歯科医院の税務調査｜自費・金属スクラップなど調査官が見るポイントと備え

歯科医院の税務調査で重点的に見られるのは、自由診療の窓口収入、金属スクラップの売却収入、技工外注費の期ズレ、家族への給与です。どれも日次の売上の突き合わせと記録の保存で説明できるようになり、見られる箇所を知って経理を整えておけば、調査は過度に恐れるものではありません。

歯科医院の税務調査で見られやすいポイントは？

歯科医院は、税務調査の対象に選ばれやすい業種のひとつといわれます。自由診療による現金収入があり、調査する側から見て確認すべきポイントが定型化しているためです。保険診療の収入は支払基金や国保連合会の支払データを通じて税務署側でも把握できるため、重点は把握されにくい自由診療の窓口収入に置かれます。

論点	調査で確認されること	日頃の備え
自由診療の窓口収入	予約記録・カルテ・日計表とレジの現金・通帳の入金が一致しているか	日計表と現金残高を毎日一致させる
カード・デンタルローンの売上	入金日ではなく診療日の売上として計上しているか	売上は総額で計上し、手数料は経費に分けて処理する
年末の保険診療分	年末（期末）に診療した分の未収計上漏れ	決算時に請求額を未収金として計上する
金属スクラップの売却	売却収入の計上漏れ	売却の都度、明細を残して雑収入に計上する
技工外注費	期末前後の納品・請求の期ズレ	納品の時期で計上し、期末の未払分を確認する
歯科材料・医薬品	期末の棚卸の漏れ	期末に数量と単価を記録する
家族・非常勤への支払	勤務実態と金額の妥当性、給与か外注費かの区分	出勤記録・担当業務・契約書を残す
私的な支出	家族の飲食・旅行・車両費などの混入	事業用と私用の口座・カードを分ける

自院の経理がどこまで整っているかは、経理・決算のセルフチェックで一度点検しておくと、調査前に弱い部分が見えてきます。

自由診療の収入はどう確認される？

自由診療の窓口収入は、予約システムやカルテ、日計表とレジの現金、通帳の入金が突き合わせられます。自費比率が同規模の医院より極端に低い、特定の曜日だけ売上が少ないといった不自然な傾向は、質問の対象になります。

窓口のつり銭を毎日決まった額に戻し、日計表と現金残高を日次で一致させる運用は、収入管理の基本です。同時に、調査で信頼を得る最大の材料にもなります。

返金・値引き・家族への診療は理由を記録する

自費の中途解約による返金や、知人・紹介患者への値引きは、売上が少なく見える原因になります。日付・患者・金額・理由をメモに残し、返金は振込記録とあわせて保存します。家族やスタッフへの無償・割引の診療も、院内の方針と記録があれば説明しやすくなります。

矯正の前受金とカード・ローンの売上

矯正治療などで治療費をまとめて前受けする場合は、契約内容に沿って売上に計上する時期を決め、毎期同じ方法で処理します。年度ごとに計上の仕方が変わると、利益を操作していると疑われる原因になります。

クレジットカードやデンタルローンの売上は、入金が翌月以降でも診療した時点の売上です。入金額だけを売上にすると手数料分が売上から抜け落ち、年末の診療分は翌年の売上にずれてしまいます。

金属スクラップ・技工外注費・家族給与は何が問題になる？

窓口の現金以外にも、歯科医院ならではの指摘の定番があります。どれも少額の積み重ねや処理のタイミングの問題で、日頃のルールづくりで防げるものです。

金属スクラップの売却は少額でも雑収入

撤去した金属冠などの歯科金属スクラップを業者へ売却した収入の計上漏れは、歯科の調査における定番の指摘事項です。買取業者側の支払記録などから把握されることがあり、数年分をまとめると思わぬ金額になることもあります。少額でも、雑収入として都度計上するのが原則です。

技工外注費と年末の保険診療分の期ズレ

技工所への外注費は、期末前後の納品・請求のタイミングによる期ズレが確認されます。今期の費用にできるのは、今期中に役務の提供を受けた分までです。期末に納品された技工物の請求書が翌期に届く場合は、未払金として今期に計上します。

反対に、収入側で漏れやすいのが保険診療の未収分です。保険診療の報酬は診療の翌月に請求し、翌々月に入金されるのが一般的なため、年末（期末）に診療した分は入金前でもその期の収入になります。入金ベースで計上していると、毎期の収入が後ろにずれて指摘を受けます。

家族給与・非常勤医への支払・MS法人との取引

院長の配偶者や家族への給与は、勤務実態と金額の妥当性が見られます。出勤記録や担当業務のメモを残し、業務内容に見合った水準に設定しておくと説明がスムーズです。非常勤の歯科医師や歯科衛生士への支払は、雇用契約で勤務しているなら給与として源泉徴収が必要で、外注費として処理していると源泉所得税の指摘につながります。

医療法人がMS法人（院長一族が経営する医療関連サービスの会社）に業務委託料や賃料を払っている場合は、業務の実態と金額の釣り合いが確認されます。契約書・請求書に加えて、委託した業務の実績を記録しておきます。

概算経費の特例を使っている医院は何に注意する？

歯科特有の論点として、社会保険診療報酬が一定額以下の場合に使える概算経費の特例（租税特別措置法26条）があります。医療法人にも同様の特例があります。適用している医院では、保険収入と自費収入の区分の正確さが計算の前提になるため、収入の集計の仕方そのものが確認されます。

• 自費診療の収入を、特例の対象となる社会保険診療報酬に混ぜていないか
• 自費診療分の経費は実額で計算し、保険診療と共通の経費を合理的な基準で按分しているか
• 特例と実額のどちらが有利か、毎年比較して選んでいるか
• 金額基準などの適用要件を、その年分の最新の情報で確認しているか

消費税では、保険診療は非課税、自費診療やスクラップの売却は課税です。基準期間（個人は前々年）の課税売上高が1,000万円を超えると、原則として消費税の納税義務が生じます。自費の割合が高い医院ほど、消費税の申告漏れがないかも確認されます。歯科医院の税務・経営の論点は歯科医院の経営に役立つ最新情報にもまとめています。

税務調査はどう進む？流れと準備する資料

多くの調査は、税務署からの事前通知で始まります。ただし、帳簿や記録を隠されるおそれがあると判断された場合などは、事前通知なしで調査が行われることもあります。流れは次のとおりです。

1. 事前通知調査の日時・場所・目的・税目・対象期間・確認する帳簿書類などが伝えられます。顧問税理士がいれば税理士に連絡が入ることもあります。
2. 日程の調整と準備診療の予定などで都合が悪ければ、理由を伝えて日時の変更を相談できます。対象期間の帳簿と資料をそろえ、自費の集計や棚卸の根拠を確認します。
3. 実地の調査院長への聞き取り（事業の概要・収入の管理方法）から始まり、帳簿と証拠書類の確認に進みます。窓口の現金やレジの確認が行われることもあります。
4. 指摘事項の説明と追加資料の提出その場で答えられない点は、確認のうえ後日回答します。追加の資料を求められることもあります。
5. 調査結果の説明と終了誤りがあれば修正申告を勧められるか、税務署が更正を行います。問題がなければ、その旨の通知を受けて終了します。

当日は、記憶があいまいな点をその場で断定せず、確認のうえ後日回答する姿勢で構いません。顧問税理士がいる場合は立会いを依頼し、やり取りの窓口を一本化するのが一般的です。立会いを依頼するときの段取りは税務調査の立会いの依頼から完了までの流れで確認できます。

準備しておく資料

• 総勘定元帳・仕訳帳、決算書・申告書の控え（対象期間分）
• 日計表、レジの記録、予約システムの記録、自費の契約書・同意書・領収書の控え
• 保険診療の請求と入金の記録（返戻・査定減の明細を含む）
• 事業用の通帳、カード・デンタルローンの入金明細
• 技工所の請求書・納品書、金属スクラップの買取明細
• 期末の棚卸表、固定資産台帳、リース・賃貸借の契約書
• 給与台帳・出勤簿、家族従業員や非常勤医の契約書と業務の記録
• メールやネットで受け取った請求書・領収書の電子データ

帳簿書類の保存期間は、法人が7年（欠損金が生じた事業年度は10年）です。個人の青色申告者は、帳簿と決算関係書類・現金預金取引等関係書類が7年、その他の書類が5年です。前々年分の所得が300万円以下の個人は、現金預金取引等関係書類が5年になります。2024年1月1日以後の電子取引で受け取った請求書や領収書は、紙に印刷するだけでは足りず、電子データのまま保存する必要があります。

指摘を受けたらどうなる？加算税とさかのぼる期間

調査で申告の誤りが見つかると、不足していた税金に加えて加算税と延滞税がかかります。加算税の種類と割合は次のとおりです。

種類	かかる場面	割合
過少申告加算税	期限内に申告したが、税額が少なかった	原則10%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）
無申告加算税	期限までに申告していなかった	原則15%（50万円超の部分は20%、2024年1月1日以後に法定申告期限が到来するものは300万円超の部分30%）
重加算税	売上の除外や帳簿の改ざんなど、仮装・隠蔽があった	過少申告・不納付の場合35%、無申告の場合40%

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税務署が更正・決定できる期間は、原則として法定申告期限から5年です。偽りその他不正の行為がある場合は7年に延び、法人税の欠損金額に係る更正は10年です。スクラップの売却代金や自費の売上を意図的に除外していたと判断されると、さかのぼる期間と加算税の両方が重くなります。

よくある質問

まとめ

歯科医院の税務調査は、自由診療の窓口現金、金属スクラップ、技工外注費と年末の保険診療分の期ズレ、家族や非常勤医への支払が重点です。日計表・予約記録・レジ・通帳を日次でつなげ、返金や値引きの理由、スクラップ売却の明細を残しておけば、調査での説明は格段に楽になります。調査の連絡が来てから慌てるより、日頃の経理体制を整えておくほうがはるかに有効です。