80%」等の名称）を選択していれば、帳簿の記載要件は満たされる。

税区分設定の変更手順

1. STEP1 対象取引先を洗い出す
   取引先マスタで登録番号が未登録・空欄の相手を抽出する。個人の外注先、小規模な家主、シルバー人材センター、個人タクシー、駐車場オーナーなどが典型。決算前ではなく2026年9月中に実施する。
2. STEP2 会計ソフトの初期設定を更新する
   取引先マスタの既定税区分を「80%控除」から「70%控除」へ変更する。主要ソフトはバージョンアップで自動的に切り替わるものと、手動設定が必要なものがある。事務所ルールとして、9月中にソフトごとの対応状況を一覧化しておく。
3. STEP3 10月1日をまたぐ取引を仕分ける
   9月分の請求で10月に支払うもの、9月末締め10月10日払いなど、判定は仕入れを行った日（役務提供完了日・引渡日）で行う。支払日ではない。締め日基準で機械的に処理していると誤る。
4. STEP4 継続的役務は期間按分する
   年払いの家賃や保守料などで、2026年9月30日以前と10月1日以後にまたがるものは、期間対応で按分する。契約期間の月数按分で差し支えない。
5. STEP5 期中の集計を確認する
   期末に税区分別集計を出し、80%と70%の両方に金額が計上されているか、逆に片方に全額寄っていないかを確認する。3月決算法人なら4月から9月が80%、10月から3月が70%になるのが正常である。

仕訳例（税抜経理）

免税事業者である個人外注先へ、外注費として税込110,000円を支払った場合。

2026年9月（80%控除期間）：消費税相当額10,000円のうち8,000円が仮払消費税等、残り2,000円は本体価格に算入する。

2026年10月（70%控除期間）：同額の取引でも、控除できるのは7,000円に減る。差額3,000円が本体価格に上乗せされ、その分だけ法人税等の課税所得は減るが、消費税の納付額は1,000円増える。

固定資産を取得した場合：免税事業者から機械装置を税込1,100,000円で2026年11月に取得。消費税相当額100,000円のうち70,000円が仮払消費税等、30,000円は取得価額に算入する。取得価額が増えるので、減価償却を通じて費用化される。

7. 2割特例と3割特例

インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった小規模事業者の負担軽減措置が2割特例である。これが令和8年（2026年）9月30日の属する課税期間で終了し、個人事業者に限って3割特例が2年間置かれる。顧問先への説明で最も需要が高い論点なので、決算期別の早見表を用意して臨む。

決算期別 2割特例の終了時期 早見表

「令和8年9月30日を含む課税期間まで」が終了時期である。決算月から機械的に読める形にすると次のとおり。

特例終了後の選択肢と有利判定

2割特例（および個人の3割特例）が終わったら、本則課税か簡易課税を選ぶ。判定式は単純である。

数値例を3つ挙げる。いずれも消費税額（国税と地方税の合計）ベースの概算である。

判定を実務に落とすときは、次の順で確認する。

1. 直近2期の課税仕入れ率を実績から算出する。設備投資や大型仕入れがある年は本則が有利になることがあるので、翌期の予定も聞く。
2. 基準期間の課税売上高が5,000万円以下であることを確認する（簡易課税の要件）。5,000万円超なら本則しか選べない。
3. 調整対象固定資産・高額特定資産の3年縛りに該当しないか確認する。該当すれば簡易課税は選べない。
4. 簡易課税を選ぶ場合の事務負担軽減効果（請求書の保存・登録番号確認が不要になる）も考慮する。ただし帳簿の保存義務はなくならない。
5. 簡易課税は2年間継続適用になるため、2期分で有利不利を判定する。

簡易課税制度選択届出書の提出期限の特例

簡易課税制度選択届出書は、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに提出しなければならない。しかし2割特例・3割特例の適用をやめて簡易課税へ移行する場合には特例があり、その課税期間の確定申告期限までに提出すれば足りる。

• 実務上の効果は大きい。期首前に見込みで判断する必要がなく、1年間の実績を見てから本則と簡易を選べる。
• 例：9月決算法人が令和8年10月1日開始の課税期間（令和9年9月期）から簡易課税を使いたい場合、原則なら令和8年9月30日までの提出が必要だが、この特例により令和9年11月30日（確定申告期限）までに提出すればよい。
• 例：個人事業者が3割特例終了後の令和11年分から簡易課税を使う場合も、令和12年3月31日までに提出すればよい。
• ただし特例を使えるのは移行の局面に限られる。いったん本則課税で申告した後に「やはり簡易にしたい」と遡ることはできない。

8. 簡易課税制度

簡易課税は、実際の仕入税額を集計せず、売上税額にみなし仕入率を掛けた額を仕入税額とみなす制度である。仕入れ側のインボイス保存が不要になるため事務負担が大きく減る。

適用要件

• 基準期間の課税売上高が5,000万円以下であること。当期の売上ではなく前々期で判定する。
• 適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに消費税簡易課税制度選択届出書を提出していること（新規開業等はその課税期間中、2割特例からの移行は前節の特例あり）。
• 調整対象固定資産・高額特定資産の3年縛りに該当していないこと。

みなし仕入率6区分

事業区分でつまずきやすい取引

• 車両や機械の売却 … 本業が何であっても第4種。簡易課税の申告で最も漏れやすい。固定資産除却損益の内訳を必ず確認する。
• 建設業の手間請け（人工出し） … 材料の支給を受けて加工賃だけを受け取る形態は第4種。材料込みで請け負えば第3種。契約書と請求書の内訳で判定する。
• 飲食店のテイクアウト … 店内飲食は第4種、持ち帰り用の弁当等の販売も原則第4種（自ら調理しているため）。仕入れた商品をそのまま売れば第2種。
• 修理業 … 部品代を含めても役務提供が主体なら第5種。部品の販売が独立していれば第1種または第2種。
• 不動産賃貸業 … 第6種。事務所家賃も駐車場収入も第6種。
• 太陽光の売電収入 … 電気供給業として第3種。
• 保険代理店手数料 … 第5種。
• 自動販売機設置手数料 … 第5種（サービス業）。

2以上の事業を営む場合の計算

1. 原則（加重平均）：事業区分ごとに売上税額を集計し、それぞれにみなし仕入率を掛けた合計を、全体の売上税額で割って仕入税額を求める。
2. 特例1（75%ルール）：1種類の事業の課税売上高が全体の75%以上を占める場合、その事業のみなし仕入率を全体に適用できる。
3. 特例2（2種類75%ルール）：3種類以上の事業を営み、そのうち2種類の課税売上高の合計が全体の75%以上を占める場合、その2種類のうちみなし仕入率の高い方はその事業の売上に、残りすべては低い方のみなし仕入率を適用できる。
4. 事業区分をしていない場合：区分していない部分は、その事業者が営む事業のうち最も低いみなし仕入率が適用される。区分を怠ると不利になる仕組みである。

計算例：小売業（第2種）と飲食店業（第4種）を営む法人。課税売上に係る消費税額が合計200万円、内訳は第2種160万円、第4種40万円。

• 原則計算：(160万 × 80% ＋ 40万 × 60%) ÷ 200万 ＝ 152万 ÷ 200万 ＝ 76% → 仕入税額 152万円 → 納付 48万円
• 特例1：第2種が全体の80%（160万 ÷ 200万）で75%以上 → 全体に80%を適用 → 仕入税額 160万円 → 納付 40万円
• 結論：特例1のほうが8万円有利。特例は納税者が選択できるので、必ず両方計算して有利な方を採用する。付表5-3は両方の計算欄が用意されている。

簡易課税の2年縛りと注意点

• 簡易課税制度選択届出書を提出したら、事業を廃止した場合を除き、2年間は本則課税に戻れない（適用開始課税期間の初日から2年を経過する日の属する課税期間の初日以後でなければ不適用届出書を提出できない）。
• 大型の設備投資を予定している場合は簡易課税を選んではいけない。簡易課税では設備投資に係る仕入税額を控除できず、還付も受けられない。
• 簡易課税でも帳簿の保存義務はある。請求書等の保存義務がないだけで、記帳をやめてよいわけではない。
• 災害等により被害を受けた事業者は、「災害等による消費税簡易課税制度選択（不適用）届出に係る特例承認申請書」により、事後的に選択・不選択を変更できる場合がある。

9. 少額特例と少額な返還インボイス

少額特例（一定規模以下の事業者に対する事務負担の軽減措置）

• 特定期間で判定する場合、課税売上高のみで判定する。納税義務判定と違い、給与等支払額での代替はできない。
• 1万円未満の判定は一回の取引の課税仕入れに係る金額で行う。商品1個ごとではない。5,000円の商品を3個、合計15,000円で1回に購入すれば1万円以上となり対象外。
• 月極めの取引で1か月分をまとめて請求される場合は、その1か月分の合計額で判定する。
• 適用期間は課税期間ではなく課税仕入れの日で切れる。令和11年10月1日以後は課税期間の途中でも使えなくなるため、経過措置と同じく期中で税区分の切替えが必要になる。
• 帳簿には通常の記載事項（相手方の氏名・名称、年月日、内容、金額）を記載する。「少額特例のため保存不要である旨」の記載までは求められない。

少額な返還インボイスの交付義務免除

• 税込1万円未満の売上に係る対価の返還等については、適格返還請求書の交付義務が免除される。これは期限のない恒久措置である。
• 典型は振込手数料。売り手負担の振込手数料を売上値引きとして処理する場合、返還インボイスの交付は不要になる。
• 振込手数料の処理方法は2通りある。売上値引きとして処理する方法（対価の返還等として売上税額から控除）と、支払手数料として処理する方法（課税仕入れとする。この場合は金融機関のインボイスが必要だが、買い手が立て替えているため立替金精算書等が必要になり煩雑）。実務では売上値引き処理のほうが簡便である。
• 売上値引き処理をする場合、税率は元の売上と同じ税率で処理する。8%の商品の代金から差し引かれたなら8%で処理する。

10. 本則課税の計算

課税売上割合と控除方式の判定

本則課税では、まず課税売上割合を計算し、その水準に応じて仕入税額の控除方法を決める。

• 5億円基準の判定に使うのは当課税期間の課税売上高である。基準期間ではない。課税期間が1年未満なら年換算する。
• 課税売上割合の端数処理は行わない。切上げ・切捨てをせず、そのままの割合で計算する。

個別対応方式

課税仕入れを3つに区分し、区分ごとに控除額を計算する。

一括比例配分方式

• 用途区分をせず、課税仕入れ等の税額の合計 × 課税売上割合で控除額を計算する。
• 用途区分の手間がかからないが、通常は個別対応方式より不利になる（課税売上対応分まで按分されるため）。
• いったん選択すると2年間継続適用しなければならない。翌期に大型設備投資があると不利が固定されるので、安易に選ばない。
• 用途区分ができていない場合は、一括比例配分方式しか選べない。日々の記帳段階で用途区分を入力しておくことが本則課税の実務の要である。

計算例

3月決算法人。課税売上高（税抜）3億円、非課税売上高（土地の売却）1億円、その他非課税売上（受取利息）200万円。課税仕入れに係る消費税額の合計は2,000万円で、内訳は課税売上対応1,400万円、非課税売上対応200万円、共通対応400万円。

課税売上割合に準ずる割合

課税売上割合をそのまま使うと事業の実態と乖離する場合、税務署長の承認を受けて課税売上割合に準ずる割合を使える。使えるのは個別対応方式の共通対応分だけである。

• 準ずる割合の例：従業員数の比率、消費または使用する資産の価額の比率、使用数量の比率、床面積の比率、取引件数の比率。事業部門ごとに異なる割合を使うこともできる。
• 手続：「消費税課税売上割合に準ずる割合の適用承認申請書」を、適用しようとする課税期間の末日までに提出し、同日の翌日以後1か月以内に承認を受ければ、その課税期間から適用できる。
• やめるときは「不適用届出書」を、やめようとする課税期間の末日までに提出する。

仕入れに係る消費税額の調整

• 調整対象固定資産の転用：課税業務用に取得した調整対象固定資産を3年以内に非課税業務用に転用した場合（またはその逆）、控除税額を調整する。転用時期に応じて全額・3分の2・3分の1を加減算する。
• 課税売上割合が著しく変動した場合：調整対象固定資産を取得し比例配分法で控除した後、第3年度の課税期間の通算課税売上割合が、取得時の課税売上割合と比べて著しく増加または減少（変動率50%以上かつ変動差5%以上）したときは、第3年度の課税期間で調整する。
• 居住用賃貸建物：令和2年10月1日以後に取得した居住用賃貸建物は、そもそも仕入税額控除の対象外である。ただし取得から3年以内に課税賃貸用に供したり譲渡したりした場合は、一定額を第3年度の課税期間等で控除に加算できる。賃貸マンションを扱う顧問先では必須の論点。

11. 税抜経理と税込経理

控除対象外消費税額等

税抜経理を採用していて課税売上割合が95%未満（または課税売上高5億円超）の場合、仮払消費税等のうち控除できなかった部分が生じる。これを控除対象外消費税額等という。処理は次のフローで決まる。

1. STEP1 経費等に係るものか、資産に係るものか
   経費等（交際費等を除く）に係るものは、発生した事業年度の損金に算入する。以下は資産に係るものについて判定する。
2. STEP2 課税売上割合が80%以上か
   80%以上なら、資産に係るものであっても全額を発生年度の損金に算入する。
3. STEP3 棚卸資産に係るものか
   課税売上割合が80%未満でも、棚卸資産に係るものは発生年度の損金に算入する。
4. STEP4 一の資産に係る金額が20万円未満か
   20万円未満なら発生年度の損金に算入する。
5. STEP5 それ以外は繰延消費税額等として資産計上する
   60か月で均等償却する。損金経理が要件。別表十六(十)「資産に係る控除対象外消費税額等の損金算入に関する明細書」で処理する。

償却額の計算式

• 初年度：繰延消費税額等 × その事業年度の月数 ÷ 60 × 2分の1
• 翌年度以降：繰延消費税額等 × その事業年度の月数 ÷ 60

計算例：課税売上割合70%の法人が建物を取得。建物に係る仮払消費税等500万円のうち、控除できなかった額が150万円。課税売上割合80%未満で、棚卸資産ではなく、20万円以上であるため繰延消費税額等となる。事業年度は12か月。

12. 申告書の作成手順

使用する様式

作成手順

1. STEP1 税区分別の集計表を出す
   会計ソフトから消費税集計表を出力し、税率別・区分別の金額を確認する。売上と仕入の両方で、10%・軽減8%・非課税・不課税・免税・経過措置（80%と70%）の各区分に金額が入っているかを見る。予期しない区分に金額があれば入力誤りを疑う。
2. STEP2 課税標準額を計算する
   税率ごとの課税売上高（税込）に、標準税率分は100/110、軽減分は100/108を掛ける。それぞれ千円未満切捨てで課税標準額を出す。
3. STEP3 課税標準額に対する消費税額を計算する
   標準税率分は課税標準額 × 7.8%、軽減分は × 6.24%。これが割戻し計算による売上税額である。
4. STEP4 控除税額を計算する
   控除対象仕入税額（付表2-3または付表5-3で計算）、返還等対価に係る税額、貸倒れに係る税額を集計する。
5. STEP5 差引税額を求める
   売上税額に貸倒回収に係る消費税額を加え、控除税額を差し引く。百円未満切捨て。
6. STEP6 中間納付税額を差し引く
   納付すべき税額（または還付税額）が確定する。
7. STEP7 地方消費税を計算する
   差引税額（＝地方消費税の課税標準となる消費税額）に78分の22を掛けて譲渡割額を求める。百円未満切捨て。
8. STEP8 第二表と付表を突合する
   第二表の課税標準額の内訳と、付表の税率別金額が一致しているかを確認する。ここが合わなければ集計のどこかが誤っている。
9. STEP9 決算書の仮受・仮払と突合する
   税抜経理なら、仮受消費税等と仮払消費税等の差額が、申告書の納付税額とおおむね一致するはずである。差額が大きい場合は税区分の誤りを疑う。この突合を省略しない。

割戻し計算と積上げ計算

• 組み合わせの制限：売上税額を積上げ計算にした場合、仕入税額は積上げ計算しか使えない。売上税額を割戻し計算にした場合は、仕入税額はどちらでもよい。
• 売上税額で割戻しと積上げを併用することは可能だが、その場合も仕入税額は積上げ計算のみになる。
• 実務上は売上は割戻し、仕入は割戻しの組み合わせが最も簡便で、中小企業の大半はこれで足りる。
• 小売業など1件あたりの単価が小さく取引件数が多い事業者は、売上を積上げ計算にすると端数処理の積み重ねで有利になることがある。ただし仕入も積上げにしなければならず、事務負担とのバランスで判断する。

13. 届出書一覧

消費税は届出書の提出期限を1日でも過ぎると取り返しがつかない。提出の記録は必ず控えを保管し、事務所ルールとして提出日・受付日をデータベースで管理する。

14. 実務チェックリストとよくあるミス

期首（前期申告後）の確認

• 当期の納税義務の有無を、基準期間・特定期間・インボイス登録の3点で確認したか
• 当期の課税方式（本則・簡易・2割特例）を確定し、顧問先に伝えたか
• 簡易課税を選ぶ場合、届出書は前期末までに提出済みか
• 調整対象固定資産・高額特定資産の3年縛りに該当していないか、固定資産台帳で確認したか
• 前期に免税事業者から課税事業者になった場合、期首棚卸資産に係る消費税額の調整を行ったか
• 中間申告の回数と各回の期限をスケジュールに登録したか
• 会計ソフトの税区分の初期設定（取引先マスタの登録番号、既定税区分）を更新したか

期中の記帳・証憑

• 取引先ごとの登録番号を取引先マスタに登録し、公表サイトで確認済みか
• 登録番号のない取引先について、経過措置の税区分（2026年10月1日以後は70%）を正しく当てているか
• 2026年10月1日をまたぐ取引を、支払日ではなく仕入れを行った日で区分したか
• 年払いの家賃・保守料など、2026年9月30日と10月1日にまたがる継続的役務を期間按分したか
• 少額特例の対象事業者であれば、税込1万円未満の仕入れに経過措置の税区分を当てていないか
• 軽減税率8%と旧税率8%を別の税区分で処理しているか
• 受取利息・社宅家賃・土地売却など、非課税売上を漏れなく計上しているか
• 補助金・助成金・保険金・損害賠償金を不課税で処理しているか
• 給与と外注費の区分は、契約書・請求書・指揮命令関係から説明できるか
• 司法書士報酬の請求書を、報酬（課税）と登録免許税等（不課税）に分けて入力したか
• 海外出張の航空券（免税）と現地費用（不課税）を区分したか
• 本則課税なら、課税仕入れの用途区分（課税売上対応・非課税売上対応・共通対応）を入力しているか
• 電子取引で受領したインボイスを、電子帳簿保存法の要件に従って保存しているか
• 自社が交付する請求書が適格請求書の6要件を満たしているか、税率ごとの端数処理は1回になっているか
• 値引き・返品を、元の取引と同じ税率で対価の返還等として処理しているか
• 振込手数料を売上値引きで処理する運用に統一しているか

決算・申告時

• 課税売上割合を計算し、95%以上か、課税売上高5億円以下かを判定したか
• 95%未満の場合、個別対応方式と一括比例配分方式の両方を試算して有利な方を選んだか
• 一括比例配分方式を選んだ場合、2年継続適用の縛りを顧問先に説明したか
• 土地の譲渡があった場合、課税売上割合に準ずる割合の申請を課税期間の末日までに行ったか
• 前期に準ずる割合の承認を受けた場合、当期に不適用届出書を提出したか
• 簡易課税なら、車両・機械等の固定資産売却を第4種で拾ったか
• 簡易課税で2以上の事業がある場合、原則計算と75%特例の両方を計算して有利な方を採用したか
• 税抜経理で控除対象外消費税額等が生じた場合、資産区分・課税売上割合80%・20万円基準で判定したか
• 繰延消費税額等がある場合、別表十六(十)を作成し、初年度は2分の1で償却したか
• 交際費等に係る控除対象外消費税額等を交際費の額に加算したか
• 仮受消費税等と仮払消費税等の差額が申告書の納付税額とおおむね一致するか突合したか
• 第二表と付表の税率別金額が一致しているか確認したか
• 中間納付税額を正しく差し引いたか（納付書控えまたは納税証明で確認）
• 翌期の課税方式を検討し、届出の要否を決算報告の場で決めたか
• 2割特例を適用している顧問先について、終了時期と簡易課税届出の期限を管理表に記載したか

よくあるミス集