インボイス制度とは？仕入税額控除の仕組みと2割特例終了後の選択肢

インボイス制度とは、登録した事業者が発行するインボイス（適格請求書）を保存しなければ、買い手が原則として仕入税額控除を受けられない仕組みです。小規模事業者向けの2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わり、免税事業者からの仕入れの控除割合も2026年10月1日から70%に下がりました。

インボイス制度とは？仕入税額控除の仕組み

消費税の納税額は「売上に係る消費税－仕入れに係る消費税」で計算します。この差し引く仕組みを仕入税額控除といい、その要件として、登録番号や税率ごとの消費税額等が書かれたインボイスの保存が必要です。インボイスを発行できるのは、税務署に登録した課税事業者だけです。

消費税率は標準税率10%（国税7.8%・地方税2.2%）と、飲食料品（酒類・外食を除く）などの軽減税率8%（国税6.24%・地方税1.76%）の2種類です。インボイスには、税率ごとに区分した金額と税額を書きます。

記載事項	インボイス（適格請求書）	簡易インボイス（小売業・飲食店業など）
発行する事業者の氏名・名称と登録番号	必要	必要
取引の年月日	必要	必要
取引の内容（軽減税率の対象品目はその旨）	必要	必要
税率ごとに区分した対価の合計額と適用税率	必要	対価の合計額は必要。適用税率か消費税額等のどちらかを書く
税率ごとに区分した消費税額等	必要	（上の欄と合わせて、どちらか一方でよい）
受け取る事業者の氏名・名称	必要	不要

登録すべき？取引先と自社の状況で判断する

登録するかどうかは、取引先の構成と自社の売上の規模で判断するのが基本です。基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として消費税の納税義務はありません。ただし特定期間（個人は前年1〜6月、法人は前期の初めから6か月）の課税売上高が1,000万円を超えると課税事業者になります。自社がどちらに当たるかは課税事業者の判定ツールで確かめられます。

主な取引先	登録しない場合の影響
本則課税で申告する事業者（法人・個人事業主）	取引先が仕入税額控除を受けにくくなり、取引条件の見直しにつながる可能性がある
簡易課税や2割特例で申告する事業者	取引先の納税額はインボイスの有無で変わらないため、影響は比較的小さい
一般消費者	消費者は仕入税額控除をしないため、影響は小さい
免税事業者や、非課税の売上が中心の事業者	取引先が仕入税額控除を必要としないため、影響は小さい

登録すると、売上と仕入れの消費税を正しく区分して記帳し、申告・納税する事務が増えます。日々の記帳や請求書の発行の体制が整っているかも、判断材料として合わせて検討しておきたいところです。

• 相手が仕入税額控除を必要としているか（取引先の事業形態や申告方法）
• 登録の有無が価格や契約の見直しにつながるかを、早めに率直に話し合う
• 登録した場合に、記載事項を満たした請求書を発行できる体制になっているか
• 自社と主な仕入先が、それぞれ課税事業者か免税事業者か
• 帳簿と請求書の保存方法、計算方法（本則課税・簡易課税・特例）の選択

免税事業者が課税期間の途中から登録する場合は、登録申請書に提出日から15日以降の登録希望日を書けば、その日から登録されます。2029年9月30日を含む課税期間までの経過措置で、課税事業者選択届出書は要りません。課税期間の初日から登録を受けたい場合は、その初日から数えて15日前の日までに申請します。途中から登録した場合、一定の期間は免税事業者に戻れないことがある点にも注意が必要です。

2割特例はいつまで？終了後の3割特例と簡易課税への移行

2割特例は、免税事業者からインボイス発行事業者になった人が、売上税額の2割を納めればよいとする負担軽減の特例です。2023年10月1日から使え、2026年9月30日を含む課税期間が最後になります。事前の届出は不要で、申告書に付記して使います。

事業者	2割特例を使える最後の課税期間	その後の主な選択肢
個人事業者	令和8年分（2026年分）	3割特例（令和9年分・令和10年分）、簡易課税、本則課税
3月決算の法人	2027年3月期	簡易課税、本則課税（3割特例はない）
12月決算の法人	2026年12月期	簡易課税、本則課税（3割特例はない）

令和8年度税制改正で、個人事業者だけを対象に「3割特例」が設けられました。登録しなければ免税事業者になる人が、令和9年分と令和10年分に、売上税額の3割を納付税額にできる制度で、届出は要りません。使えないのは、次のいずれかに当たる場合です。

• 基準期間の課税売上高が1,000万円を超える
• 特定期間の要件に当たり、課税事業者になる
• 課税期間の短縮の特例を選んでいる
• 調整対象固定資産などを取得したことによる制限を受けている

2割特例や3割特例の後に簡易課税へ移る場合は、届出の期限の特例があります。特例を受けた課税期間の翌課税期間の確定申告期限までに簡易課税制度選択届出書を出せば、その翌課税期間から簡易課税を使えます。たとえば令和10年分に3割特例を使い、令和11年分を簡易課税にするなら、2030年4月1日までの提出です。3割特例の詳しい要件は2割特例終了後の3割特例の解説をご覧ください。

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免税事業者からの仕入れは？経過措置の控除割合と期間

買い手側には、免税事業者などインボイスのない相手からの仕入れでも、一定の割合を控除できる経過措置があります。令和8年度税制改正でこの措置は2年延長される一方、控除できる割合は段階的に縮小されます。

課税仕入れの時期	控除できる割合
2023年10月1日〜2026年9月30日	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以後	控除できない

どの割合を使うかは、課税仕入れの日（商品の引渡しやサービスの完了の日）で判定します。帳簿には、経過措置の適用を受ける旨（「80%控除対象」など）を書いておく必要があります。また、同じ相手からの税込の課税仕入れが年間1億円を超えると、超えた部分には経過措置を使えません（2026年10月1日以後に開始する課税期間から。改正前は10億円）。3月決算法人なら2027年4月1日に始まる事業年度から、個人は令和9年分からの適用です。

免税の外注先との取引が多い事業者は、価格や取引条件の見直しを含めた検討が必要になる場合があります。ただし、取引先に一方的な値下げを求めると、独占禁止法などの問題になるおそれがあるため、十分な協議が前提です。

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簡易課税と本則課税、どちらで考える？

簡易課税は、実際の仕入れの消費税ではなく、業種ごとのみなし仕入率を売上税額に掛けて仕入税額を計算する方法です。基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者が、適用したい課税期間の初日の前日までに届出をすれば選べます（新たに事業を始めた課税期間は、その課税期間中）。いったん選ぶと、2年間は続けて適用します。

事業区分	主な業種	みなし仕入率
第1種	卸売業	90%
第2種	小売業、農林漁業のうち飲食料品の譲渡	80%
第3種	農林漁業（飲食料品の譲渡を除く）・鉱業・建設業・製造業など	70%
第4種	飲食店業など、他の区分に当たらないもの	60%
第5種	運輸通信業・金融保険業・サービス業（飲食店業を除く）	50%
第6種	不動産業	40%

仕入れや経費が少なく利益率が高い業種は簡易課税が有利になりやすく、逆に設備投資や仕入れが多い業種は、本則課税で実際の仕入税額控除を反映させた方が合うこともあります。どちらを選ぶかは一度決めたら終わりではなく、事業の状況が変わったタイミングで見直す価値がある判断です。選び方の考え方は簡易課税のメリットと注意点で詳しく解説しています。

日々の実務で気をつけたいこと

登録した後は、日々の実務が変わります。請求書や領収書に登録番号が正しく書かれているかの確認、受け取った請求書の保存と整理、取引先の登録番号が有効かどうかの確認など、細かな作業が積み重なります。特に開業当初や取引先が変わったタイミングは、記載漏れや確認漏れが起きやすい時期です。

• 受け取ったインボイスの登録番号を、国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで確かめる
• メールやネットで受け取ったインボイスは、電子取引のデータとして電子のまま保存する（2024年1月1日以後は義務）
• 基準期間の課税売上高が1億円以下（または特定期間が5,000万円以下）なら、税込1万円未満の仕入れはインボイスがなくても帳簿の記載だけで控除できる（2029年9月30日まで）
• 値引きや返品で返金する額が税込1万円未満なら、返還インボイスの交付は不要
• 免税事業者からの仕入れは、帳簿に経過措置の対象である旨を書いて区分する
• 月次で書類を整理し、記載漏れのある請求書は早めに再発行を依頼する

インボイスの区分は、日々の仕訳の段階で入力しておくと決算と申告の手間が大きく減ります。帳簿づけの基本は仕訳と総勘定元帳の基本で整理しています。

消費税の申告と納付はいつ？

インボイス発行事業者になると、免税事業者だった人も消費税の申告と納付が必要になります。申告の期限と中間申告の回数は、次のとおりです。

項目	内容
法人の申告・納付期限	事業年度の終了の日の翌日から2か月以内（延長の届出で1か月延長可）
個人事業者の申告・納付期限	翌年3月31日。令和8年分は2027年3月31日（水）
中間申告	直前の課税期間の確定消費税額（国税）が48万円超で年1回、400万円超で年3回、4,800万円超で年11回

2割特例を使っていた個人事業者は、令和8年分の申告が2割特例の最後になります。令和9年分から3割特例・簡易課税・本則課税のどれを使うかを、令和8年分の申告とあわせて検討しておくと、届出の期限を逃さずに済みます。

よくある質問

まとめ

インボイス制度は、登録事業者のインボイスがないと買い手が原則として仕入税額控除を受けられない制度で、登録するかどうかは取引先の構成と自社の規模で判断します。2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わり、個人事業者は令和9年分から3割特例も選べます。免税事業者からの仕入れは2026年10月1日から70%控除に下がったため、取引条件と計算方法を毎年見直しましょう。