精神科・心療内科の開業届と税務の届出一覧｜文書料の消費税と概算経費も確認

精神科・心療内科クリニックを個人で開業するときは、開業届と青色申告承認申請書を軸に、スタッフを雇うなら給与支払事務所等の開設届出書なども期限内に税務署へ出します。保険診療は消費税が非課税ですが、自費カウンセリングや診断書などの文書料は課税になるため、開業時から区分して記帳します。

開業時に税務署へ出す届出と期限は？

精神科・心療内科の開業は、物件選びやスタッフの採用、広告の準備に追われ、税務署への届出が後回しになりがちです。しかし届出には期限があり、出し忘れると青色申告の特典を初年度から使えないなど、金銭的な不利益に直結します。個人で開業する場合に、納税地の税務署へ出す主な届出は次のとおりです。

届出書	提出期限	ポイント
個人事業の開業・廃業等届出書	開業の日から1か月以内	開業するすべての人
所得税の青色申告承認申請書	その年の3月15日まで（1月16日以後に開業した場合は開業の日から2か月以内）	期限を過ぎると、その年は白色申告になる
青色事業専従者給与に関する届出書	青色申告承認申請書と同じ期限（年の途中で新たに専従者がいることになった場合は、その日から2か月以内）	家族に給与を払う場合。金額は仕事の内容に見合う範囲で届け出る
給与支払事務所等の開設届出書	開設の日から1か月以内	スタッフ（家族を含む）に給与を払う場合
源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書	随時。提出した月の翌月末日までに承認・却下の通知がなければ、翌々月の納付分から特例を適用	給与の支払を受ける人が常時10人未満の場合
減価償却資産の償却方法の届出書	開業した年分の確定申告の期限まで	出さない場合は定額法になる
消費税簡易課税制度選択届出書	適用を受けようとする課税期間の初日の前日まで（開業した課税期間はその課税期間中）	課税事業者になる見込みがある場合だけ検討する

青色申告の特別控除は、令和8年分は正規の簿記で記帳し期限内に申告するなどの要件を満たすと最大65万円で、令和9年分からは帳簿を電子帳簿保存法の要件で保存するなどの要件を満たすと75万円になります。開業時に会計ソフトと保存の方法を決めておくと、初年度から控除を受けやすくなります。

このほか、北海道（道税事務所）への個人事業開始の申告も必要です。個人事業税は、社会保険診療報酬に係る所得が課税の対象から除かれ、自費診療などの所得に課税される仕組みのため、保険診療と自費の収入を分けて記録しておくことが申告の前提になります。

保健所・厚生局など、税務以外の手続きとの順番は？

診療所の開設届や保険医療機関の指定は、医療法・健康保険法側の手続きで、税務の届出とは別に並行して進めます。精神科・心療内科では、自立支援医療（精神通院医療）や生活保護の医療扶助を扱うための指定の手続きも加わります。

手続き	窓口	ポイント
診療所の開設届	開設地の保健所	医療法に基づく届出。開設後に提出する
保険医療機関の指定申請	北海道厚生局	指定を受けるまで保険診療を始められない。申請の締切と指定日を確認する
指定自立支援医療機関（精神通院医療）の指定申請	所在地の自治体（北海道または札幌市）	自立支援医療の患者を受け入れる場合。窓口と時期は事前に確認する
生活保護法の指定医療機関の指定申請	所在地の自治体	医療扶助の患者を診療する場合
労働保険・雇用保険・社会保険の手続き	労働基準監督署・ハローワーク・年金事務所	スタッフを雇う場合。個人の診療所でも常時5人以上を使用すると健康保険・厚生年金が強制適用

保険医療機関の指定には月ごとの締切があり、開業日と指定日がずれると保険診療を始められない期間が生じます。税務の届出より先に、医療法・保険診療関係のスケジュールを固め、その日程に合わせて開業日と届出の時期を決めると無理がありません。

心療内科の収入と消費税：課税・非課税をどう分ける？

収入の中心である保険診療は、消費税が非課税です。自立支援医療（精神通院医療）や生活保護の医療扶助といった公費負担の医療も非課税です。一方、自費のカウンセリングや自由診療、保険の対象にならない診断書などの文書料は課税売上にあたります。

収入の種類	消費税	記帳のポイント
保険診療（窓口負担と、支払基金・国保連合会からの診療報酬）	非課税	診療報酬は診療月のおよそ2か月後に入金。年末は未収金を計上する
自立支援医療（精神通院医療）・生活保護の医療扶助	非課税	公費の分も支払基金・国保連合会に請求する
傷病手当金意見書の交付料	非課税	診療報酬として保険請求する
自費のカウンセリング・自由診療	課税	保険診療と分けて記録する
会社提出用の診断書、障害年金や自立支援医療の申請用の診断書などの文書料	課税	文書の種類ごとに料金表を作り、レジで区分する
産業医・ストレスチェック・企業向け研修の報酬	課税	相手は事業者のため、インボイスを求められることがある
講演料・原稿料	課税	支払う側で所得税が源泉徴収される

心療内科は、休職・復職や各種の申請に関係して文書の作成が多くなりやすい診療科です。傷病手当金の意見書は保険請求する交付料で非課税ですが、会社に出す休職や復職の診断書は自費の文書料で課税、というように、似た書類でも扱いが分かれます。開業時から課税と非課税を区分して記帳する設計にしておくと、後の処理が楽になります。

新しく開業した個人は、基準期間（前々年）の売上がないため、原則として開業した年とその翌年は消費税の免税事業者です（前年1〜6月の課税売上高と給与等の支払額がともに1,000万円を超える場合などを除く）。基準期間の課税売上高の判定では、非課税の保険診療の収入は含めず、自費診療や文書料、産業医報酬などの課税売上だけで1,000万円を超えるかを見ます。自費カウンセリングの比率が高くなる見込みなら、課税事業者になる時期を早めに試算しておくと安心です。

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ツール消費税の課税事業者になるかを判定する基準期間・特定期間の課税売上高などを入れて、納税義務があるかどうかを確認できます。判定する

インボイス（適格請求書）の登録は、患者さんが相手の診療ではほぼ影響しません。産業医やストレスチェック、企業向けのメンタルヘルス研修など事業者との取引が多い場合は、取引先から登録を求められるかどうかで判断します。登録すると、その時点から課税事業者になります。制度の全体像はインボイス制度の実務ガイドで確認できます。

診療報酬の源泉徴収と、年末の未収金はどう処理する？

社会保険診療報酬支払基金から個人の開業医に支払われる診療報酬（社保分）は、支払時に所得税が源泉徴収されます。入金額ではなく、源泉徴収される前の総額で売上を計上し、源泉徴収された税額は確定申告で精算します。国民健康保険団体連合会から支払われる国保分は源泉徴収の対象外のため、社保分と国保分を分けて記録しておくと照合がしやすくなります。審査による減点（査定）や返戻があると、請求額と入金額がずれるため、差額は月ごとに確認しておきます。

保険診療の報酬は診療月のおよそ2か月後に入金されるため、開業から入金が始まるまでの家賃や人件費は、手元の資金で賄うことになります。開業資金の計画では、この入金までの期間の運転資金を見込んでおきます。

概算経費の特例（措置法26条）は使える？

個人の開業医には、社会保険診療報酬が一定額以下で、自費を含めた事業の収入の合計も一定額以下の場合に、社会保険診療に係る実際の経費に代えて、概算経費率で所得を計算できる特例（租税特別措置法第26条）があります。自立支援医療や生活保護の医療扶助による収入も、この特例の社会保険診療報酬に含まれます。

心療内科は高額な医療機器が少なく、経費が軽くなりやすいため、この特例の検討価値が高い診療科のひとつです。特例を使うかどうかは毎年の確定申告で選べ、自費診療の部分の所得は実際の経費で計算します。そのため、経費を保険診療と自費に分けられるよう、日頃の記帳で区分の根拠を残しておくことが前提です。適用要件や金額の基準は見直されることがあるため、最新の内容は国税庁サイト等で確認してください。

スタッフ・心理職への支払いで注意することは？

受付スタッフや看護師に給与を支払うなら、給与支払事務所等の開設届出書を提出し、毎月の源泉徴収が始まります。常時10人未満の事務所なら、納期の特例で納付を年2回（1〜6月分は7月10日、7〜12月分は翌年1月20日）にまとめられます。納付の時期は個人事業主の年間スケジュールにも整理しています。

公認心理師・臨床心理士にカウンセリングを依頼する場合は、給与か外注費かの区分が重要です。勤務時間を指定し、院内の指揮命令の下で働いてもらう実態なら給与と判断されやすく、源泉徴収の方法も変わります。業務委託でも、研修の講師料など所得税法で定められた報酬には源泉徴収が必要です。

判断の視点	給与と判断されやすい	外注費と判断されやすい
指揮命令	院長の指示でカウンセリングの方法や担当患者が決まる	専門家として自分の裁量で業務を進める
時間・場所	勤務日・勤務時間・場所が指定されている	日時や件数を自分で調整できる
報酬の決め方	時間給・月給など働いた時間に応じて払う	1件いくらなど、業務の成果に応じて払う
代わりの人	本人以外が代わりに行うことは認められない	契約によっては代わりの人を手配できる
道具・費用	心理検査の用具や部屋はクリニックが用意する	用具や移動の費用を本人が負担する

開業前の支出と医療機器、初年度の経理はどうする？

開業前にかかった広告費や研修費、内覧会の費用などは、開業費として繰延資産に計上し、任意のタイミングで償却できます。初年度が赤字になりそうなら、償却を利益の出る年に回すこともできます。カウンセリング室の防音や間仕切りなどの内装工事、電子カルテなどは、資産に計上して減価償却します。

取得価額	処理	精神科・心療内科での例
10万円未満	消耗品費などとして全額経費	心理検査の用紙・用具、待合室の小物
20万円未満	一括償却資産として3年で均等に経費化も選べる	受付用のパソコン、診察室の家具
40万円未満	青色申告の中小事業者は少額減価償却資産の特例で全額経費（年300万円まで）	2026年4月1日以後に取得したもの。それ以前の取得は30万円未満
上記以外	耐用年数に応じて減価償却	内装工事、電子カルテのシステム、脳波計などの検査機器

40万円未満の特例は青色申告の事業者が対象のため、青色申告承認申請書を期限内に出していることが前提です。開業前に買った備品も、開業して使い始めた時点で処理を判断します。

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ツール少額減価償却資産の特例を計算する40万円未満の資産を一括で経費にした場合の金額と、年300万円の上限までの残りを確認できます。計算する

• 事業用の口座とカードを分け、保険診療の入金と自費・文書料の入金を区別できるようにする
• レジや会計ソフトで、窓口負担・自費診療・文書料を別の区分で記録する
• 月ごとの請求額・源泉徴収税額・入金額を社保分と国保分に分けて一覧にし、査定や返戻の差額を確認する
• ネットで受け取った請求書や領収書は、電子取引のデータとして電子のまま保存する
• 開業費・内装工事・医療機器の見積書と請求書を、内訳がわかる形で保存する

医療・クリニックの経営や制度の動きは、医療・歯科クリニックの経営情報でもまとめています。

よくある質問

まとめ

精神科・心療内科の開業では、開業届は1か月以内、青色申告承認申請書は原則3月15日まで（1月16日以後の開業は2か月以内）に出し、保健所・北海道厚生局・自立支援医療の指定と日程をそろえます。保険診療と自立支援医療は非課税、自費カウンセリングや会社提出用の診断書は課税と区分し、診療報酬の源泉徴収と未収金を初年度から正しく処理しましょう。心理職への支払いは実態で給与か外注費かを整理し、概算経費の特例は毎年の収入と経費を見て選びます。