クリニックの税理士選び｜消費税・概算経費の特例・医療法人化の論点と顧問料

クリニックの税理士選びでは、医療機関特有の論点に強いかが分かれ目です。保険診療（非課税）と自由診療（課税）の消費税の区分、社会保険診療報酬が年5,000万円以下で使える概算経費の特例、医療法人化の判断を日常的に扱っているかを確かめ、顧問料は報告の頻度や税務調査への対応まで含めて比べましょう。

クリニックの税務で必要な専門知識

クリニック（診療所）の税務には、一般的な事業とは異なる論点があります。これらを日常的に扱っている税理士かどうかが、選定の大きなポイントになります。医療業界の動きは医療・歯科クリニックの経営に役立つ最新情報でもまとめています。

消費税の課税区分：保険診療は非課税、自由診療は課税

社会保険診療の収入は消費税が非課税です。一方、美容などの自由診療、企業や個人から受ける健康診断、予防接種、診断書の作成料などは課税売上になります。保険診療と自由診療の売上を正確に分けて申告する必要があります。

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年）の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定し、非課税の保険診療の収入は含めません。課税事業者になっても、保険診療が中心のクリニックは課税売上割合が低いため、医療機器や内装工事にかかった消費税の多くを差し引けない点にも注意が必要です。基準期間の課税売上高が5,000万円以下なら、簡易課税（医療はサービス業として第5種・みなし仕入率50%）との比較も検討します。

インボイスの登録は、自由診療の患者さん（消費者）が中心なら影響は小さいでしょう。一方、企業から受託する健康診断や産業医の報酬など事業者向けの売上があると、相手からインボイスを求められることがあります。

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ツール消費税の課税事業者になるかを判定する基準期間や特定期間の課税売上高から、消費税の納税義務があるかを確認できます。判定する

概算経費の特例（措置法26条）

社会保険診療報酬が年間5,000万円以下の場合に使える特例です。実際の経費の代わりに、報酬の額に応じた概算経費率で必要経費を計算でき、自由診療を含む医業の収入全体にも上限があります。実際の経費との有利不利は毎年の収支で変わるため、毎年比べて選ぶ必要があります。

診療報酬の計上時期と個人事業税

保険診療の報酬は、審査支払機関への請求から入金まで時間がかかり、診療した月の翌々月に入金されるのが一般的です。売上は入金時ではなく診療した月に計上するため、年末（医療法人は期末）の診療分は未収金として計上します。返戻や査定で減額された分は、確定した時点で売上を修正します。

個人のクリニックでは、社会保険診療報酬に対応する所得は個人事業税の対象外で、自由診療分の所得は課税の対象です。事業税の申告でこの区分を誤らないことも、医療に詳しい税理士に任せたいポイントです。

医療法人化の検討

医療法人の設立には都道府県知事の認可が必要で、現在新たに設立できるのは出資持分のない医療法人です。医療法人は剰余金の配当ができないため、利益は法人に残すか、役員報酬や退職金として受け取ることになります。法人移行後の役員報酬は、事業年度の開始から3か月以内に決めて毎月同じ額にするなどのルールに沿って設計します。判断の軸はクリニックの法人化のタイミングと判断基準で整理しています。

医療機器の購入・リースの会計処理

医療機器は金額が大きく、購入とリースのどちらを選ぶかで会計処理や資金繰りへの影響が変わります。購入した機器は取得価額によって処理が分かれます。少額減価償却資産の特例を使えば、青色申告の中小事業者は2026年4月1日以後に取得した40万円未満の資産を年300万円まで一括で経費にできます（2029年3月31日まで）。

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ツール少額資産の処理方法を3択で比較する医療機器や備品の取得価額から、即時の経費化・一括償却・少額減価償却資産の特例のどれが有利かを比べられます。計算する

税理士の選び方：確認すべき3つのポイント

税理士を選ぶ際に、実際に確認したいポイントを3点挙げます。開業後に何度も事務所を変えるのは負担が大きいため、今の規模だけでなく将来の展開まで見据えて選びましょう。

ポイント	確認すること	理由
医療機関の顧問実績	クリニック・病院・歯科医院の顧問を継続して担当しているか	類似の事例をもとにした判断やノウハウが期待できる
対応範囲	記帳代行・月次報告・資金繰り相談・医療法人化の支援まで対応しているか	開業後の体制の変化に、事務所を変えずに対応できる
コミュニケーションの取りやすさ	チャットやメールで相談できるか、返信は速いか	診療中の院長でも、短い時間で問い合わせしやすい

面談では、次のような質問を投げかけると、医療機関の実務への理解度がわかります。

• 保険診療と自由診療の区分を、レジやレセコンのデータからどう会計に反映するか
• 概算経費の特例と実際の経費を、毎年比較してくれるか
• 課税売上割合が低い場合の消費税の計算方法や、簡易課税との比較を説明できるか
• 医療法人化の試算と、設立認可の手続きの流れを説明できるか
• スタッフの給与計算や社会保険について、社会保険労務士と連携できるか

顧問料はどう決まる？規模と任せる範囲で比べる

税理士の顧問料は、クリニックの売上規模や対応範囲によって異なります。個人開業か医療法人か、記帳を院内で行うか任せるか、月次報告や資金繰り相談をどのくらいの頻度で受けるかで、作業量が変わるためです。規模が大きいほど、また医療法人になるほど、記帳・申告書類・相談の量が増えるため、顧問料は高くなる傾向があります。

顧問料は規模や形態（個人開業か医療法人か）によって変わり、実際の料金は事務所・地域・対応範囲によって大きく異なります。気になる事務所には同じ条件で見積りを依頼し、次の要素を伝えたうえで、月額だけでなく決算料や年末調整を含めた年間総額で比べましょう。

顧問料が決まる要素	料金への影響	見積りで伝えること
開業の形態	医療法人は、法人税の申告に加えて事業報告書等の作成・届出も必要になる	個人か医療法人か、法人化の予定
売上の規模と内訳	保険診療・自由診療の金額と取引件数	前年の確定申告書や決算書
記帳の方法	院内で入力するか、記帳を任せるか	会計ソフトと、レセコン・レジのデータの形式
給与計算・年末調整	スタッフの人数と手続きの範囲	雇用の予定も含めた人数
報告・面談の頻度	毎月・四半期・決算時のみなど	希望する頻度と連絡手段
追加の相談	医療法人化、分院、相続・事業承継など	顧問料に含まれるかどうか

顧問契約前に確認しておきたいこと

契約前の面談では、料金体系だけでなく「どのような報告を、どのくらいの頻度で受けられるか」も確認しましょう。月次試算表の提供の有無、税務調査対応費用の扱い（別途か込みか）、解約条件なども重要なチェック項目です。

• 月次試算表をいつまでに、どの形式で受け取れるか
• 税務調査の立会いの費用が、顧問料に含まれるか別途か
• 解約や業務範囲の変更の条件と、データの引渡し方法
• 担当者が変わるときの引継ぎの体制
• 資料のやり取りの方法（クラウド会計・ファイル共有・郵送など）

具体例：自由診療と保険診療が混在する場合の管理

保険診療を中心にしながら、美容や予防接種などの自由診療も扱っているクリニックでは、レセプトの入金と自由診療の窓口収入を別々に管理します。そのうえで、消費税の課税・非課税を売上ごとに正しく区分することが欠かせません。管理が煩雑になりやすいため、日々の会計処理の段階で区分をルール化しておくと、申告時の確認作業を減らせます。

1. 売上の区分を決める保険診療（窓口負担と保険請求分）、自由診療、健診・予防接種、文書料などに分けます。
2. レジとレセコンの集計を合わせる日々の窓口収入を区分ごとに集計し、レセコンの請求額と照合します。
3. 入金を照合する保険請求分の入金は、請求した月・返戻・査定減と突き合わせます。
4. 経費にも区分を付ける仕入れや経費を、自由診療用・保険診療用・共通に分けておくと、個別対応方式で消費税を計算できます。
5. 年に一度、計算方法を見直す課税売上割合や納税額を試算し、計算方法と届出の要否を確認します。

よくある失敗と実務ワンポイント

よくある失敗	起きる原因	防ぎ方
概算経費の特例の見直し漏れ	実際の経費との有利不利は毎年変わるのに、前年と同じ方法を続ける	毎年の収支で両方を計算して比べる
自由診療分の消費税区分の誤り	保険診療と混同して非課税扱いにし、申告後に訂正が必要になる	売上区分のルールを決め、レジの設定にも反映する
年末の診療報酬の計上漏れ	入金した時点で売上を記録している	診療月で未収金を計上し、入金と照合する
給与・社会保険の相談が分断される	税理士と社会保険労務士の間で情報共有ができておらず、同じ資料を二度提出する	給与データの受け渡しのルールを決め、連携できる体制を選ぶ
院長個人の支出が混ざる	私的な支出をクリニックの口座やカードで払う	事業用の口座・カードを分け、按分の根拠を残す

開業前後で相談したいタイミング

開業前の届出段階から税理士に関わってもらうと、初年度の経費計上や資金計画について早い段階でアドバイスを受けられます。開業後は、自由診療のメニューを増やすとき、スタッフを増員するとき、医療法人化を検討し始めたときなど、体制が変わる節目で相談すると、必要な手続きの抜け漏れを防ぎやすくなります。

届出	提出先	期限
個人事業の開業届出書	税務署	開業の日から1か月以内
所得税の青色申告承認申請書	税務署	その年の3月15日まで（1月16日以後に開業した場合は開業の日から2か月以内）
給与支払事務所等の開設届出書	税務署	開設の日から1か月以内
源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書	税務署	随時。提出した月の翌月末日までに通知がなければ、翌々月の納付分から適用
診療所の開設届	保健所	期限と添付書類は保健所で確認
保険医療機関の指定申請	北海道厚生局	保険診療を始める時期から逆算して申請

相談の際には、次の資料を用意しておくと話が早く進みます。開業時の手続き全体はクリニックの開業時の税務手続きと届出一覧にまとめています。

• 開業時の届出書の控え／税務署などへの提出書類の控えを保管しておくと、その後の確認がスムーズです。
• レセプト・自由診療の売上データ／保険診療と自由診療の内訳が分かる資料を用意すると、消費税区分の確認が早く進みます。
• 今後の展開予定／分院や医療法人化の予定を伝えると、先を見据えた提案を受けやすくなります。

よくある質問

まとめ

クリニックの税務は、消費税の課税区分、概算経費の特例、診療報酬の計上時期、医療法人化といった特有の論点があり、医療機関の実務に詳しい税理士を選ぶことが重要です。選ぶ際は実績・対応範囲・相談のしやすさを確かめ、顧問料は任せる範囲をそろえて年間総額で比べましょう。札幌でクリニックの税務顧問をお探しの方は、開業前の段階からお気軽にご相談ください。