小児科の医療法人化はいつが得？所得・季節変動・承継で見る判断基準

小児科クリニックの法人化は、医療法人の設立を意味します。一般に課税所得1,800万円超が続く見込みが検討の目安ですが、小児科は冬と夏の患者数の差が大きく、予防接種など保険診療以外の収入もあります。数年ならした所得と、退職金・承継の見通しを含めた試算で判断することが大切です。

小児科の法人化とは？医療法人ならではの制約

個人で開業しているクリニックが法人になる場合、株式会社ではなく医療法人を設立します。医療法人は都道府県知事の認可を受けて設立する法人で、株式会社と違って利益の配当が禁止されています。

現在新たに設立できるのは、出資持分のない医療法人です。解散したときの残余財産の帰属先は国や地方公共団体などに限られ、院長個人には戻りません。法人化すると、院長個人の財産とクリニックの財産がはっきり分かれることが前提になります。

設立の認可申請は、受付の時期が年に数回に限られる運用が一般的です。北海道で開業している場合は、道の認可スケジュールの確認が必要になります。思い立ってすぐに作れる法人ではないため、決算の数字が見えてきた段階で準備を始めます。

法人化を検討する所得の目安は？

個人のクリニックの所得には、所得税の累進税率がかかります。課税所得が1,800万円を超えると、超えた部分の所得税率は40%になり、住民税10%と合わせて50%に達します。「課税所得1,800万円超が続く見込み」が医療法人化を検討する目安といわれるのは、この税率構造のためです。

課税所得	所得税率	控除額
195万円以下	5%	0円
195万円超330万円以下	10%	97,500円
330万円超695万円以下	20%	427,500円
695万円超900万円以下	23%	636,000円
900万円超1,800万円以下	33%	1,536,000円
1,800万円超4,000万円以下	40%	2,796,000円
4,000万円超	45%	4,796,000円

医療法人の所得には法人税がかかります。出資のない医療法人は中小法人として扱われます。法人税率は、年800万円以下の所得が15%（2027年3月31日までに開始する事業年度）、800万円を超える部分が23.2%です。ほかに地方法人税（法人税額の10.3%）や法人住民税がかかりますが、社会保険診療に係る所得は事業税の対象外です。

医療法人にすると、利益を「院長の役員報酬」と「法人に残す利益」に分けられます。ただし役員報酬が850万円を超えると、給与所得控除は195万円で頭打ちになります（令和8年分・令和9年分）。また医療法人は配当ができないため、法人に残した利益は退職金や設備投資、将来の承継に向けて使うことになります。

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個人と医療法人の違いを判断の軸ごとに整理すると？

判断の軸	個人のクリニック	医療法人	小児科で見るポイント
所得水準	所得税の累進税率（最高45%）と住民税10%	法人税15%（年800万円以下）・23.2%と、役員報酬の給与所得控除	数年ならした所得が1,800万円を超えて続くか
社会保険	常時5人以上の従業員がいれば適用（医療の事業は法定の業種）	院長を含めて健康保険・厚生年金に加入	看護師・医療事務の人数と院長自身の保険料
消費税	基準期間の課税売上高が1,000万円を超えると課税	設立当初は基準期間がなく、原則として免税から始まる（特定期間の判定あり）	予防接種・健診など課税売上の規模
退職金	院長本人への退職金は経費にならない	役員退職金を損金にできる（適正額の範囲）	引退の時期と退職金の財源
承継	個人の開設をいったん廃止し、後継者が新たに開設	理事長の交代で法人として継続	お子さんが医師を目指しているか、勤務医を後継に迎えるか
家族への給与	青色事業専従者給与（届出と専従が必要）	理事・職員として職務に見合う報酬	家族が実際に担っている業務の内容

どの軸を重く見るかは、クリニックごとに異なります。特に退職金と承継は、法人化の効果が数年後から表れる項目です。目先の税額だけでなく、10年先の診療体制まで見通して考えます。

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小児科ならではの判断材料は？

季節変動が大きいので、数年ならした所得で見る

小児科は感染症が流行する冬に患者が増え、夏は落ち着くなど、季節による差が大きい診療科です。流行の大きな年は所得が一時的に跳ね上がるため、一番良かった年だけで判断すると、翌年以降に役員報酬や社会保険料の負担が重く感じることがあります。流行が落ち着いた年でも目安を超えるかを確かめます。

予防接種・健診の収入と消費税

小児科の収入は、保険診療に加えて予防接種や乳幼児健診が大きな割合を占めることがあります。社会保険診療の収入は消費税が非課税ですが、予防接種や健診は保険診療に当たりません。自治体からの委託料として入金されるものも含め、課税・非課税の区分を収入の種類ごとに確認しておきます。

課税売上高が1,000万円を超える年が出てくると、原則としてその2年後から消費税の課税事業者になります。医療法人を設立すると、設立当初は基準期間がないため原則として免税から始まるので、法人化の時期によって消費税の負担も変わります。

子ども医療費助成で収入の見通しは立てやすい

自治体の子ども医療費助成により、窓口での自己負担が少なく、未収金が生じにくいのも小児科の特徴です。収入の見通しが立てやすい分、法人化後の役員報酬も計画的に設定しやすくなります。

病児保育・分院・承継の構想

病児保育の併設や分院の開設を考えている場合は、医療法人のほうが事業を広げやすい面があります。お子さんが医師を目指しているか、勤務医を後継者に迎えるかといった承継の見立ても、法人化の損得を左右します。持分のない医療法人では法人の財産が院長個人の相続財産にならないため、承継の計画と合わせて検討します。ただし院長が法人に貸している建物や資金は、個人の財産のままです。

クリニックの経営に関わる制度の動きは「医療・歯科クリニックの経営に役立つ情報」でまとめています。

法人化で増えるコストと手間は？

医療法人にすると、院長を含めて健康保険・厚生年金に加入します。協会けんぽ北海道の健康保険料率は令和8年3月分から10.28%（介護保険料率1.62%）、厚生年金保険料率は18.3%で、いずれも法人と本人で折半します。令和8年4月分からは子ども・子育て支援金（0.23%）も加わります。

個人開業で医師国民健康保険組合に加入している場合は、法人化後の健康保険の扱いが変わることがあります。加入している組合に事前に確認してください。料率の改定や労務の制度変更は「人事労務・最低賃金・社会保険の情報」で確認できます。

増える負担	内容
社会保険料	院長の役員報酬にも保険料がかかり、法人負担分が増える
法人住民税の均等割	赤字でもかかる。資本金等1,000万円以下・従業者50人以下の区分なら、札幌市内で年7万円（北海道2万円＋札幌市5万円）
医療法人の届出・登記	毎会計年度終了後3か月以内の事業報告書等の届出、資産の総額の変更登記など
決算・申告	法人税・地方税の申告は事業年度終了の日の翌日から2か月以内（延長の特例あり）
防衛特別法人税	2026年4月1日以後に開始する事業年度から。基準法人税額から500万円を控除した額の4%で、税額が0でも申告が必要

決算や申告の事務は、毎月の記帳の積み重ねで決まります。当事務所は顧問契約で月次から決算まで継続して支援しており、決算・申告のみのご依頼はお受けしていません。

法人化を見送ったほうがよいのはどんなとき？

• 所得の増加が、感染症の大きな流行など一時的な要因によるもの
• 近い将来の閉院や承継の方針が固まっていない
• 法人の資金を私的に使えない制約が負担になる
• 社会保険の加入などによるコスト増が、利益を圧迫する規模である

こうした場合は、個人のまま小規模企業共済などで引退後に備える選択も有力です。法人化は「やめる」ことが難しい制度だからこそ、見送る判断にも価値があります。個人のままでできる節税策は「個人事業主の節税メニュー」で整理しています。

医療法人化の手続きはどんな順番で進める？

1. 試算と方針の決定直近数年の決算をもとに、役員報酬・退職金・社会保険料を含めて個人のままの場合と比べ、理事・監事の候補と承継の方針を決めます。
2. 認可の日程を確認する北海道の医療法人設立認可の受付時期と事前相談の日程を確認し、そこから逆算して準備します。
3. 設立総会と認可申請定款、事業計画、財産目録などを整え、設立総会を経て認可を申請します。
4. 認可後に設立登記認可を受けたら設立の登記を行い、医療法人が成立します。
5. 診療所と保険医療機関の手続き保健所で医療法人としての診療所開設の手続きと個人の診療所の廃止の届出を行い、北海道厚生局に保険医療機関の指定を申請します。開設者の変更に伴う指定日の扱いも確認します。
6. 税務・社会保険の届出税務署に法人設立届出書（設立の日以後2か月以内）と青色申告の承認申請書を提出します。青色申告の承認申請は、設立の日以後3か月を経過した日と最初の事業年度終了の日のうち、早い日の前日が期限です。社会保険の新規適用の手続きも行い、個人の廃業届は廃業の日から1か月以内に出します。

よくある質問

まとめ

小児科クリニックの法人化は医療法人の設立で、配当ができないなどの制約と、認可という時間のかかる手続きを伴います。課税所得1,800万円超が続く見込みは一つの目安にすぎません。季節変動をならした所得、予防接種などの消費税、社会保険料、退職金と承継の設計まで含めて試算し、判断することが大切です。方針が固まらない段階では、見送る判断にも十分な合理性があります。