食品製造業の税理士選び｜原価計算・棚卸・軽減税率の論点と顧問料

食品製造業の税理士選びでは、原価計算・棚卸・軽減税率という三つの論点に、自社の製造工程に即して答えられるかを確かめます。顧問料は金額の大小ではなく、原価計算の支援や在庫評価の相談がどこまで含まれるかをそろえて比べ、切り替えは決算をまたがない時期に計画的に進めます。

食品製造業の会計はどこが難しいのか

食品製造業の経理は、原材料の仕入から製造・在庫・出荷まで、お金とモノの流れが複雑です。どんぶり勘定では製品ごとの採算が見えず、製造原価の把握が経営判断の出発点になります。

原価計算：歩留まり・ロス・試作をどう扱うか

最大の特徴は原価計算です。材料費・労務費・製造経費を製品別に集計し、製造原価報告書としてまとめます。歩留まり（投入した原料のうち製品になった割合）や製造ロス、試作品の材料費など帳簿に反映しにくい要素も多く、ここが曖昧なままでは「売上は伸びているのに儲からない」原因を突き止められません。

原価の要素	食品製造業での例	把握のポイント
材料費	原料・調味料・包装資材	歩留まりを反映した実際の使用量で計算する
労務費	製造ラインの人件費、パートの賃金	製造と販売・事務の人件費を分けて集計する
製造経費	冷凍冷蔵設備の電気代、減価償却費、衛生管理の費用	製品別に配る基準（作業時間・生産量など）を決めておく
製造ロス・廃棄	規格外品、仕込みの失敗、期限切れ	通常発生する分と、事故などの異常な分を分けて記録する
試作・開発	新商品の試作の材料費・検査費用	通常の製造原価と分けて把握する

棚卸：三区分と賞味期限切れ・規格外品の評価

期末には原材料・仕掛品・製品の三区分で棚卸を行う必要があり、賞味期限切れ品や規格外品の評価も論点になります。税務上は、評価方法を選んで届け出ていなければ最終仕入原価法で評価し、方法を変えるには税務署への承認申請が必要です。

期限切れで販売できなくなった在庫は、廃棄した日・品目・数量を記録し、廃棄業者の証明や写真を残して損失として処理します。廃棄せずに帳簿上の評価だけを下げる処理（評価損）は、税務上認められる場面が限られるため、処理の前に税理士と確認します。

設備投資：冷凍冷蔵・衛生設備と税制

冷凍冷蔵設備や衛生設備など投資額が大きく、減価償却や税制優遇の検討余地が大きい業種です。取得価額による処理の違いと、使える税制の主なものは次のとおりです。

区分	内容	期限・注意点
10万円未満	消耗品費などとして全額経費	使用可能期間が1年未満のものも同様
20万円未満	一括償却資産として3年で均等に経費にできる	償却資産税の申告対象外
40万円未満	少額減価償却資産の特例で全額経費（年300万円まで）	青色申告の中小企業者等が対象。2026年4月1日以後の取得（2026年3月31日までの取得は30万円未満）、2029年3月31日まで
中小企業経営強化税制	即時償却か税額控除10%（資本金3,000万円超は7%）	経営力向上計画の認定が前提。2027年3月31日までの取得・事業供用。工具・器具備品は40万円以上（2026年4月1日以後の取得）
中小企業投資促進税制	特別償却30%か税額控除7%	2027年3月31日までの取得

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消費税・インボイスはどこで間違えやすい？

食品の販売には消費税の軽減税率が関わり、販売先や販売形態によって税率を区分しなければなりません。売上は軽減税率8%が中心でも、仕入れや経費には8%と10%が混在するため、帳簿の段階で税率ごとに分けておくことが正確な申告の前提です。

取引	税率	ポイント
自社製品（食品）の販売	8%	酒類は軽減税率の対象外で10%
原材料（食品）の仕入れ	8%	調味料・原料など食品に当たるもの
包装資材・容器・ラベル、洗剤、電気代	10%	食品の製造に使うものでも、食品ではないため標準税率
受託加工の加工賃（原材料の支給を受けて加工する場合）	10%	加工は役務の提供のため、加工するのが食品でも軽減税率の対象外
原材料を自社で仕入れて製品として納めるOEM	8%	食品の販売に当たる
食品と食品以外を組み合わせた贈答セット	8%か10%	一体資産として別の判定ルールがあるため、商品設計の段階で確認する

簡易課税（基準期間の課税売上高5,000万円以下で選択可）を使う場合は、事業区分にも注意します。製造業は第3種（みなし仕入率70%）ですが、原材料の支給を受けて加工だけを請け負う賃加工は第4種（60%）です。他社から仕入れた商品をそのまま販売する部分は、事業者向けなら第1種（90%）、消費者向けなら第2種（80%）になるため、売上を事業の種類ごとに記録しておきます。

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仕入れ側では、インボイスを発行できない免税事業者の生産者（農家・漁業者など）からの仕入れに経過措置があり、控除できる割合は2026年9月30日までは80%、2026年10月1日〜2028年9月30日は70%、2028年10月1日からは50%に下がります。卸売市場や農協・漁協を通じた仕入れは、卸売業者や農協等が交付する書類で仕入税額控除を受けられる仕組みがあるため、仕入れルートごとに必要な書類を確認します。制度の全体像はインボイス制度の実務ガイドで整理しています。

食品製造業に強い税理士を見極めるポイント

候補の事務所と面談する際は、次の点を確認すると実力が見えやすくなります。

• 製造原価報告書の作成やチェックを任せられるか
• 原価計算や値決めの相談に具体的に答えられるか
• 軽減税率と簡易課税の事業区分を、会計ソフトの設定まで落とし込めるか
• 棚卸の評価ルールや、廃棄の記録の残し方を提案できるか
• 設備投資に関する税制や補助金に目配りがあるか
• 金融機関向けの決算説明まで支援できるか

たとえば「歩留まりロスは帳簿上どう扱えばよいですか」と質問してみてください。一般論しか返ってこないのか、自社の製造工程を聞き取ったうえで答えようとするのかで、姿勢の違いがはっきり出ます。

食品製造業を取り巻く制度や経営の動きは、食品製造業（食品工場・OEM）の経営に役立つ最新情報でもまとめています。

顧問料の考え方

顧問料は、年商規模・記帳代行の有無・訪問頻度・原価計算サポートの深さで変わります。たとえば年商1億円・従業員10名の工場で、記帳は社内担当が行い、税理士には月次チェックと決算・申告を任せる形にすれば、記帳をすべて任せる場合より月額を抑えられます。

依頼範囲の例	向いている会社	見積もりで確認すること
記帳は社内、月次チェックと決算・申告を依頼	経理担当者がいて、会計ソフトの入力に慣れている	原価計算と棚卸の確認が含まれるか
記帳から決算・申告まで依頼	経理担当者がいない、創業して間もない	資料の受け渡しの方法と締め日
製品別の採算分析・資金繰りの相談まで依頼	製品ごとの利益を見たい、設備投資や融資を控えている	面談の頻度と報告資料の形
給与計算・年末調整も依頼	パートが多く、勤務時間の集計が複雑	人数・締め日と、社会保険の手続きとの分担

金額の高い安いよりも「何をどこまでやってもらうか」をそろえて比較することが大切です。同じ月額でも、年1回しか会わない契約と、毎月原価の数字を一緒に見てくれる契約では価値がまったく違います。具体的な料金体系は事務所ごとに異なるため、前提条件とセットで確認しましょう。

当事務所は継続的な顧問契約で、月次の確認から決算・申告まで一貫して支援しており、決算や申告だけのスポットのご依頼はお受けしていません。料金の決まり方は料金・契約の流れでご確認いただけます。

税理士を切り替えるときの注意点

切り替えは決算をまたがないタイミングが原則です。決算直前に変えると、棚卸資産や原価データの引継ぎが間に合わず、決算の質が落ちるおそれがあります。法人の申告期限は事業年度終了の日の翌日から2か月のため、その期間に担当が変わらないよう逆算して進めます。

1. 現在の契約を確認する解約予告の条項と、契約が終わる時期を確認します。
2. 切り替えの時期を決める決算月と申告期限から逆算し、決算をまたがない時期を選びます。
3. 引継ぎ資料をそろえる総勘定元帳・固定資産台帳・原価計算資料に加え、過去の申告書、棚卸表、届出書の控えを新しい税理士へ渡せるよう準備します。
4. 会計データを移す勘定科目・補助科目に加え、製品別・工場別などの部門の設定を引き継ぎ、原価の集計方法が途切れないようにします。
5. 新しい体制で月次を確認する最初の月次の締めで、原価と在庫の数字が前の体制と連続しているかを確かめます。

• 青色申告の承認申請書の控え
• 消費税の簡易課税制度選択届出書など、消費税の届出書の控え
• インボイスの登録番号と登録日が分かる書類
• 棚卸資産の評価方法や減価償却方法の届出書の控え

見落としやすいポイント

契約前の面談では見えにくいものの、付き合いが始まってから差が出るポイントです。事務所を比べるときの物差しとして使ってください。

ポイント	なぜ大事か	確認すること
試作・新商品開発コストの扱い	通常の製造原価と混ざると、製品別の採算が狂う	試作の材料費や検査費用を分けて把握できているか。原価計算に強い事務所かを見分けるポイントの一つ
賞味期限・規格外品の評価方法の一貫性	評価方法を毎期変えると、利益の比較がしづらくなる	一度決めたルールを継続して使えているかを、税理士と一緒に確認する
繁忙期・決算期のレスポンス	出荷が集中する時期や決算月に、相談や試算表が遅れる	通常どおりの対応スピードを保ってもらえるか
補助金・税制優遇の情報提供の頻度	聞かないと情報が出てこない事務所もある	設備投資のたびに、税制優遇の情報が自動的に共有されるか
パートの賃金と社会保険	最低賃金の改定や社会保険の適用拡大が人件費に直結する	106万円の壁の賃金要件（月8.8万円）は2026年10月1日に撤廃済み。週20時間以上で、企業規模51人以上などの要件に当たる人の加入判定

補助金は、2026年10月時点で「新事業進出・ものづくり補助金」「中小企業省力化投資補助金」などが設備投資に関係します。補助金は採択されても入金は事業の完了後で、受け取った補助金は収益になるため、圧縮記帳（補助金で買った資産の取得価額を減らして課税を先に延ばす処理）の検討もセットです。公募の時期と要件は、最新の公募要領で確認してください。

よくある質問

まとめ

食品製造業の会計は、原価計算・棚卸・軽減税率が三大論点で、簡易課税の事業区分やインボイスの経過措置にも注意が必要です。税理士は業種特有の質問に具体的に答えられるかで見極め、顧問料は依頼範囲をそろえたうえで比較します。切り替えは決算をまたがない時期に、原価と在庫の資料を漏れなく引き継げるよう計画的に進めましょう。