結論から言うと、インボイス制度（適格請求書等保存方式）は「登録事業者が発行するインボイスがなければ、買い手は原則として仕入税額控除ができない」制度です。そして今、小規模事業者の負担軽減措置である「2割特例」が令和8年9月30日の属する課税期間で終了するという大きな節目を迎えています。本記事で制度の基本と今後のスケジュールを整理します。
インボイス制度の基本
消費税の納税額は「売上に係る消費税－仕入れに係る消費税」で計算します。この「仕入税額控除」の要件として、登録番号・税率ごとの消費税額等が記載されたインボイスの保存が必要です。インボイスを発行できるのは税務署に登録した課税事業者だけです。免税事業者のままでいるか、登録して課税事業者になるかは、取引先の構成（事業者向けか消費者向けか）で判断するのが基本です。
2割特例は令和8年9月で終了
国税庁の2割特例解説ページによると、免税事業者からインボイス発行事業者になった方は、売上税額の2割を納めればよい「2割特例」を令和5年10月1日から令和8年9月30日の属する課税期間まで使えます。個人事業主なら令和8年分（2026年分）が最後です。その後は、令和8年度税制改正で個人事業者限定の「3割特例」（売上税額の3割を納付、令和9年分・10年分）が設けられ、簡易課税への移行も申告期限までの届出で選択できる特例が準備されています。詳細は「2割特例終了後の3割特例」で解説しています。
免税事業者からの仕入れ：80％控除は70・50・30％へ
買い手側の経過措置として、免税事業者等からの仕入れでも一定割合を控除できる仕組みがあり、これまで80％控除でした。令和8年度改正でこの措置は2年延長される一方、控除割合は令和8年10月以降70％→50％→30％と段階的に縮小されます。免税の外注先と取引が多い事業者は、価格交渉や取引条件の見直しを含めた検討が必要になります。
簡易課税との使い分け
2割特例終了後の選択肢は、原則課税・簡易課税・（個人は）3割特例の3つです。簡易課税は業種ごとのみなし仕入率で計算する方式で、卸売業90％・小売業80％・サービス業50％などと定められています。どれが有利かは売上・経費の構成次第です。詳しくは「簡易課税の解説」をご覧ください。
まとめ
- インボイスがないと買い手は原則仕入税額控除不可
- 2割特例は令和8年9月30日の属する課税期間で終了
- 個人限定で3割特例（令和9・10年分）、簡易課税移行特例も
- 免税事業者からの仕入控除は70・50・30％と段階縮小
- 自社に有利な計算方式を毎年見直す
消費税の計算方式の選択は損得が大きく分かれます。ジェイスタート会計事務所へお気軽にご相談ください。
※本記事は2026年6月時点の法令・情報に基づく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の適用にあたっては税理士等の専門家にご相談ください。