第16章 税務調査対応｜会計事務所 実務ハンドブック

CHAPTER 16税務調査対応

税務調査は事故ではなく、申告内容を確かめる通常の行政手続である。慌てないための条件はただ一つ、通知を受けた瞬間に段取りが決まっていることに尽きる。本章は調査の種類と選定、事前通知から当日の進行、頻出論点への備え、指摘を受けたときの選択肢、終了後の後始末までを時系列で並べる。

1. 税務調査の種類と、選定されやすい法人

まず「今、何が起きているのか」を正確に分類する。種類が違えば、対応する相手も、答え方も、加算税の扱いも変わる。顧問先から「税務署から電話があった」と連絡を受けたら、最初にこの表のどこに当たるかを聞き取る。

調査の種類

選定されやすい法人の特徴

調査対象は無作為ではない。申告書と決算書のデータは電子的に蓄積・分析され、同業種・同規模との比較や過年度との変動から異常値が抽出される。以下は選定されやすい典型である。担当先がいくつ当てはまるかを、決算のたびに自分で確認する習慣を持つ。

• 前回調査から5年以上経過している。あるいは設立以来一度も調査を受けていない
• 売上高が急増または急減した。特に売上が伸びているのに所得が横ばいまたは減少している
• 売上総利益率・営業利益率が前期から大きく動いた。同業種平均から乖離している
• 消費税の還付申告をした。多額の設備投資、輸出取引、居住用でない建物の取得がある
• 役員報酬が大きく変動した。役員貸付金・仮払金が多額で継続的に残っている
• 雑収入・雑損失・特別損失に多額かつ内容が読み取れない項目がある
• 現金売上の比率が高い業種（飲食、美容、小売、医院、建設の一部）である
• 外注費の比率が高い、または前期から急増している
• 海外取引、関係会社間取引、同族関係者との不動産取引がある
• 過去に修正申告歴、特に重加算税の賦課歴がある
• 申告書に添付すべき明細書が欠けている、勘定科目内訳明細書の記載が空欄だらけである

2. 事前通知の11項目と、通知後の段取り

実地調査を行うときは、原則として納税者と税務代理人に対し、あらかじめ電話等で通知される。通知される事項は法令で定められた11項目である。電話を受けたら、この11項目を漏らさずメモする。あとの準備の設計図がここにすべて入っている。

事前通知の11項目

通知を受けてから当日までの段取り

1. STEP1　通知内容を記録し、所内で共有する
   11項目をそのままメモに落とし、担当・上席・所長で共有する。調査対象期間の申告書控えと決算書を即座に手元に出す。過去の調査履歴、前回指摘事項、その後の是正状況を確認する。
2. STEP2　顧問先へ当日中に連絡する
   「税務調査の連絡がありました」で終わらせない。調査は通常の手続であること、通知された税目と期間、当日の所要日数（通常2日間）、社長に同席してもらう時間帯、準備してほしい資料を、その場で具体的に伝える。顧問先の不安は情報量の不足から生まれる。
3. STEP3　日程を調整する
   決算・申告期限・棚卸・繁忙期・社長の出張と重ならないかを確認し、支障があれば変更を申し出る。日程は「顧問先の都合」で決める。担当者が立ち会えない日程を安請け合いしない。
4. STEP4　準備指示を書面で出す
   口頭指示は必ず抜ける。次節のチェックリストを顧問先用に整えて渡し、誰が何をいつまでに用意するかを表にする。電子データは所在（サーバー、クラウド、担当者のパソコン）まで特定する。
5. STEP5　自主点検を行う
   調査対象期間の総勘定元帳を、後述の頻出論点の観点で先に読む。誤りを見つけたら、通知前であれば自主的な修正申告で加算税を回避できる余地がある。通知後でも、更正を予知する前の修正申告は加算税が軽減される。
6. STEP6　顧問先と事前打合せをする
   調査前日または数日前に訪問し、当日の進行、社長に聞かれること、答え方のルールを共有する。書類の置き場所と動線も確認する。金庫・レジ・在庫置場の場所を把握しておく。

3. 準備の実務チェックリスト

準備の目的は「求められた資料をその場で出せる状態」を作ることである。探し回る時間が長いほど調査は延び、調査官の関心は「なぜ整理されていないのか」に向かう。以下を印刷して顧問先に渡し、担当者と一緒に消し込む。

申告・決算関係

• 調査対象期間の法人税・地方税・消費税の申告書控え（別表・付表・添付書類を含む一式）
• 決算書、勘定科目内訳明細書、法人事業概況説明書
• 株主総会議事録、決算承認の記録、定款、登記事項証明書
• 前回調査の指摘事項と修正申告書、その後の処理変更の記録

帳簿・証憑

• 総勘定元帳、補助元帳、仕訳帳（全期間・全科目。抜粋ではなく通しで）
• 現金出納帳、預金通帳の原本（全口座。定期・積立・別段預金も含む）
• 売上・仕入の請求書控えと請求書、納品書、受領書、注文書、見積書
• 領収書、レシート、クレジットカード明細、電子マネー・キャッシュレス決済の明細
• 手形記入帳、受取手形・支払手形の現物または控え、借入金の返済予定表

契約・意思決定

• 売買契約書、業務委託契約書、賃貸借契約書、リース契約書、保険証券
• 取締役会議事録、稟議書、決裁書、社内規程（旅費規程、慶弔規程、貸付規程）
• 役員報酬の改定を決議した議事録（改定時期と金額が定期同額給与の要件を満たすかの根拠）
• 事前確定届出給与の届出書控えと、実際の支給日・支給額がわかる資料

人件費・源泉

• 賃金台帳、出勤簿・タイムカード、雇用契約書、給与規程
• 源泉徴収簿、扶養控除等（異動）申告書、年末調整関係書類、法定調書合計表
• 源泉所得税の納付書控え（納期特例の適用有無を含む）
• 外注先の一覧、外注契約書、請求書、支払調書
• 社会保険・労働保険の申告書と、給与総額との突合資料

資産・在庫

• 棚卸表（原始記録である現物カウント用紙まで含む）、評価方法の届出書控え
• 固定資産台帳、減価償却の計算根拠、除却・売却の証憑（廃棄写真、マニフェスト等）
• 少額減価償却資産の特例の適用明細（別表十六(七)）と、取得価額がわかる資料
• 倉庫・現場・預け先の在庫の所在一覧、積送品・未着品・預け在庫のリスト
• 貯蔵品（未使用の切手・収入印紙・商品券・回数券）の期末実査記録

電子データと電子帳簿保存法

2026年（令和8年）時点で、電子取引データの電子保存は全事業者の義務である。調査では「電子で受け取った請求書を、電子のまま、探せる形で保存しているか」が具体的に問われる。当日になって慌てないよう、次を先に確認する。

• 会計データを調査官に提示できる形にしてあるか（画面表示、印刷、CSVでの出力手順を担当者が実演できるか）
• 電子取引データの保存場所が特定されているか。メール添付、Web明細のダウンロード、EDI、クラウド上のやり取りをすべて洗い出したか
• ファイル名規則が運用されているか（例：20260507_11000_取引先名）。索引簿方式の場合は索引簿が最新か
• 基準期間の売上高が5,000万円以下の顧問先は、調査時にダウンロードの求めに応じられれば検索要件は不要。5,000万円超は日付・金額・取引先による検索ができるか
• 電子取引データの事務処理規程が整備され、実際の運用と一致しているか
• 猶予措置に依拠している場合、データのダウンロードと出力書面の提示・提出の両方に応じられる体制になっているか
• バックアップの所在と復元手順。担当者が退職している場合のアクセス権限

4. 調査当日の進行

標準的な中小企業の実地調査は2日間である。初日午前は概況ヒアリング、初日午後から2日目にかけて帳簿の確認、最終日夕方に指摘事項の整理という流れになる。それぞれの局面で誰が何を話すかを、事前に決めておく。

1日目午前 — 概況ヒアリング

調査官は帳簿をいきなり開かない。まず社長から会社の話を聞く。ここで得た情報をもとに、午後どこを重点的に見るかを決めている。つまり午前のヒアリングは雑談ではなく、調査の設計そのものである。

担当者（会計事務所職員）の役割

• 進行の管理。調査官と顧問先の間に立ち、質問の意図を必要に応じて言い換えて伝える。専門用語で聞かれて社長が意味を取り違えたまま答える事故を防ぐ。
• 記録。誰が、いつ、何を質問し、誰がどう答えたかを時系列で書き残す。提出した資料、預けた原本、後日回答とした事項をすべて記録する。この記録が、後日の指摘に対する反論の土台になる。
• 資料の出し入れ。求められた資料を出す。求められていない資料を勝手に出さない。所在がわからないものは「確認して後ほど」と答える。
• 会計処理の説明。仕訳の根拠、採用した基準、判断の理由を説明するのは職員の仕事である。社長に会計処理の理由を答えさせない。
• 時間管理。昼食は別々にとる。調査官を接待しない。手土産・贈答は一切しない。

質問への回答ルール

1. 事実だけを答える。推測、憶測、希望的観測を混ぜない。
2. わからないことは「わかりません。確認して後日回答します」と答える。これは逃げではなく、正しい対応である。曖昧な記憶で答えた内容が後で事実と食い違うと、その食い違い自体が仮装隠蔽の疑いを招く。
3. 後日回答とした事項は必ずメモし、期限を切って回答する。放置は最も心証を損なう。
4. 解釈を求められたら職員が答える。「この費用はなぜ交際費ではないのか」といった税務判断の質問は、社長ではなく職員が根拠を示して答える。
5. その場で修正を約束しない。「確かに違いますね、直します」と即答すると、事実関係を確認する前に非を認めたことになる。持ち帰って検討すると伝える。

原本の預かりと預り証

調査官が帳簿書類の一部を署に持ち帰ることがある。これは国税通則法第74条の7に基づく提出物件の留置きであり、応じる場合は必ず預り証の交付を受ける。以下を必ず確認する。

• 預り証に、預かる物件の名称・数量・期間が具体的に特定されているか（「帳簿一式」のような包括表記は避けてもらう）
• 預り証の写しを顧問先と事務所の双方で保管したか
• 業務に必要な書類は、コピーを取ってから渡したか
• 返却の見込み時期を確認したか。返却時は預り証と現物を照合し、受領の記録を残したか

5. 調査官がよく見る論点と、その備え

調査で問題になる論点は、業種を問わずおおむね決まっている。以下の表を決算作業のチェックリストとしても使う。調査対策とは、調査の直前にやることではなく、毎期の決算でこの表を潰しておくことである。

6. 指摘を受けたときの対応

まず、争いの性質を切り分ける

指摘に対応する最初の作業は、それが事実認定の争いなのか法解釈の争いなのかを見極めることである。この切り分けを飛ばして反論すると議論が噛み合わない。

修正申告の勧奨と更正の違い

不服申立ての流れ

1. STEP1　再調査の請求
   処分を行った税務署長等に対して請求する。処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内。省略して直接審査請求をすることもできる。
2. STEP2　審査請求
   国税不服審判所長に対して行う。処分の通知を受けた日の翌日から3か月以内。再調査の請求をした場合は、その決定の通知を受けた日の翌日から1か月以内。審判所は税務署から独立した機関で、法令解釈が争点の事案ではここで納税者の主張が認められることもある。
3. STEP3　訴訟
   裁決に不服がある場合、裁決の通知を受けた日から6か月以内に地方裁判所へ出訴する。ここまで来ると弁護士との共同対応になる。

加算税と延滞税

上記に加えて、次の加重がある。

• 繰り返しの加重。過去5年内に無申告加算税または重加算税を課されたことがある場合、無申告加算税・重加算税がそれぞれ10%加重される。
• 帳簿の不提示等による加重。売上に関する一定の帳簿の提示・提出がない場合や記載が著しく不十分な場合、過少申告加算税・無申告加算税が10%（不十分の程度により5%）加重される。令和6年（2024年）1月1日以後に法定申告期限が到来する国税に適用される。
• 延滞税。法定納期限の翌日から完納の日までの日数に応じて課される。納期限の翌日から2か月以内の期間と、それ以後の期間で割合が異なり、後者は大幅に高い。割合は毎年告示されるため、計算時に必ず適用年の割合を確認する。※延滞税の割合は年ごとに変動するため、最新の割合は要確認

重加算税の要件

重加算税は「隠蔽」または「仮装」があった場合にのみ課される。単なる計算誤りや解釈の誤り、うっかりの計上漏れでは課されない。ここは絶対に譲らずに事実を確認する。税率が重いだけでなく、過去5年内の賦課歴が次回以後の加重要件になり、青色申告の承認取消しの検討材料にもなるからである。

7. 調査終了までの流れと、終了後にやること

1. STEP1　実地調査の終了
   帳簿の確認が終わると、調査官は署に戻って検討する。この間、追加資料の提出依頼や電話での質問が続くことがある。後日回答とした事項は、この期間に期限を切って回答する。
2. STEP2　調査結果の説明
   非違があると認められる場合、その内容・金額・理由が説明される。この説明は必ずメモを取る。指摘項目ごとに、事実、根拠条文、税目、対象年度、増差所得、税額を一覧にする。
3. STEP3　検討と回答
   持ち帰って検討する。納得できる指摘と、納得できない指摘を分ける。納得できない部分は根拠を示して主張する。全部を丸呑みしないし、全部を突っぱねもしない。
4. STEP4　修正申告または更正
   修正申告の勧奨に応じる場合は修正申告書を作成・提出する。応じない場合は更正処分を待つ。是認の場合は更正決定等をすべきと認められない旨の通知書が交付される。これは必ず受け取り、保管する。
5. STEP5　納付
   修正申告の場合、本税は修正申告書の提出日が納期限となる。加算税は後日届く賦課決定通知書に従って納付する。延滞税は納付日までの日数で計算される。資金繰りを顧問先と確認し、一括納付が困難な場合は納税の猶予や換価の猶予の相談を早めに行う。

終了後にやること

調査が終わって修正申告書を出したら仕事は終わり、ではない。同じ指摘を次回も受けるなら、事務所として何も学んでいないことになる。次の3つを必ず実行する。

• 調査記録を残す。調査年月日、調査官の所属と氏名、対象税目・期間、指摘事項、増差所得と税額、加算税の種類、こちらの主張と結論。1枚にまとめて顧問先ファイルの先頭に綴じる。次回の調査で必ず参照される
• 原因を分析する。指摘は「顧問先の運用に原因があるもの」と「事務所のチェックに原因があるもの」に分けられる。後者は事務所の決算チェックリストに項目を追加する。前者は顧問先の業務フローの手直しにつなげる
• 顧問先の社内ルールを直す。領収書裏面への参加者記載、現金出納帳の日次締め、在庫カウント用紙の保存、契約書の締結時チェックなど、指摘に対応する具体的な運用ルールを文書化して渡す。口頭の注意は3か月で消える
• 翌期の申告に反映する。指摘を受けた処理は翌期以後も同じ論点として残る。会計ソフトの税区分設定、按分率、判定基準を書き換える。翌期の決算チェックリストに「前回調査指摘事項の反映確認」を必ず入れる
• 顧問先への報告を行う。結果、原因、再発防止策を書面で報告する。社長は「いくら払うことになったか」よりも「なぜ起きて、次はどうするか」を知りたい

8. 職員としての心構え

顧問先を守るとは何か

「顧問先を守る」を「税額をゼロにする」「調査官を追い返す」と取り違えないこと。守るとは、次の3つを指す。

• 正しい税額に落ち着かせること。払わなくてよい税金を払わせないと同時に、払うべき税金を払わずに後で重い負担を負わせない。過大な指摘には根拠を示して反論し、正当な指摘には速やかに応じる。
• 不必要な負担から遠ざけること。調査の長期化、重加算税、青色申告の承認取消しといった、避けられたはずの不利益を避ける。そのために平時の記録と当日の言葉遣いを整える。
• 次に同じことが起きない状態を作ること。調査は顧問先の管理体制を第三者が点検してくれる機会でもある。指摘を運用改善に変換して初めて、顧問料に見合う仕事になる。

嘘をつかない

これは倫理の話であると同時に、極めて実務的な話である。虚偽の答弁は罰則の対象であり、税理士にとっては懲戒の対象にもなる。それ以上に、一度でも事実と違うことを言えば、以後のこちらの主張はすべて疑われる。正しい主張まで通らなくなる。

知らないことは「知りません」、確認していないことは「確認します」、記憶が曖昧なことは「記憶が定かでないので記録で確認します」と言う。これは弱腰ではない。事実を積み上げる者だけが、最後に正しい結論に辿り着ける。

記録を残す

調査の場では、記録を持っている側が強い。逆に、記録のない主張はどれほど正しくても通らない。次の3層で記録を残す習慣を持つ。