2026年10月1日から、インボイス制度の経過措置が変わります。免税事業者など、インボイス発行事業者以外からの仕入について、消費税の控除割合が80%から70%に下がります。
令和8年度税制改正で、この経過措置は「80%→70%→50%→30%→0%」の5段階に延長されました。この記事では国税庁の公表資料に基づき、変更点と9月30日までに済ませたい実務対応を解説します。
結論から言うと、やることは3つです。「免税仕入先の棚卸」「会計ソフトの設定確認」「帳簿の記載ルール変更」を9月中に終わらせましょう。
何が変わる？7・5・3割控除の新スケジュール
国税庁によると、改正後の控除割合は次のとおりです。切替日はいずれも10月1日です。
| 期間 | 控除割合 |
|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
| 2031年10月1日〜 | 控除なし |
改正前は、2026年10月に一気に50%へ下がる予定でした。今回の見直しで下げ幅が緩やかになり、終了時期も2031年9月へ2年延長されています。
控除割合は「仕入をした日」で判定します。請求書の締日や支払日ではない点にご注意ください。
負担はいくら増える？年550万円の仕入で試算
免税事業者から年間550万円（税込）の仕入がある場合で試算します。仕入に含まれる消費税相当額は50万円です。
- 2026年9月まで：控除40万円（自己負担10万円）
- 2026年10月から：控除35万円（自己負担15万円）
- 差額：年間5万円の負担増
改正前の予定どおり50%になっていれば、負担増は年間15万円でした。70%を挟むことで、当面の影響は3分の1に抑えられた形です。
9月30日までにやること3つ
①免税仕入先のリストアップ
取引先が登録事業者かどうかは、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確認できます。未登録の仕入先と年間取引額を一覧にして、負担増の金額を把握しましょう。
②会計ソフトの税区分設定
多くの会計ソフトには「課税仕入80%（経過措置）」の税区分があります。10月1日以降の伝票で70%用の区分を選べるか、設定を確認してください。10月以降も80%のまま入力すると控除が過大になり、過少申告につながります。
③帳簿の記載と期またぎ請求書
経過措置の適用には、帳簿への「80%控除対象」「70%控除対象」といった記載が必要です。9月26日〜10月25日締めのような請求書は、9月分と10月分を仕入日で分けて処理します。
売る側の小規模事業者はどうなる？2割特例の終了と3割特例
2割特例（納付額を売上税額の2割にできる特例）は、令和8年9月30日の属する課税期間で終了します。個人事業主は令和8年分（2026年分）の申告が最後です。
令和8年度改正では、個人事業者に限り「3割特例」が新設されました。令和9年分・令和10年分の納付税額を、売上税額の3割にできます。法人は対象外のため、簡易課税制度への移行が主な選択肢になります。
どの計算方式が有利かは、業種のみなし仕入率によって変わります。卸売・小売は簡易課税が有利になりやすく、サービス業は3割特例が有利になりやすい傾向です。
大口取引の注意点：上限が年1億円に
2026年10月1日以後に開始する課税期間からは、同じ免税事業者等からの仕入のうち年1億円（税込）を超える部分に経過措置を使えません。改正前の上限は10億円でした。
外注比率の高い建設業・製造業などは、仕入先ごとの年間支払額を集計しておくと安心です。
まとめ
- 2026年10月1日の仕入から控除割合は70%（仕入日で判定）
- 経過措置は80→70→50→30→0%の5段階になり、終了は2031年9月30日
- 9月中に「仕入先棚卸・ソフト設定・帳簿ルール」の3点を準備
- 2割特例は令和8年分で終了。個人は3割特例、法人は簡易課税を検討
登録判断から仕訳・申告までの全体像は、図解21点とガントチャート3本で整理した特設ページ「インボイス制度 完全実務ガイド」にまとめています。個別のご相談はジェイスタート会計事務所へお気軽にどうぞ。
※本記事は2026年7月時点の法令・情報に基づく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の適用にあたっては税理士等の専門家にご相談ください。