freee実務ガイド

freeeを使っていて「二重計上になった」「残高が合わない」「設定を変えたのに反映されない」といった、多くの人が引っかかる所だけを集めた実務ガイドです。freee会計・freee人事労務（給与計算）・freee請求書の3サービスについて、よくある症状から原因と正しい操作を引けるようにまとめ、freee公式ヘルプの該当記事と画面画像を添えています。2026年10月からのインボイス経過措置（70%）など、2026年の制度変更で確認すべき設定も一覧にしました。

freee実務ガイド

freeeでつまずく所だけを集めた実務ガイド

freee会計・freee人事労務（給与計算）・freee請求書の3サービスについて、実務でよく使う機能のうち多くの人が引っかかるポイントを、「よくある症状→原因→正しい操作」で整理しました。各項目にfreee公式ヘルプへのリンクと画面画像を添えています。

サービス

41章

章

272件

つまずき項目

311点

画面画像（公式ヘルプより引用）

情報の基準日：2026年9月17日（freee公式ヘルプ・法令）｜作成・監修：ジェイスタート会計事務所（公認会計士・税理士事務所）｜本ページはフリー株式会社（freee）の公式ページではありません

ACCOUNTING

freee会計

全16章・112項目・画面132点

日々の記帳から決算まで。自動で経理・消込・口座振替・インボイス・固定資産・締め。

freee会計のガイドを開く

PAYROLL

freee人事労務（給与計算）

全16章・104項目・画面114点

給与計算と社会保険・年末調整。反映されない、1円合わない、等級が変わらない。

freee人事労務（給与計算）のガイドを開く

INVOICING

freee請求書

全9章・56項目・画面65点

請求書の作成から入金の消込まで。登録番号・端数処理・会計連携・取り消し。

freee請求書のガイドを開く

3つのサービスはどこでつながっているか

freeeのつまずきの多くは、機能そのものではなく「どのデータがどこから来るか」を取り違えたときに起きます。まず、請求書・給与・銀行明細・証憑が、freee会計の帳簿にどう入ってくるかを押さえてください。

freee請求書とfreee人事労務で作ったデータは、freee会計に「未決済の取引」として入ります。実際の入出金は銀行・カードの明細から取り込み、未決済取引に「消込」で結び付けます。この形が崩れると、売上や経費が二重に計上されます。

請求書から会計へ

請求書を作っても、freee会計への取引登録は自動では行われません。帳票から取引を登録すると未決済取引ができ、入金明細で消し込みます（freee請求書第6章）。

給与から会計へ

給与明細を確定して会計連携を実行すると、freee会計に給与の取引ができます。発生日は締め日と支払日の早い方です。振込の明細は、この取引の消込に使います（freee人事労務第14章）。

明細と証憑から会計へ

銀行・カードの明細は「自動で経理」で登録します。領収書はファイルボックスに取り込み、明細から登録した取引に添付する形が基本です（freee会計第8章）。

二重計上が起きる代表パターン

「同じお金の動きを、2つの入口から登録してしまう」のが二重計上です。freeeでとくに多いのは次の7つで、どれも決算のときにまとめて直すより、その月のうちに気付くほうが早く終わります。

起きやすい場面	なぜ二重になるか	正しい形	該当の項目
請求書と入金	請求書から未決済取引を作ったのに、入金明細を「収入」として新しく登録してしまう	入金明細は「未決済取引の消込」で請求書の取引に充当する	請求書 06-03／会計 05-04
給与と振込	人事労務から連携された給与の取引があるのに、銀行の振込明細も支出で登録してしまう	振込明細は給与の未決済取引の消込に使う	人事労務 14-01／会計 09-05
カードの利用と引き落とし	カードの利用明細で経費を計上したうえ、銀行からの引き落とし明細も経費で登録してしまう	引き落としは「口座振替」で登録する（経費は利用明細側だけ）	会計 07-01
自社の口座間の資金移動	出金側と入金側の両方の明細で口座振替を登録してしまう	どちらか一方で登録し、もう一方は無視する（口座振替のマッチング）	会計 07-02
領収書と明細	ファイルボックスの領収書から取引を登録し、同じ支払いの明細からも登録してしまう	証憑は明細から作った取引に添付する。重複の警告が出たら必ず確認する	会計 08-01
同期エラーのあと	明細が取り込めない間に手で登録し、同期が戻ってから明細でも登録してしまう	手で登録した分は明細を無視するか、取引の重複チェックで確認する	会計 03-01／会計 07-06
受け取った請求書と支払い	受取請求書から作った未払の取引と、支払明細からの経費登録が重なる	支払明細は未決済取引の消込に使う	請求書 08-02

当事務所の運用ルール

連携している銀行・カードの入出金は、証憑から個別に仕訳を起こしません。証憑は勘定科目・税区分・インボイスの判定に使い、仕訳は連携明細の側で作ります。月次は「登録待ちの明細が0件」「実際の残高と帳簿の残高が1円まで一致」まで確認して終わりにします。

2026年の制度変更と、freeeで確認する設定

2026年は、消費税・所得税・社会保険のいずれにも実務に影響する変更があります。設定を直さないと、日々の登録や給与計算の結果が古い基準のままになります。

いつから	変わること	freeeで確認すること	該当の項目
2026年4月1日以後の取得分	少額減価償却資産の特例が30万円未満から40万円未満に（年間300万円の上限は据え置き）	固定資産台帳の償却方法の選択。改正日をまたぐ資産は取得日と事業供用開始日を確認	会計 11-02
2026年4月分から	子ども・子育て支援金の徴収が始まり、健康保険料と分けて表示される	給与明細の控除欄と、納入告知書との照合のしかた	人事労務 08-04
2026年4月支払分から	通勤手当の非課税限度額の改正	通勤手当の設定（距離区分・課税の有無）	人事労務 03-03
2026年10月1日から	インボイスの経過措置が80%から70%に（以後、2028年10月から50%、2030年10月から30%）	免税事業者等からの仕入れの税区分を「課対仕入（控70）」に。自動登録ルールと取引テンプレートも確認	会計 10-01／請求書 08-05
令和8年9月30日を含む課税期間まで	2割特例が終了（個人事業者は令和8年分が最後）	次の課税期間の課税方式（一般課税か簡易課税か）の判断と設定	会計 10-05
2026年12月の年末調整	令和8年分の基礎控除・給与所得控除・扶養親族等の所得要件の改正	従業員の扶養情報、年末調整の開始前のfreeeの案内	人事労務 12-01
2027年1月から	源泉徴収税額表の改訂	1月支払分の給与計算と、手取りの変化の説明	人事労務 10-03

上の表は2026年9月17日時点で確認した内容です。freeeの対応時期は製品の案内で確認してください。制度の詳細は国税庁・日本年金機構等の公表資料をご確認ください。

毎月これだけは確認する

つまずきの多くは、月次でここを見ていれば決算前に気付けます。チェックはブラウザに保存されます。

freee会計

登録待ちの明細が残っていないか
未決済取引（売掛金・買掛金）が実態と合っているか
口座・カードの実際の残高と帳簿の残高が1円まで一致するか
免税事業者からの仕入れの税区分が正しいか

freee人事労務

年月ナビゲーションの月が対象の支払月になっているか
等級・料率・扶養情報の変更が反映されているか
明細を確定し、会計連携まで済んでいるか
住民税・源泉所得税の納付額が一覧と合っているか

freee請求書

発行した請求書が会計に取引登録されているか
入金済みの請求書のステータスが決済済みになっているか
取り消した帳票と再発行の記録が残っているか

月次チェックリスト

自動で経理の登録待ちが0件になっている
入金・支払の消込が終わり、売掛金・買掛金の残高が実態と合っている
すべての口座・カードで、実際の残高と帳簿の残高が一致している
給与明細を確定し、会計連携と振込明細の消込まで終わっている
請求書の取引登録と入金の消込が終わっている
免税事業者からの仕入れの税区分（2026年10月以降は控70）を確認した

症状から探す

問い合わせの多い症状を製品ごとに並べました。各ページでは、検索窓とタグ（頻出・二重計上・残高ズレ・制度改正・取り消せない操作など）で項目を絞り込めます。

freee会計

freee人事労務（給与計算）

freee請求書

よくある質問

「freee給与」という製品はありますか

freeeの給与計算サービスの正式名称は「freee人事労務」です。給与計算のほか、勤怠・入退社の手続き・年末調整までを含みます。検索でたどり着けないときは「freee人事労務」で探してください（人事労務 01-01）。

請求書はfreee会計とfreee請求書のどちらで作るのですか

freee会計のメニューから請求書を開くと、freee請求書の画面が開きます。作成はfreee請求書側で行い、会計への取引登録は帳票の画面から実行します。旧画面で作った帳票は編集や入金の登録ができません（請求書 01-01、01-02）。

領収書と銀行明細の両方から登録すると二重になりますか

二重になります。連携している口座・カードの支払いは、明細の側で仕訳を作り、証憑はその取引に添付してください（会計 08-01）。

口座の残高が合いません。何から見ればよいですか

ズレ始めた日を特定してから、その前後の登録を見ます。未処理の明細、未来の日付で登録した決済、二重計上、プライベートの明細を「無視」した処理が主な原因です（会計 12-01、12-02）。差額を調整する取引で残高だけ合わせるのは避けてください。

2026年10月1日以降、免税事業者からの仕入れはどの税区分ですか

経過措置の割合が80%から70%に変わるため、「課対仕入（控70）10%」などを使います。公式ヘルプの一部に旧表記が残っているため、発生日で判断してください（会計 10-01）。

給与明細を1人だけ直したいのですが

［未確定に戻す］を押すと、同じグループの全員が未確定になり、会計連携で作られた取引も削除されます。手順と戻し方を確認してから操作してください（人事労務 06-01）。

間違えて発行した請求書を削除できますか

削除はできず、取り消しの操作になります。決済済み・一部決済の取引が紐づいていると取り消しもできません。郵送代行は確定から一定時間を過ぎると止められません（請求書 07-01、05-02）。

このガイドはfreeeの公式情報ですか

いいえ。ジェイスタート会計事務所（公認会計士・税理士事務所）が、公式ヘルプと法令を確認して独自にまとめたものです。各項目に公式ヘルプへのリンクを付けていますので、操作の前に最新の内容をご確認ください。

freee公式の入口

困ったときにまず開く、freee公式のページをまとめました。画面の仕様は変わることがあるため、操作の前に公式の記載をご確認ください。

使い方ガイド

よくある質問

制度の一次情報

このページについて（情報の基準日・出典・免責）

内容は2026年9月17日時点のfreee公式ヘルプと法令に基づきます。freeeの画面・仕様・プランは変更されることがあるため、操作の前にリンク先の公式ヘルプで最新の内容を確認してください。
本ページは、ジェイスタート会計事務所が独自に作成した解説です。フリー株式会社（freee K.K.）の公式ページではなく、同社の監修・承認を受けたものではありません。
画面画像は、各画像の下に記載した「freee ヘルプセンター」の記事から、解説に必要な範囲で引用しています（画像の加工はしていません）。画像と記事の著作権はフリー株式会社に帰属します。
「freee」「freee会計」「freee人事労務」「freee請求書」は、フリー株式会社の商標または登録商標です。
税務・社会保険の個別の判断は、顧問の税理士・社会保険労務士または当事務所にご相談ください。

freeeの記帳・給与計算・請求業務の見直しをご相談ください

「残高が合わない」「二重計上を整理したい」「インボイスの税区分をまとめて見直したい」「年末調整の設定が不安」など、freeeの運用で困っている点を、公認会計士・税理士の事務所として一緒に整理します。

無料相談・お問い合わせ