眼科クリニックの会計・税務で税理士に確認したい5つの論点と顧問契約

眼科クリニックの税理士選びで確かめたいのは、料金の安さより、保険診療・自由診療・物販が混在する収入構造を理解しているかです。消費税の区分、レセプト収入の計上時期、高額機器の扱い、医業特有の税制、医療法人化の判断という5つの論点と、顧問契約で確認したいことを整理します。

論点1：収入の3区分で消費税はどう変わる？

眼科の収入は、白内障手術や緑内障の管理といった保険診療、ICL・オルソケラトロジーなどの自由診療、そしてコンタクトレンズやケア用品の物販に分かれます。消費税の扱いはこの区分ごとに異なり、保険診療は非課税、自由診療や物販は課税が原則です。

収入の区分	主な例	消費税	簡易課税を選んだ場合の事業区分
保険診療	白内障手術、緑内障の検査・管理など	非課税	対象外
自由診療	ICL、オルソケラトロジーなど	課税	第5種（みなし仕入率50%）
物販	コンタクトレンズ、ケア用品	課税	第2種（みなし仕入率80%）
文書料	診断書・証明書の作成料	課税	第5種（みなし仕入率50%）

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高で判定します。非課税の保険診療は含めず、自由診療・物販・文書料などの課税売上だけで1,000万円を超えると、原則としてその2年後から課税事業者になります。

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コンタクトレンズの販売を別の法人（MS法人：医療以外の業務を担う関連会社）で行う場合は、クリニックとの取引条件や役割分担が妥当かどうかも論点になります。医療機関の経営に関わる話題は医療・歯科クリニックの経営に役立つ最新情報にもまとめています。

論点2：保険診療の収入はいつ計上する？レセプトの入金サイクル

保険診療の収入は、窓口で受け取る患者負担分と、社保（社会保険診療報酬支払基金）・国保（国民健康保険団体連合会）から入金される分に分かれます。後者は、診療した月の翌月にレセプト（診療報酬明細書）を提出し、審査を経て後の月に入金されます。

税務上の収入は、入金した時点ではなく診療した時点で計上するのが原則です。年末（法人は決算月）に入金されていない診療分は未収金として計上する必要があり、入金ベースで記帳していると、収入が実際より少なく計算されてしまいます。

また、レセプトの返戻（差し戻し）や査定（減額）があれば、請求額と入金額に差が出ます。差額の理由を記録しておかないと、未収金がいつまでも残ったり、決算で原因不明の差額が出たりします。

• 診療月ごとの請求額と、社保・国保からの入金額を照合している
• 返戻・査定の内容と金額を記録し、再請求の状況を把握している
• 窓口の現金と日計表（その日の診療収入の集計）が毎日一致している
• 自由診療・物販・文書料の売上を、保険診療と分けて記録している
• コンタクトレンズなどの在庫を期末に数え、棚卸資産として計上している

論点3：高額な検査・手術機器はどう処理する？

眼科は、OCT（光干渉断層計）や視野計、眼底カメラ、白内障の手術装置、手術用顕微鏡など、高額な機器が多い診療科です。機器は取得価額（本体価格に据付費などを含めた金額）によって、その年に全額を経費にできるか、耐用年数にわたって減価償却するかが分かれます。

取得価額	処理	ポイント
10万円未満	消耗品費などとして全額経費	小型の器具や備品など
20万円未満	一括償却資産として3年で均等に経費化も選べる	償却資産税の申告対象外
40万円未満	少額減価償却資産の特例で全額経費（年300万円まで）	青色申告の中小企業者等が対象。2026年4月1日以後の取得から（それまでは30万円未満）。2029年3月31日までの取得が対象
上記以外	耐用年数に応じて減価償却	検査機器・手術装置の多くはここに当たる

高額な機器は、購入かリースかで資金繰りと総支払額が変わります。開業時は内装工事と機器の購入が重なるため、融資の返済計画と減価償却の見通しを一緒に組み立てておくと、手元資金が不足する時期を避けやすくなります。

機器の価格に含まれる消費税も、論点1のとおり保険診療が中心だと多くを差し引けません。設備投資の時期は、消費税の計算方法の選択とあわせて検討します。

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論点4：医業特有の税制は？事業税の非課税と概算経費の特例

医業には、一般の事業にはない税制があります。代表的なのが、社会保険診療報酬に対する事業税の非課税です。個人事業税（多くの業種で税率5%、事業主控除290万円）や医療法人の法人事業税では、社会保険診療報酬に係る所得は課税の対象から外れ、自由診療や物販の所得にだけ事業税がかかります。

もう一つが、社会保険診療報酬が一定額以下などの要件を満たす場合に、実際の経費の代わりに法定の割合で計算した経費を差し引ける特例（いわゆる概算経費率の特例）です。実際の経費と比べて有利なときに選ぶもので、適用要件や金額基準は改正されることがあるため、最新の内容を国税庁の情報で確認します。

論点5：医療法人化はいつ検討する？判断の軸

個人クリニックの利益が安定して大きくなると、医療法人化による税負担の平準化や事業承継への備えが選択肢に入ります。ただし法人化には都道府県の認可が必要で、社会保険の負担や資金の使い方の制約など、不利になる面もあります。

判断の軸	個人クリニック	医療法人
税率	所得税は5〜45%の累進課税＋住民税10%	法人税は中小法人の年800万円以下の部分15%（2027年3月31日までに開始する事業年度）、それを超える部分23.2%
院長の受け取り方	利益がそのまま事業所得	役員報酬（給与所得控除の対象）と退職金。剰余金の配当はできない
社会保険	常時5人以上を使用すると強制適用	役員1人だけでも強制適用
手続き	開業届など税務署・保健所への届出	都道府県の認可、法人の登記、各種届出
承継	院長個人の資産として相続の対象	法人として診療を続けながら承継を設計できる

法人化の損益分岐は、院長の所得水準や家族構成、借入金の状況によって変わります。毎年の決算のたびに試算を更新してくれる税理士だと、判断の時期を逃しにくくなります。詳しい判断基準は眼科クリニックの法人化のタイミングと判断基準で整理しています。

税理士に任せる範囲はどう決める？顧問料が決まる要素

任せる範囲は、院内に経理を担当できる人がいるか、院長が数字の確認にどれだけ時間を割けるかで決めます。範囲を決めておくと、見積りの比較もしやすくなります。

業務	院内で行う場合	税理士に任せる場合
記帳	会計ソフトに日々入力し、税理士が月次で確認	通帳・領収書・日計表を渡し、記帳代行で入力
決算・申告	—	所得税・法人税・消費税・事業税の申告
給与計算・年末調整	給与ソフトで計算し、年末調整だけ確認を受ける	勤怠データを渡して計算・源泉徴収・年末調整まで
資金繰り・融資	院長が金融機関と直接やり取り	試算表と事業計画をもとに返済計画や融資の準備を支援
法人化・承継の試算	—	決算ごとに試算を更新

顧問料に一律の定価はなく、主に次の要素で決まります。同じ診療収入でも、保険診療中心で取引がシンプルなクリニックと、自由診療と物販が多く消費税の計算が複雑なクリニックでは、作業量が大きく異なります。

• 診療収入の規模と、個人か医療法人か
• 記帳代行を含むかどうか、月次の面談・訪問の頻度
• 自由診療・物販の割合（消費税の計算の複雑さ）
• 給与計算・年末調整の対象人数
• 分院やMS法人など、関連する事業体の有無

見積りを取る際は「何が含まれて何が別料金か」を確認しましょう。当事務所の料金の考え方と契約までの流れは料金・契約・業務フローで公開しています。なお、当事務所は継続的な顧問契約でお受けしており、決算・申告だけのスポットのご依頼はお受けしていません。

面談では何を確認する？顧問契約前のチェックリスト

面談では、次の項目を質問の形で確認してみてください。回答の具体性で、医科のクリニックへの慣れはおおむね分かります。

• レセプト収入の入金サイクルと、年末・決算月の未収金の処理を説明できるか
• 保険診療・自由診療・物販の区分を踏まえて、消費税の計算方法を提案できるか
• 事業税の非課税や概算経費の特例を、自院に当てはめて説明できるか
• 高額機器の購入・リースの判断や、融資と事業計画の相談に乗れるか
• 医療法人化の試算を数字で示し、決算ごとに更新してくれるか
• 月次の報告の形（試算表の説明、面談の頻度、連絡の手段）が自院に合っているか
• 料金に含まれる業務と、別料金になる業務の範囲がはっきりしているか

よくある質問

まとめ

眼科クリニックの税務は、保険診療・自由診療・物販が混在することで、消費税の区分、レセプト収入の計上時期、高額機器、医業特有の税制、医療法人化という5つの論点が生まれます。税理士は料金の安さより、これらを自院の数字に当てはめて説明できるかで選びましょう。顧問料は業務の範囲と収入構造で決まるため、含まれる業務を確かめてから比較しましょう。