調剤薬局の税務調査｜窓口現金・医薬品在庫・未収調剤報酬で見られる点

調剤薬局の税務調査で重点的に見られるのは、窓口の一部負担金とOTC販売の現金、医薬品の期末在庫、未収の調剤報酬、非常勤薬剤師への支払いです。保険調剤の請求は記録が残るため、質問は記録に残りにくい部分に集まります。日次のレジ締めと棚卸・廃棄の記録が最大の備えです。

調剤薬局の税務調査で見られやすいポイントは？

調剤薬局の売上の大半を占める調剤報酬は、支払基金や国保連合会を通じて入金されます。請求データが保険者側にも残るため、調査官が保険調剤の売上を把握するのに苦労はありません。そのぶん調査では、記録に残りにくい部分に焦点が当たります。

具体的には、窓口で受け取る一部負担金、OTC医薬品や衛生用品などの自費販売、医薬品在庫の動き、そして人件費です。レセコン（調剤報酬の請求に使うコンピューター）のデータと申告書の売上が合っているかの突き合わせは、調査の基本動作として行われます。

論点	調査で確認されること	日頃の備え
窓口の一部負担金	レセコンの窓口請求額と、レジの現金・キャッシュレス入金の一致	日次でレジを締め、差異の理由をその日に記録する
OTC・衛生用品の販売	自費販売の売上の網羅性、値引き・家事消費の扱い	保険調剤と自費販売をレジの部門で分ける
未収の調剤報酬	決算月とその前月に調剤した分の計上漏れ	決算時に請求額を未収金として計上する
医薬品の期末在庫	棚卸の数量・単価、廃棄や店舗間移動の記録	毎期同じ基準で数え、廃棄の証拠を残す
卸からの値引き・割戻し	計上する時期のずれ	契約書と通知書をもとに計上時期を決める
人件費	非常勤薬剤師の給与・外注の区分、家族給与の実態	契約書・シフト表・出勤記録を保存する
消費税	保険調剤（非課税）と自費販売（課税）の区分	課税・非課税を科目で分けて集計する

自店の経理のどこが弱いかは、経理・決算セルフチェックで調査前に点検すると見えてきます。以下、論点ごとに見られ方と備え方を整理します。

窓口の一部負担金とOTC販売の現金はどう確認される？

一部負担金は現金やキャッシュレスで毎日受け取るため、計上漏れやレジの過不足が起きやすい部分です。調査では、レセコン上の窓口請求額と、レジの現金・キャッシュレスの入金額が日ごとに一致しているかが確認されます。差異が出た日は、理由をその日のうちに記録しておくと説明しやすくなります。

OTC医薬品や衛生用品の販売をレジで区分せず、「ついで売上」としてまとめていると、売上の網羅性を疑われる原因になります。保険調剤と自費販売は、レジの部門を分けて記録する運用が安全です。日次のレジ締めでは、次の記録を残しておきます。

• 現金・キャッシュレス・後日払い（未収）に分けた、その日の売上の内訳
• レセコンの窓口請求額との差額と、その理由
• つり銭の準備額（毎日同じ額に戻す）
• 返金・値引き・取消の内容と金額

キャッシュレス決済は入金日ではなく受け取った日の売上

クレジットカードや電子マネー、QRコード決済で受け取った一部負担金は、実際の入金が数日後になることがあります。売上は入金日ではなく受け取った日に計上し、決済手数料は売上から差し引かずに経費として分けて処理します。決済手段ごとの入金のタイミングを把握しておくと、日次の集計と通帳の照合で差異が出にくくなります。

家事消費・値付け・後日払いの一部負担金も見られる

個人の薬局で、店のOTC医薬品や日用品を家族のために使った場合は、その分を売上（家事消費）として計上します。法人で役員が商品を私的に使うと、役員への給与（経済的な利益）として扱われ、源泉徴収や損金算入の問題につながることがあります。

OTCや衛生用品の価格が店舗や時期でばらついていると、売上の網羅性に加えて利益率の説明まで求められることがあります。値引きのルールを決めておき、患者の後日払いになった一部負担金は未収金として管理します。

医薬品の期末在庫と廃棄はどこを見られる？

医薬品の期末棚卸は利益に直結するため、調査で確認される定番の項目です。期末在庫を実際より少なく計上すると、その分だけ売上原価が膨らみ、利益が圧縮されます。在庫100万円分の計上漏れがあれば、利益も100万円少なく申告された計算になります。

期末在庫の計上漏れは、翌期の利益が同じ額だけ多くなる「期ズレ」の一種で、翌期の在庫との整合から発覚しやすい指摘事項です。それでも、申告した期の税額が不足していることに変わりはないため、加算税と延滞税の対象になります。

期限切れの廃棄・不動在庫・予製はルールを決めて記録する

使用期限が切れた医薬品を廃棄したときは、廃棄日・品目・数量の記録と、処分を委託した業者の伝票を残します。動きの少ない不動在庫や、あらかじめ調剤しておく予製も、棚卸での扱いをルールにして毎期同じ基準で数えることが大切です。

店舗間の移動と、卸からの値引き・割戻しの計上時期

複数店舗がある場合、店舗間で医薬品を融通した記録が残っていないと、店舗ごとの在庫数量が合わず、棚卸の正確性を疑われます。移動のつど、日付・品目・数量と移動元・移動先を記録しておきます。

医薬品卸から受ける値引きや割戻し（リベート）は、計上する時期のずれが確認されます。法人税の通達の考え方では、算定の基準が契約で明示されているものは仕入れた期に、通知を受けて初めて金額が決まるものは通知を受けた期に計上します。契約書と通知書は、該当する期の資料として保存しておきます。

調剤報酬の未収計上と返戻・査定はどう処理する？

保険調剤の報酬は、調剤した月の翌月に支払基金や国保連合会へ請求し、翌々月に入金されるのが一般的です。売上は入金した時ではなく調剤した時に計上するため、決算月とその前月に調剤した分は、入金前でもその期の売上（未収金）になります。

入金ベースで記帳していると、毎期の売上が後ろにずれ、決算期の未収分の計上漏れとして指摘されます。毎期の未収額がほぼ同じなら影響は小さく見えますが、開業した期や、店舗・処方箋の受付が増えている時期は、期首と期末の未収額の差がそのまま所得の計上漏れになります。

返戻（請求の差戻し）や査定（請求額の減額）があったときに、当初計上した売上との差額を翌月以降どう調整しているかも確認されやすい点です。再請求した分と回収を断念した分を分けて管理し、処理のルールを毎期同じにしておきます。

非常勤薬剤師や家族への給与は何が問題になる？

非常勤薬剤師への支払いが給与か外注費かは、契約書の名目ではなく勤務の実態で判断されます。シフトに入り、薬局の指示を受けて時間単位で働いているのに外注費として処理していると、源泉徴収の漏れとしてさかのぼって指摘される可能性があります。

外注費が給与と判断されると、源泉所得税の不足分に不納付加算税と延滞税がかかります。さらに、給与は消費税の課税仕入れに当たらないため、外注費として控除していた消費税も認められなくなります。

人材派遣会社から受け入れている薬剤師の対価は、派遣会社に支払う派遣料です。給与ではないため源泉徴収は不要ですが、派遣契約書と請求書をそろえ、直接雇用の非常勤とは科目を分けて記帳します。

家族従業員の給与と、近隣の医療機関との取引

家族従業員への給与は、勤務の実態と金額の妥当性が見られます。タイムカードや業務日報など、働いた事実を示す記録を整えておきます。個人の薬局で青色事業専従者給与を支払う場合は、届け出た範囲内の金額であることも前提です。

近隣の医療機関やその関係者に賃料・業務委託料などを支払っている場合は、契約書と金額の根拠が確認されます。贈答や会食の費用も、相手と目的を記録して交際費として処理しておくと説明しやすくなります。

消費税は何に注意する？保険調剤は非課税、OTCは課税

保険調剤の収入は、社会保険診療等として消費税が非課税です。一方、OTC医薬品・衛生用品の販売や、保険が使えない自費の調剤は課税売上になります。

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定します。非課税の保険調剤はこの金額に含めないため、判定の土台はOTCなどの自費販売の集計です。課税・非課税が混ざったままでは判定そのものを誤るため、レジの部門と会計の科目を対応させておきます。

課税事業者になると、医薬品の仕入れにかかった消費税のうち、非課税の保険調剤に対応する部分は控除できません。調査では、課税売上と非課税売上の区分に加えて、仕入れをどの売上に対応させたか（個別対応方式の用途区分など）の根拠も確認されます。

税務調査の流れと準備しておく資料は？

多くの調査は、税務署からの事前通知で始まります。通知では、調査の日時・場所・目的・税目・対象期間・確認する帳簿書類などが伝えられます。流れは次のとおりです。

1. 事前通知税務署から電話などで連絡が入ります。顧問税理士がいる場合は、税理士に連絡が入ることもあります。
2. 日程の調整と準備薬剤師の配置など営業に支障がある日は、理由を伝えて日程の変更を相談できます。対象期間の帳簿、レジの記録、棚卸表をそろえます。
3. 実地の調査事業の概要や、売上・在庫の管理方法の聞き取りから始まり、帳簿と証拠書類の確認に進みます。レジや在庫の現物、レセコンの画面を確認されることもあります。
4. 追加の質問と資料の提出その場で答えられない点は、確認したうえで後日回答します。追加の資料を求められることもあります。
5. 結果の説明と終了誤りがあれば修正申告を勧められるか、税務署が更正します。問題がなければ、その旨の通知を受けて終わります。

当日は、記憶があいまいな点を推測で答えず、確認してから回答する姿勢で構いません。税務調査の立会いを税理士に依頼するときの流れを事前に確認しておくと、当日の段取りが組みやすくなります。調剤薬局で準備しておきたい資料は次のとおりです。

• 総勘定元帳・仕訳帳、決算書と申告書の控え（対象期間分）
• レジの日計・締めの記録、キャッシュレス決済の入金明細
• レセコンの請求データ、支払基金・国保連合会の入金明細（返戻・査定の分を含む）
• 期末の棚卸表、廃棄の記録と処分業者の伝票、店舗間の移動記録
• 医薬品卸の請求書・納品書、値引き・割戻しの契約書と通知書
• 給与台帳・シフト表・出勤記録、非常勤薬剤師の契約書、派遣契約書
• メールやネットで受け取った請求書・領収書の電子データ

帳簿書類の保存期間は、法人が7年（欠損金が生じた事業年度は10年）です。個人の青色申告者は、帳簿と決算関係書類・現金預金取引等関係書類が7年、その他の書類が5年です（前々年分の所得が300万円以下なら現金預金取引等関係書類は5年）。2024年1月1日以後の電子取引で受け取った請求書や領収書は、電子データのまま保存する必要があります。

指摘を受けたらどうなる？加算税とさかのぼる期間

調査で申告の誤りが見つかると、不足していた税金に加えて加算税と延滞税がかかります。加算税の種類と割合は次のとおりです。

種類	かかる場面	割合
過少申告加算税	期限内に申告したが、税額が少なかった	原則10%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）
無申告加算税	期限までに申告しなかった	原則15%（50万円超の部分は20%、2024年1月1日以後に法定申告期限が到来するものは300万円超の部分30%）
重加算税	売上の除外や在庫の操作など、仮装・隠蔽があった	過少申告・不納付の場合35%、無申告の場合40%

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税務署が更正・決定できる期間は、原則として法定申告期限から5年です。偽りその他不正の行為がある場合は7年に延び、法人税の欠損金額に係る更正は10年です。窓口現金の一部を売上から外していた、在庫を意図的に少なく数えていたと判断されると、さかのぼる期間と加算税の両方が重くなります。

よくある質問

まとめ

調剤薬局の税務調査では、記録が残る保険調剤よりも、窓口現金・自費販売・医薬品在庫・人件費に質問が集まります。日次のレジ締め、決算時の未収計上、毎期同じ基準の棚卸と廃棄記録、勤務実態に合った給与の処理を整えておけば、調査当日の説明に困ることはほとんどありません。気になる論点は、決算前に顧問税理士と点検しておきましょう。