食品製造業の開業届と税務の届出一覧｜軽減税率・棚卸・営業許可も確認

食品製造業の開業では、保健所の営業許可と並んで、税務署への開業届や青色申告の承認申請などの届出にも期限があります。出し遅れると、青色申告の特典など本来受けられたはずのメリットを逃すことがあります。届出の一覧と期限に加え、軽減税率・インボイス・棚卸など製造業ならではの論点を整理します。

開業時に出す届出は？税務署・北海道への提出一覧と期限

個人で開業する場合、税務署に提出する主な届出は次のとおりです。青色申告は赤字の繰越しや特別控除など利点が大きいため、期限内の申請を最優先にしてください。

届出書	期限	食品製造業でのポイント
個人事業の開業届出書	開業の日から1か月以内	事業の内容に、製造する品目と販売の形（卸売・直販）を書く
所得税の青色申告承認申請書	その年の3月15日まで（1月16日以後に開業した場合は、開業の日から2か月以内）	期限を過ぎると、その年は白色申告になる
青色事業専従者給与に関する届出書	青色申告承認申請書と同じ考え方（その年の3月15日まで。1月16日以後に開業した場合などは2か月以内）	家族が製造や販売を手伝い、給与を払う場合
給与支払事務所等の開設届出書	開設の日から1か月以内	パート・アルバイトを雇う場合
源泉所得税の納期の特例の承認申請書	提出した月の翌月末日までに通知がなければ、翌々月の納付分から適用	給与の支給人員が常時10人未満なら、源泉所得税の納付を年2回にできる
棚卸資産の評価方法の届出書・減価償却資産の償却方法の届出書	開業した年分の確定申告期限まで	出さなければ、棚卸は最終仕入原価法、減価償却は定額法で計算する
インボイスの登録申請書・消費税の届出	選ぶ方法によって異なる	販路と、課税事業者になるかどうかで判断する

法人で設立する場合は、法人設立届出書（設立の日以後2か月以内）や、法人の青色申告承認申請書（設立の日以後3か月を経過した日と最初の事業年度終了の日のうち、早い日の前日まで）など、様式と期限が変わります。

税務署とは別に、北海道（道税事務所）への事業開始の申告も必要です。食品製造業は個人事業税の対象で、所得から事業主控除290万円を引いた額に、製造業の税率5%がかかります。

食品製造業の消費税は？軽減税率・インボイス・簡易課税の注意点

売上と仕入れで税率が分かれる

食品の販売には消費税の軽減税率8%が適用され、店内での飲食の提供は標準税率10%です。製造小売でイートインを設ける場合や、卸売と直販を両方行う場合は、レジや請求書で税率を分けて管理する体制が必要です。

取引	税率	注意点
菓子・パン・惣菜などの販売（持ち帰り・卸売）	8%	酒類を除く飲食料品が対象
イートインでの飲食の提供	10%	持ち帰りか店内での飲食かは、販売時に確認して区分する
小麦粉・砂糖・野菜などの原材料の仕入れ	8%	仕入先の請求書で税率ごとに確認する
酒類（洋酒・本みりんなど）の仕入れ	10%	菓子や惣菜の原材料に使っても、酒類は10%
包装資材・容器・ラベル、製造機械、電気・ガス・水道	10%	飲食料品ではないため標準税率
器や雑貨と一体で売るギフト商品	条件を満たす場合だけ8%	「一体資産」として、価格と食品部分の割合の要件を確認する

販売先が事業者なら、インボイス登録がほぼ前提

販売先がスーパーや飲食店、ホテルなどの事業者であれば、インボイス（適格請求書）の発行を求められるのが通常です。登録すれば消費税の申告・納付が必要になります。免税事業者のままでよいかは販路と利益率を踏まえて判断し、迷う場合は登録前に納税額を試算しておくと安心です。

免税事業者から仕入れた事業者が控除できる消費税の割合は、2026年10月1日〜2028年9月30日の仕入れは70%、2028年10月1日〜2030年9月30日の仕入れは50%と段階的に縮みます。直販中心で買い手のほとんどが消費者なら、登録しない選択もありえます。

登録した場合の計算方法：2割特例・3割特例・簡易課税

開業当初は基準期間の売上がないため、登録しなければ原則として免税事業者です。登録して課税事業者になった個人は、令和8年分まで2割特例（売上の消費税の2割を納付）、令和9・10年分は3割特例を使える場合があります。

簡易課税を選ぶ場合、食品の製造販売は第3種事業（みなし仕入率70%）です。自分で製造した商品を店舗で消費者に売る製造小売も、小売業ではなく第3種に当たります。仕入れた商品をそのまま消費者に売る部分は第2種（80%）、イートインでの飲食の提供は第4種（60%）、原材料の支給を受けて加工だけを請け負うOEMの賃加工も第4種と、事業ごとに区分して記録します。

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製造業の経理で押さえる三つの基本は？棚卸・原価・減価償却

第一に棚卸です。年末（法人は期末）には、原材料・仕掛品・製品・包装資材を数えて在庫として計上します。仕入れた材料を全額その年の経費にできるわけではありません。

第二に原価の把握です。材料費・人件費・水道光熱費から製品ごとの原価をつかむと、値付けと利益管理に直結します。最初から細かく作り込もうとすると続かないことが多いため、主要な商品だけでも材料費と製造にかかった時間をざっくり記録することから始めると取り組みやすくなります。

第三が設備の減価償却です。オーブンやミキサー、冷蔵庫、包装機械などは、取得価額によって処理が変わります。

取得価額	処理	償却資産の申告
10万円未満	消耗品費などとして、その年の経費	対象外
20万円未満	一括償却資産として、3年で均等に経費にすることもできる	対象外
40万円未満	青色申告の中小事業者は、少額減価償却資産の特例で全額をその年の経費にできる（年300万円まで）	対象
40万円以上	耐用年数に応じて減価償却する	対象

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最初の1年は、記帳と資金管理の型を作る時期でもあります。青色申告特別控除は、令和8年分は正規の簿記で記帳して期限内に申告し、電子帳簿保存かe-Taxで申告すると65万円です。令和9年分からは、仕訳帳と総勘定元帳を電子帳簿保存法の要件で保存するなどの要件を満たすと75万円になります。

仕入先ごとの支払サイトや在庫の回転も、あわせて記録しておくと資金繰りの見通しが立てやすくなります。原材料の代金は先に出ていく一方、卸売の代金は入金が後になることがあるため、開業当初は運転資金に余裕を持たせておきます。

営業許可・HACCPと開業前の支出はどう扱う？

食品の製造販売には保健所の営業許可が必要で、HACCP（ハサップ）に沿った衛生管理はすべての食品事業者に求められています。施設ごとに食品衛生責任者を置く必要もあるため、許可の申請に向けたスケジュールと、税務の届出のスケジュールを一緒に組んでおきます。

許可取得の手数料や、開業前の研修費・試作費・市場調査費などは「開業費」として繰延資産に計上できます。開業費は開業後に任意の時期に償却して経費にできるため、利益が出た年に多く償却するといった調整もできます。開業前の領収書も、捨てずに保存しておきましょう。

開業準備で税理士に相談すべきタイミングは？

物件を決めた段階、設備投資の見積りが出た段階、屋号や販路の方向性が固まった段階など、計画が具体化するたびに相談すると、届出の期限や資金計画のずれを早めに防げます。特に設備投資は金額が大きくなりやすいため、契約前に減価償却や資金繰りへの影響を確認しておくと安心です。

• 事業計画・収支の見通し：想定する売上規模や仕入れの構成を伝えると、届出の内容や消費税の判断がしやすくなる
• 設備投資の見積書：金額と時期が分かる資料があると、経費にするタイミングを一緒に検討できる
• 開業までのスケジュール：営業許可の取得時期や販売開始の予定日を共有すると、届出の期限を管理しやすくなる
• 販路の予定：直販・卸売・ネット販売の割合と、販売先が事業者か消費者かで、インボイス登録の判断が変わる

個人で始めるか、法人で始めるかもこの段階で検討します。市内で会社を設立する場合は、特定創業支援等事業の証明を受けると、登録免許税が半額（株式会社15万円→7.5万円、合同会社6万円→3万円）になる制度もあります。年間の申告・納付の予定は「個人事業主の年間スケジュール」で確認できます。

よくある質問

まとめ

食品製造業の開業では、開業届（1か月以内）と青色申告承認申請書を期限内に出し、棚卸資産と減価償却の方法の届出も確認します。食品の販売は軽減税率8%で、販売先が事業者ならインボイス登録がほぼ前提です。棚卸・原価の把握・減価償却という製造業の経理の基本と、開業前の支出の整理を最初の1年で固めておきましょう。