訪問看護ステーションのインボイス登録は必要?自費・企業受託で判断

公認会計士・税理士 監修

この記事は、公認会計士・税理士が代表を務める札幌の会計事務所「ジェイスタート会計事務所」が監修しています。

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訪問看護ステーションの収入は、医療保険・介護保険とも消費税が非課税です。インボイス登録が問題になるのは、自費サービスや企業からの受託などの課税売上があり、その相手が事業者の場合です。納税義務の判定、登録したときの税額の計算、請求書の分け方まで順に確認します。

執筆:ジェイスタート会計事務所 編集部(札幌の公認会計士・税理士事務所)2026年10月時点の法令に基づき作成

この記事の結論

保険の訪問看護だけなら消費税は非課税で、インボイス登録は通常いりません。企業向けの健康相談や研修講師など、事業者を相手にした課税売上があるときに、登録の損得を比べます。

  • 医療保険の訪問看護療養費、介護保険の訪問看護費、利用者の自己負担分はいずれも非課税
  • 自費の訪問看護・企業からの受託・講師謝金・物品販売は課税売上
  • 納税義務の判定(基準期間の課税売上高1,000万円)は、非課税の保険収入を除いて行う
  • 訪問看護ステーションは法人で運営するため、個人事業者向けの3割特例は使えない
  • 登録しない場合、取引先が控除できる消費税は2026年10月1日〜2028年9月30日の仕入れで70%に縮む
目次

訪問看護の収入に消費税はかかる?保険は非課税、自費・受託は課税

医療保険に基づく訪問看護療養費も、介護保険に基づく訪問看護費も、消費税は非課税です。利用者が支払う自己負担分も、同じく非課税として扱います。

一方、保険の枠外で提供するサービスや、ほかの事業者から受ける仕事の対価は課税売上になります。収入の種類ごとの区分は次のとおりです。

収入の種類消費税インボイスを求められる可能性
訪問看護療養費(医療保険)・訪問看護費(介護保険)非課税なし
利用者の自己負担分非課税なし
自費の訪問看護(保険の対象にならない時間・回数の訪問、外出の付き添いなど)課税(10%)相手が個人なら低い
企業からの受託(従業員向けの健康相談など)課税(10%)高い
研修講師の謝金・原稿料(ステーションとして受ける場合)課税(10%)高い
衛生用品などの物品販売課税(10%。飲食料品は8%)相手しだい
訪問看護ステーションの主な収入と消費税の区分(2026年10月時点)

保険の訪問看護に付随して利用者から受け取る交通費などの実費は、保険サービスの一部として扱うのか、別の取引なのかで判断が分かれることがあります。料金表で項目を分けて記載し、迷う項目は個別に確認しておきます。

区分があいまいなまま事業を始めると、後からまとめて集計し直すことになります。開設時に、会計ソフトの売上の科目を「保険収入(非課税)」と「自費・受託など(課税)」に分けて設計しておくのが近道です。

インボイス登録は必要?課税売上の相手が事業者かで判断する

インボイス(適格請求書)は、取引先が消費税の仕入税額控除を受けるために必要な書類です。課税売上の相手が個人の利用者だけなら、インボイスを求められる場面はまれで、登録しないことによる不利益は生じにくいといえます。

一方、企業との契約(従業員向けの健康相談の受託、研修への登壇など)がある場合は、相手が仕入税額控除のために登録を求めてくる可能性があります。登録すると、課税売上の分について消費税の申告と納付が必要になります。

登録を検討したいケース

  • 企業や医療機関から、健康相談・研修などを継続して受託している
  • 取引先から登録番号を聞かれている
  • 法人向けのサービスを増やしていく計画がある

登録しなくても困りにくいケース

  • 課税売上が、個人の利用者向けの自費サービスだけ
  • 課税売上がわずかで、相手が事業者ではない
  • 申告の事務を増やすより、保険の業務に集中したい

迷う場合は、取引先に「登録していないと取引条件が変わるか」を確認したうえで、後の節の方法で登録したときの納税額を試算して比べます。判断の基準は収入の総額ではなく、課税売上の金額とその相手です。

免税事業者かどうかはどう判定する?非課税の保険収入は含めない

消費税の納税義務は、基準期間(法人は前々事業年度)の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として免除されます。この課税売上高に、非課税の保険収入は含めません。収入規模の大きいステーションでも、課税売上がわずかなら免税事業者のままでいられます。

判定の場面判定の基準訪問看護での注意点
基準期間(前々事業年度)課税売上高が1,000万円以下なら免税保険収入は含めない
特定期間(前事業年度の開始から6か月)課税売上高が1,000万円超なら課税。給与等の支払額で判定してもよい給与の支払額が大きくても、課税売上高で判定して1,000万円以下なら免税のまま
設立1期目・2期目基準期間がないため、資本金1,000万円未満の法人は原則免税資本金1,000万円以上で設立すると1期目から課税
インボイスに登録した場合登録日から課税事業者課税売上高が少なくても申告が必要
消費税の納税義務の判定(2026年10月時点の法令に基づく)

判定は事業所ごとではなく、法人全体の課税売上高で行います。居宅介護支援事業所などを併設している場合も、法人として受け取った課税売上を合計して判定します。

数値例:年間収入4,000万円のステーション

例えば、年間収入4,000万円のうち保険収入が3,850万円、自費サービスと講師謝金が150万円(いずれも税抜)のステーションの場合です。

  • 課税売上高:4,000万円−3,850万円=150万円
  • 基準期間の課税売上高150万円は1,000万円以下のため、免税事業者のままでいられる
  • インボイス登録をしなければ、消費税の申告は不要

登録すると、この150万円の課税売上について申告義務が生じます。法人取引を増やしていく計画があるかどうかと、申告事務の負担を比べて判断することになります。

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課税事業者かどうかを判定する基準期間や特定期間の課税売上高から、消費税の納税義務があるかを確認できます。計算する

登録すると消費税はいくら?本則課税・簡易課税・2割特例の比べ方

登録して課税事業者になった場合、納める消費税の計算方法は主に3つです。訪問看護は収入の大半が非課税のため、計算方法による差が大きくなります。

計算方法納付税額の考え方訪問看護での注意点
本則課税売上の消費税から、仕入れの消費税を引く課税売上割合が低いと、仕入れの消費税をごく一部しか引けない
簡易課税売上の消費税に、事業区分ごとのみなし仕入率を掛けた額を控除する。訪問看護や研修などのサービス業は第5種(50%)基準期間の課税売上高5,000万円以下が条件。事前の届出が必要で、2年間は続ける
2割特例売上の消費税の2割を納める2026年9月30日を含む課税期間で終了(3月決算法人は2027年3月期まで)
消費税の主な計算方法(2026年10月時点の法令に基づく)

計算例:課税売上150万円で登録した場合の納付税額

例えば、課税売上が税抜150万円(売上の消費税15万円)、保険収入が3,850万円、課税仕入れ(車両のリース料、事務所の家賃、消耗品など)が税抜1,200万円(仕入れの消費税120万円)の場合です。

  • 本則課税(一括比例配分方式):課税売上割合は150万円÷4,000万円=3.75%。控除できる仕入れの消費税は120万円×3.75%=45,000円で、納付税額は15万円−45,000円=105,000円
  • 簡易課税(第5種):控除額は15万円×50%=75,000円で、納付税額は15万円−75,000円=75,000円
  • 2割特例:納付税額は15万円×20%=30,000円(2026年9月30日を含む課税期間まで)

実際の申告では国税と地方消費税を分けて計算します。どの方法が有利かは課税仕入れの額と課税売上割合で変わるため、届出の期限より前に試算しておきます。

訪問看護ステーションは法人で運営するため、個人事業者向けの3割特例(令和9・10年分)は使えません。2割特例が終わった後は、本則課税か簡易課税のどちらかで計算します。

簡易課税を選ぶには、適用を受けたい課税期間の初日の前日までに簡易課税制度選択届出書を出します(新たに事業を始めた課税期間は、その課税期間中)。2割特例を使った事業者は、翌課税期間の確定申告期限までに届け出れば、その翌課税期間から簡易課税を選べます。

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簡易課税・本則課税・2割特例の納付額を比べる売上と仕入れの金額から、計算方法ごとの消費税の納付額を比較できます。計算する

登録するか、どの計算方法を選ぶかは、課税売上の相手と金額で変わります。初回無料で、試算の前提から確認できます。

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登録しないと取引先にどう影響する?経過措置70%と取引条件

免税事業者のままでいる場合、取引先の企業は、ステーションに支払った受託料の消費税を全額は控除できません。控除できる割合(経過措置)は、取引先が課税仕入れを行った日によって次のように縮んでいきます。

課税仕入れの日取引先が控除できる割合
2026年9月30日まで80%
2026年10月1日〜2028年9月30日70%
2028年10月1日〜2030年9月30日50%
2030年10月1日〜2031年9月30日30%
2031年10月1日以後0%(控除できない)
免税事業者等からの仕入れに係る経過措置(令和8年度税制改正後)

控除できない部分は、取引先にとって実質的なコスト増になります。継続して受託している企業から登録の有無を確認されたり、取引条件の見直しを相談されたりすることがあるため、契約を更新する時期に合わせて方針を決めておくと話し合いがしやすくなります。経過措置の変更点は「インボイス経過措置が80%から70%になった後の対応」で詳しく整理しています。

取引先が個人の利用者だけなら影響はない

経過措置は、取引先が課税事業者として仕入税額控除を行う場合の話です。自費サービスの相手が利用者やその家族などの個人であれば、登録の有無で相手の負担は変わりません。

請求書・領収書はどう書く?保険と自費を分ける実務

同じ利用者に保険の訪問看護と自費サービスをあわせて提供する場合は、請求書や領収書の上でも非課税と課税を分けて記載します。分けておかないと、後から按分し直す手間が生じます。

インボイスに登録した場合、事業者の取引先に出す請求書には、次の事項を記載します。

  • ステーションを運営する法人の名称と登録番号
  • 取引の年月日と取引の内容
  • 税率ごとに区分した対価の額と、適用税率
  • 税率ごとに区分した消費税額
  • 請求書の交付を受ける事業者の名称

利用者個人に出す領収書は、インボイスの形式にする必要はありません。ただし登録した事業者は、課税事業者である取引先から求められたときにインボイスを交付する義務があります。

自費サービスの範囲と料金は開設時に明文化する

自費の訪問看護や研修謝金など、課税売上になるメニューと料金を開設時に料金表で明文化しておかないと、請求のたびに区分で迷います。契約書・重要事項説明書・料金表の記載をそろえておくと、請求の区分と会計の科目が一致します。

仕入れ側では「少額特例」も確認

課税事業者になって本則課税で計算する場合、税込1万円未満の課税仕入れは、インボイスがなくても帳簿の記載だけで控除できる特例があります(基準期間の課税売上高1億円以下などの事業者が対象、2029年9月30日まで)。訪問時の駐車場代や消耗品など、少額の支払いが多い事業所では記帳の手間が減ります。

開設後の資金繰りと経理で気をつけることは?

訪問看護は、保険請求(レセプト)の入金がサービス提供からおよそ2か月後になる一方、看護師の給与は毎月出ていきます。開設直後は売上が立っても現金が入らない期間が続くため、数か月分の人件費を運転資金として確保しておく必要があります。

このタイムラグは、利用者が増えて看護師を増員するたびに生じます。増員した月の給与に対して、その分の収入はまだ入金されていないためです。開設時だけでなく、増員のタイミングでも資金の見立てを見直しましょう。

  • レセプトの入金予定と、給与・家賃・リース料の支払予定を同じ表に並べる
  • 賞与月や、税金・社会保険料のまとまった支払いが重なる月を先に書き込む
  • 車両の購入・入れ替えの時期と、支払方法(一括・リース)を決めておく
  • 自費・受託の売上は、保険収入とは別の科目で毎月集計する

費用の大半を占める給与は、消費税の計算上の課税仕入れになりません。課税事業者を選ぶ場合、人件費の比率が高いほど仕入れの消費税で相殺できる部分が少なくなる点も、納税額の見立てに織り込みます。

訪問看護は移動用の車両など高額な課税仕入れが発生しやすい事業です。購入の時期が登録の前か後かで仕入税額控除の扱いが変わることがあるため、車両を入れ替える前に確認しておくと安心です。制度全体の整理は「インボイス制度の実務ガイド」にまとめています。

よくある質問

看護師が個人として講師謝金を受け取った場合も、ステーションの売上になりますか?

依頼元との契約が看護師個人であれば、謝金は看護師個人の所得で、ステーションの売上にはなりません。ステーションとして講師を派遣するのか、個人として登壇するのかを、依頼元との契約で明確にしておくと、売上の計上と消費税の判定で迷いません。

インボイスに登録すると、保険収入にも消費税がかかりますか?

かかりません。登録しても、医療保険・介護保険の訪問看護の収入は非課税のままです。申告の対象になるのは課税売上の部分で、本則課税の場合は保険収入の大きさが課税売上割合に影響します。

一度登録した後に、登録をやめることはできますか?

登録の取消しを求める届出書を出せば、やめることができます。やめたい課税期間の初日から数えて15日前までに出す必要があるほか、登録した時期によっては一定期間は免税事業者に戻れない場合があるため、取消しを考える段階で確認しましょう。

課税売上が少なくても、簡易課税の届出は出しておくべきですか?

登録して課税事業者になる予定があるなら、本則課税と簡易課税の納付額を比べてから決めます。課税売上割合が低い訪問看護では簡易課税が有利になりやすい一方、一度選ぶと2年間は続ける必要があります。自費サービス専用の設備に大きな投資をする予定がある年などは、本則課税(個別対応方式)とも比べておきましょう。

まとめ

訪問看護ステーションの保険収入は非課税のため、インボイス登録が必要になるのは、事業者を相手にした課税売上がある場合です。納税義務は非課税の保険収入を除いた課税売上高で判定し、登録するなら本則課税・簡易課税・2割特例の納付額を比べて選びます。自費サービスの料金表と売上の科目を開設時に分け、レセプトの入金までの資金も月次で管理しましょう。

札幌の公認会計士・税理士事務所

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出典・参考(公的機関)

本記事は2026年10月時点の法令等に基づく一般的な解説です。個別の状況により取扱いが異なる場合がありますので、実際の申告・手続きは税理士等の専門家にご相談ください。

更新履歴:2026年10月 全面改訂(令和8年度税制改正を反映)

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