税務調査の対策｜流れと見られるポイント、通知が来たら準備すること

税務調査の対策は、毎月の記帳と証憑の保存を続け、聞かれたことに事実で答えられる状態にしておくことが基本です。多くは事前通知のある任意調査で、税理士の立会いも可能です。調査の流れ、見られやすいポイント、通知が来てから準備すること、指摘後の加算税までを整理します。

税務調査とは？任意調査と強制調査の違い

税務調査は、提出された申告書の内容が正しいかを、税務署などが帳簿や証憑で確かめる手続きです。中小企業や個人事業主が受ける調査の多くは、税務署の職員が行う任意調査です。

区分	任意調査	強制調査（査察）
行う機関	税務署・国税局の調査担当	国税局の査察部
対象	申告内容の確認が必要な納税者全般	悪質で多額の脱税が疑われる場合
事前通知	原則としてある	ない（裁判官の許可状に基づく）
拒否できるか	任意だが、正当な理由なく質問への回答や検査を拒むと罰則の対象になりうる	拒否できない

税務署から電話や文書で「申告内容の確認のお願い」などの連絡が来ることもあります。これは調査ではなく、行政指導として行われる場合があります。その段階で自主的に見直して修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。連絡が調査なのか行政指導なのかは、税務署に確認できます。

税務調査はどう進む？事前通知から終了までの流れ

1. 事前通知税務署から電話などで、調査の日時・場所・目的・税目・対象期間などが伝えられます。税理士に税務代理を任せている場合は、税理士にも通知されます。
2. 日程の調整業務の都合など合理的な理由があれば、日程の変更を相談できます。
3. 当日の概況の聞き取り事業の内容、取引の流れ、経理の体制などを経営者に聞かれます。
4. 帳簿・証憑の確認総勘定元帳、請求書、領収書、通帳などを確認し、必要に応じて現金や在庫も確かめます。
5. 追加の確認当日で終わらない場合は、資料の追加提出や取引先への確認が行われることがあります。
6. 結果の説明誤りがあれば内容の説明と修正申告の勧めがあり、誤りがなければ「更正決定等をすべきと認められない旨の通知」で終わります。

実地の調査は2日程度が一般的です。調査の対象期間は通常3年分程度が多いものの、状況によって5年・7年に及ぶこともあります。税務署が税額を直せる期間（更正の期間制限）は原則として法定申告期限から5年で、偽りその他不正の行為がある場合は7年、法人税の欠損金額に係る更正は10年です。

札幌市内の税務署の管轄

税務署	管轄する地域	電話
札幌中税務署	中央区の一部（おおむね西10丁目以東）	011-231-9311
札幌北税務署	北区・東区・石狩市・石狩郡	011-707-5111
札幌南税務署	豊平区・南区・清田区・千歳市・恵庭市・北広島市	011-555-3900
札幌西税務署	中央区の一部（大通西11丁目以西・円山・宮の森・伏見・旭ケ丘・中島公園など）・西区・手稲区	011-666-5111
札幌東税務署	白石区・厚別区・江別市	011-897-6111

調査官はどこを見る？指摘されやすいポイント

確認される項目は業種によって違いますが、中小企業・個人事業主で定番になっている論点があります。いずれも、証憑が残っているか、帳簿の記載と取引の実態が一致しているかが確認の要です。

論点	確認されること	日頃の備え
売上の計上時期（期ずれ）	決算日前後の納品・請求・入金と、売上を計上した期が一致しているか	納品書や作業完了報告の日付で計上する
現金売上	レジの記録や日計表と帳簿の売上、手元の現金残高が一致しているか	毎日の締めと入金の記録を残す
棚卸資産（在庫）	期末の在庫の数量・単価、預け在庫や未着品の計上漏れ	棚卸表を残し、計上の基準を毎期そろえる
外注費と給与の区分	指揮命令や時間の拘束、道具の支給など、実態が雇用に近い外注がないか	契約書と請求書をそろえ、働き方の実態を確認する
交際費と会議費・福利厚生費	相手先・人数・目的。1人10,000円以下の飲食費として扱った支出の記録	日付・相手・人数・目的をメモに残す
役員への貸付・私的な支出	個人的な支出の混入、仮払金や貸付金の残高	事業用と私用の口座・カードを分ける
役員報酬・源泉徴収	定期同額給与の改定時期、報酬の源泉徴収漏れ	議事録を残し、支払いのたびに源泉徴収の要否を確かめる
消費税	課税・非課税の区分、インボイスの保存、免税事業者からの仕入れの控除割合	登録番号と経過措置の割合（2026年9月30日までは80%、2026年10月1日〜2028年9月30日は70%）を確かめる

交際費は、中小法人なら年800万円までの定額控除か、接待飲食費の50%を損金にする方法を選べます（2027年3月31日までに開始する事業年度）。1人10,000円以下の飲食費（2024年4月1日以後の支出）は交際費から除けますが、その根拠となる記録がないと認められにくくなります。

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現金商売では、レジの現金残高と帳簿上の売上が一致しているか、日々の売上計上に抜け漏れがないかが丁寧に確認される傾向があります。決算をまたぐ取引の期ずれは、意図的でなくても指摘の対象になりやすい点です。事業とプライベートの支出が区分されているかも、よく確認される項目のひとつです。

通知が来たら何を準備する？資料のチェックリスト

通知を受けたら、まず顧問税理士に連絡し、当日までの準備の方針をすり合わせます。そのうえで、対象となる年分の資料をすぐ取り出せる状態にしておきます。

• 対象年分の申告書の控え・決算書・勘定科目内訳明細書
• 総勘定元帳・仕訳帳と、現金出納帳・売掛帳などの補助簿
• 請求書・領収書・契約書・見積書（紙の原本と電子データ）
• 事業用の預金通帳（役員個人の口座の確認を求められることもある）
• 棚卸表、固定資産台帳
• 給与台帳、源泉徴収の資料、外注先との契約書
• 株主総会・取締役会の議事録（役員報酬の決定など）
• メールやウェブで受け取った請求書・領収書の電子データと、日付・金額・取引先で検索できる状態
• 現金出納帳の残高と、実際の手元現金の一致

区分	帳簿・書類の保存期間
法人	7年（欠損金が生じた事業年度は10年）
個人の青色申告者	帳簿と決算関係書類・現金預金取引等関係書類は7年（前々年分の所得が300万円以下なら現金預金取引等関係書類は5年）、その他の書類は5年

心当たりのある誤りがある場合は、隠さずに税理士と共有し、当日に説明するか、事前に修正するかを相談します。領収書を紛失している場合も、通知を受けてから慌てて探すより、取引の記録や振込の履歴など、代わりに説明できる資料を整理する方が建設的です。

当日の受け答えで気をつけることは？

調査官からの質問には、事実をありのままに、簡潔に答えることが基本です。わからないことを推測で答えたり、その場を取り繕おうとしたりすると、かえって不審に思われたり、後で訂正が必要になったりします。

• わからないことは「確認してから回答します」と伝え、後日に正確に答える
• 専門的な判断が必要な質問は、立ち会う税理士に確認してから答える
• 経営者は、冒頭の事業概況の説明には同席する
• 資料の写しを渡したり、帳簿を預けたりするときは、何を渡したかの控えや預り証を受け取る
• 調査官とのやり取りや指摘された事項を、その日のうちにメモに残す

「わからないことはわからない」「確認してから回答する」という姿勢のほうが、結果的に信頼される対応につながります。調査は任意とはいえ、質問への回答や検査を正当な理由なく拒むことはできない点も押さえておきましょう。

指摘されたらどうなる？修正申告と加算税

調査で誤りが見つかれば、修正申告を出して、不足する税額と加算税・延滞税を納めます。指摘に納得できない場合は、根拠を示して説明します。それでも見解が分かれると税務署長が更正の処分を行い、処分に不服があれば再調査の請求や審査請求で争うことになります。

加算税の種類	課される場合	割合
過少申告加算税	期限内に出した申告の税額が少なかった	原則10%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）
無申告加算税	期限内に申告しなかった	原則15%（50万円超の部分は20%、2024年1月1日以後に法定申告期限が来るものは300万円超の部分は30%）
重加算税	事実の仮装・隠蔽があった	過少申告・不納付の場合は35%、無申告の場合は40%

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調査の事前通知より前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません。通知を受けた後でも、調査で指摘される前に自主的に修正すれば、通常より低い割合になります。心当たりがある段階で早めに動くことが、負担を抑える近道です。加算税と延滞税の仕組みは加算税・延滞税と修正申告の解説で詳しく紹介しています。

日頃の備え：調査に強い経理の習慣

調査への備えは、特別なことよりも、毎月の記帳と証憑の整理を続けることが基本です。月次で試算表を確認する、領収書はその都度整理する、私的な支出と事業の支出を分けて管理する、といった当たり前の積み重ねが、いざというときの安心材料になります。

• 2024年1月1日以後に電子取引で受け取った請求書・領収書は、電子データのまま保存する（基準期間の売上高が5,000万円以下などで、税務署のダウンロードの求めに応じる場合は検索の要件が不要）
• 帳簿を優良な電子帳簿の要件で保存し、事前に届け出ておくと、過少申告加算税が5%軽減される
• 役員報酬の決定や、役員との取引は議事録や契約書で残す
• 決算前に、売上・仕入の期ずれと在庫の計上を確認する

税理士が申告書に、計算や確認をした内容を記載した書面を添付する書面添付制度を使うと、調査の前に税理士への意見聴取が行われ、それで調査に移らずに終わる場合もあります。決算の前に自社の経理を点検するなら、経理・決算セルフチェックが使えます。

準備の段階では、資料の整理項目や想定される質問のたたき台をAIで作ると、抜け漏れを機械的に確認できます。顧客情報や個人情報の入力ルールを決めたうえで使い、最終的な確認と判断は税理士が行います。具体的な使い方はClaude Cowork 経理活用ガイドで紹介しています。

よくある質問

まとめ

税務調査の多くは事前通知のある任意調査で、税理士の立会いのもとで進められます。期ずれ・現金売上・棚卸・区分の誤りなどの定番の論点に備え、毎月の記帳と証憑・電子データの保存を続けることが最大の対策です。誤りに気づいたら事前通知より前に自主的に直すことで加算税の負担を抑えられるため、不安な点は早めに税理士へ相談しましょう。