クリニックの税務調査｜自費収入・未収金・家族給与など調査官が見る点

クリニックの税務調査で重点的に見られるのは、窓口現金と自由診療の収入、保険診療の未収金（期ズレ）、家族や非常勤医師への給与と経費の公私区分、医薬品の棚卸とMS法人との取引です。保険収入は請求データで裏付けやすいため、調査の焦点は院内の記録でしか確かめられない収入と支出に向かいます。

クリニックの税務調査で見られるポイントは？

「収入のほとんどは保険診療だから、見られる余地は少ない」と考える院長は少なくありません。実際はその逆で、保険収入は審査支払機関への請求データが残るぶん、調査官にとって確かめやすい数字です。調査の時間は、窓口の現金、自費の収入、決算をまたぐ未収金、家族や関連法人とのお金のやり取りといった、院内の記録でしか裏付けられない部分に向かいます。

論点	調査で見られること	日頃の備え
窓口現金・自由診療	予防接種・健診・文書料・自費メニューの収入が、予約台帳や電子カルテの記録どおり帳簿に載っているか	日計表・レジ・預金入金の毎日の照合
保険診療の未収金	決算月とその前月の診療分を、入金されるまで売上にしていないか	決算で請求額をもとに未収金を計上
医業外の収入	産業医・学校医の報酬、講演料、自販機の手数料などの申告漏れ	入金口座の一覧と、源泉徴収票・支払調書の控え
家族への給与	勤務の実態に見合う額か、届出や定期同額のルールを守っているか	出勤簿と担当業務の記録
非常勤医師への支払い	給与として源泉徴収しているか	契約書・勤務表・源泉徴収簿
経費の公私区分	学会出張に紛れた家族旅行、私的な飲食、車・自宅の按分	目的と参加者のメモ、按分の根拠
医薬品・ワクチンの在庫	期末の在庫まで全額その期の費用にしていないか	決算日の棚卸表
MS法人との取引	賃料・業務委託料が相場や業務の実態に見合うか	契約書と金額の算定根拠
医療機器・リース	取得価額・使い始めた日・リース料と帳簿の計上額が合っているか	固定資産台帳・納品書・リース契約書

どの論点も、日々の経理の記録で説明できるかどうかが分かれ目です。医療機関向けの制度改正や経営の情報は、医療・歯科クリニックの経営に役立つ情報にまとめています。

窓口現金と自由診療の収入はどう確かめられる？

調査で最も時間をかけて見られるのが、窓口で受け取る現金と自費の収入です。予防接種、健康診断、診断書などの文書料、自費のワクチン、美容系のメニューといった保険外の収入は、予約台帳、レセコン・電子カルテの会計データ、領収書の控えと、帳簿の売上が突き合わされます。

保険診療の窓口負担金も現金で受け取るため、照合の対象です。レセコンの日計表に出る一部負担金の合計と、レジの記録、預金への入金が一致しているかが確認されます。

予防接種・健診・文書料は請求先の記録とも照合される

自治体や企業から委託される予防接種・健康診断は、請求書の控えと入金の記録が相手方にも残ります。診断書や証明書の文書料は1件ごとの金額が小さく、まとめて現金で処理されがちなため、発行の記録と売上の件数が合っているかを見られます。

キャッシュレス決済・物販・院長個人の報酬

クレジットカードやQRコード決済で受け取った自費の収入は、決済手数料を差し引いて入金されます。入金額ではなく患者から受け取った総額を売上にし、手数料は費用として処理します。サプリメントや化粧品などの物販、自動販売機があれば、その売上や設置手数料も確認の対象です。

院長が受け取る産業医・学校医の報酬や講演料・原稿料も、見落とされやすい収入です。支払った側から税務署へ源泉徴収票や支払調書が提出されるため申告漏れは把握されやすく、契約の名義が医院か院長個人かによって所得の区分も変わります。

• 自費や文書料もレセコン・会計システムを通して会計し、手書きの領収書は控えを連番で保管する
• 窓口は毎日締め、日計表・レジの記録・現金の残高を一致させてから預金に入れる
• 釣銭の額を決めて売上と分け、現金の過不足は理由を記録する
• キャッシュレス決済は決済会社の明細を保存し、総額で売上に計上する
• 院長個人が受け取る報酬の入金口座と、源泉徴収票・支払調書の控えを一覧にしておく

保険診療の収入はいつ計上する？未収金と期ズレ

社保・国保からの診療報酬は、通常、診療した月のおよそ2か月後に入金されます。売上は診療した時点の収入なので、決算では入金前の診療分を未収金として計上します。入金された時だけ売上を記録していると、決算期をまたぐ約2か月分の収入がずれる「期ズレ」となり、調査で指摘される定番のポイントになります。

未収金は請求した金額で計上し、後日の査定による減額や返戻（レセプトの差し戻し）は、判明した時点で調整するのが一般的です。患者の窓口未収分も同じく未収金に計上し、回収できないものを貸倒れとして処理するときは、督促した記録を残しておきます。

一度正しい処理に直せば、毎期同じやり方で安定します。開業して間もない時期や患者数が伸びている時期ほど差額が大きくなるため、早めに整えておきたい論点です。

個人開業医は支払基金の源泉徴収にも注意

個人で開業している場合、社会保険診療報酬支払基金から支払われる診療報酬は所得税の源泉徴収の対象です。振り込まれた金額をそのまま売上にすると、源泉徴収された分だけ売上が少なくなり、確定申告での源泉徴収税額の控除も漏れます。売上は源泉徴収前の金額で計上し、源泉徴収税額は振込の明細で確認して申告に反映させます。

収入の区分で税金はどう変わる？消費税・事業税・概算経費の特例

クリニックの収入は、社会保険診療か、それ以外かで税金の扱いが変わります。区分の誤りは消費税・事業税・概算経費の特例の計算にそのまま響くため、調査では収入の内訳が正しく分かれているかも確認されます。

収入の種類	主な例	消費税	確認されやすい点
社会保険診療	保険診療の診療報酬と窓口負担金	非課税	未収金の計上、支払基金分の源泉徴収（個人）
労災・自賠責の診療	労災保険・自賠責保険による診療	非課税	概算経費の特例や事業税の計算で「社会保険診療」に含めていないか
自由診療	自費診療、美容系メニュー、自費のワクチン	課税	計上漏れ、課税売上高への算入
予防接種・健康診断	自治体・企業からの委託、人間ドック	課税	請求書の控え・入金記録との照合
文書料・物販など	診断書・証明書、サプリメント等の販売	課税	少額の現金収入の集計漏れ

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定し、非課税の保険診療の収入は含めません。自費や予防接種の収入が増えて課税事業者になると、保険診療の割合が高いクリニックでは仕入れにかかった消費税を全額は控除できず、課税売上に対応する部分を計算するため、仕入れの区分も確認されます。

簡易課税を選んでいる場合は、自由診療（第5種・みなし仕入率50%）と物販（第2種・80%）のように、事業区分ごとに売上を分けて記録しておきます。区分していない売上は、低い方のみなし仕入率で計算することになります。

概算経費の特例を使っている場合

個人開業医が、社会保険診療報酬の金額などの要件を満たして経費を概算で計算する特例（租税特別措置法第26条）を使っている場合は、特例の対象になる社会保険診療報酬の範囲と、それ以外の収入に対応する実際の経費の分け方が確認されます。労災・自賠責や自由診療の収入を特例の対象に含めていないか、自由診療の経費をどの基準で按分したかを説明できるようにしておきます。

家族への給与・非常勤医師・経費の公私区分で見られること

家族への給与は勤務の実態で裏付ける

配偶者が受付や経理を担うクリニックでは、給与の額が勤務の実態に見合っているかが見られます。個人開業なら青色事業専従者給与として、届出書に記載した金額の範囲内で、仕事の内容や時間に照らして相当な額であることが前提です。専従者は、その年を通じて6か月を超える期間、事業に専ら従事していることが要件で、配偶者控除や扶養控除の対象にはなりません。

医療法人で家族が理事などの役員になっている場合は役員給与として扱われ、期首から3か月以内に改定する定期同額のルールや、職務の内容に照らして過大でないかが確認されます。出勤簿やタイムカード、担当業務のメモがあると、説明は容易になります。専従者給与の届出など開業時に出す書類は、クリニックの開業時の税務手続きと届出一覧で確認できます。

非常勤医師・代診医への支払いは源泉徴収を確認

外来の応援や休診日の代診を頼む非常勤医師に日給などで支払う報酬は、医院の指示のもとで診療する勤務の実態から、給与として源泉徴収の対象になるのが一般的です。謝金や外注費として扱って源泉徴収をしていないと、源泉所得税の納付漏れとして、本税のほか不納付加算税や延滞税がかかります。契約書、勤務表、源泉徴収簿をそろえておきます。

学会出張・飲食・車は「事業との関係」を記録する

経費の面では、医師会や学会関連の支出に紛れた私的な飲食、家族旅行を兼ねた学会出張の費用などが定番の確認対象です。学会出張に家族を同伴した場合、院長本人の参加費・交通費・宿泊費は経費にできても、家族の分や観光の日程分は私的な費用として除きます。

医院の車を家庭でも使っているなら事業利用分の按分の根拠（走行の記録など）を、自宅で事務作業をしているなら面積や時間による按分の根拠を用意しておきます。「とりあえず経費」を積み重ねないことが、調査全体の印象を左右します。

医薬品の棚卸・MS法人・医療機器で見られること

ワクチン・医薬品・診療材料の期末在庫

ワクチンや医薬品、診療材料の在庫は、決算日時点の棚卸で資産に計上するのが原則です。仕入れた分を全額その期の費用にしていると、指摘の対象になります。院内処方のクリニックは医薬品の在庫が大きくなりやすく、インフルエンザワクチンのように秋から冬に仕入れが集中するものは、12月決算の個人開業医では年末に在庫が残りやすい点に注意します。

卸に返品できる契約であっても、決算日に手元にある分は在庫です。手袋やマスクのように毎期おおむね一定量を買って経常的に使う消耗品は、継続して購入時の費用とする扱いが認められていますが、決算前のまとめ買いはこの扱いになじまず、未使用分の計上を求められることがあります。

MS法人との取引は価格と業務の実態

メディカルサービス法人（MS法人：医療機関の関連業務を担う同族会社）を設けている場合は、賃料や業務委託料が世間相場と比べて適正かが重点的に見られます。不動産の賃料なら近隣の相場、受付・医療事務・清掃などの業務委託料なら、MS法人の職員が実際にその業務をしているか、委託料をどう算定したかが確認の対象です。

医薬品や診療材料をMS法人経由で仕入れている場合は、上乗せしている利幅の根拠も問われます。取引価格が実態とかけ離れていると、相場を超える部分が経費として認められないことがあります。契約書と金額の算定根拠、業務の記録を整えておくことが大切です。

医療機器は取得価額と使い始めた日

医療機器は、取得価額（本体価格に据付費などを含めた金額）と、実際に使い始めた日が確認されます。減価償却は事業に使い始めた日から始まるため、決算月に納品されても稼働が翌期なら、その期の償却費は計上できません。リース料は、契約書の期間・月額と帳簿の計上額が合っているかが見られます。

青色申告の中小事業者は、2026年4月1日以後に取得した40万円未満の資産を、年300万円まで取得した年に全額経費にできます（2029年3月31日までの取得。2026年3月31日までの取得は30万円未満）。通常セットで機能する機器を分割して1台ごとの金額を小さくしていないかも、確認されやすい点です。

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調査の連絡から終了までの流れと準備する資料

多くの調査は、税務署から電話などで事前通知があり、調査の開始日時・場所・対象となる税目と期間などが伝えられます。顧問税理士が税務代理権限証書を提出していれば、税理士を通じて連絡が来ることもあります。現金の取引が多い場合などは、事前の通知なしに調査が始まることもあります。

1. 事前通知を受ける日時・対象期間・税目を確認し、顧問税理士に連絡します。診療の予定と重なる場合は、理由を伝えれば日程の変更を相談できます。
2. 帳簿と院内の記録を点検する慌てて書類を作り直すのではなく、帳簿・日計表・レセプトの請求データ・棚卸表の対応関係を税理士と一緒に確認し、説明が必要な項目を整理します。
3. 臨場調査に対応する院長への事業の概況の聞き取りから始まり、帳簿や書類の確認へ進むのが一般的です。立会いや調査官とのやり取りは税理士に任せられます。
4. 追加資料の提出と質問への回答当日に確認しきれなかった資料の提出や、質問への回答を後日求められることがあります。
5. 調査結果の説明を受ける誤りがなければ「更正決定等をすべきと認められない旨の通知書」が届きます。誤りがあれば内容の説明を受け、修正申告を勧められます。
6. 修正申告・納付修正申告に応じるか、税務署の更正を受けるかを判断し、本税と加算税・延滞税を納めます。修正申告した内容は不服申立ての対象にならないため、納得できない指摘は根拠を確認してから判断します。

事前通知から調査日までの準備期間には、次の資料がすぐ出せる状態かを確認しておきます。帳簿は、法人・個人の青色申告者とも原則7年の保存が必要です。

• 総勘定元帳・現金出納帳・預金通帳、過去の申告書と決算書
• 窓口の日計表・レジの記録・自費の領収書の控え、予約台帳
• レセプトの請求データ、社保・国保からの振込の明細と増減点・返戻の記録
• 医薬品・ワクチン・診療材料の棚卸表と、卸の請求書・納品書
• 給与台帳・出勤簿・雇用契約書（家族・非常勤医師を含む）と源泉徴収簿
• MS法人との契約書・請求書・金額の算定資料、医療機器の固定資産台帳とリース契約書
• ネット通販の領収書など、電子取引で受け取ったデータ（2024年1月1日以後は電子データのまま保存）

決算書の数字を日頃から点検する項目は経理・決算セルフチェックに、税理士に立会いを頼む場合の進め方は税務調査の立会いを依頼してから完了までの流れにまとめています。

指摘を受けたらどうなる？加算税とさかのぼる期間

調査で申告の誤りが見つかると、不足していた本税のほかに加算税と延滞税がかかります。計上時期のずれや経費の判断の誤りなら過少申告加算税、自費収入の除外や架空の経費のように事実を隠したり装ったりした場合は重加算税の対象です。

種類	割合	かかる場面
過少申告加算税	原則10%（期限内申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%）	申告した税額が少なかった場合
重加算税	過少申告・不納付の場合35%、無申告の場合40%	売上の除外、架空の経費など隠蔽・仮装がある場合
延滞税	納付が遅れた日数に応じて計算	本税を法定納期限までに納めていない場合

調査でさかのぼれる期間は、原則として法定申告期限から5年です。偽りその他不正の行為がある場合は7年、法人税の欠損金額に係る更正は10年までさかのぼります。

事前通知を受ける前に自主的に修正申告すれば過少申告加算税はかからず、通知の後でも調査による更正を予知する前の修正申告なら軽減されます。また、優良な電子帳簿の要件を満たしてあらかじめ届け出ていれば、その帳簿に記録された事項の申告漏れについて過少申告加算税が5%軽減されます（隠蔽・仮装がある場合を除く）。誤りに気づいたら、調査を待たずに税理士へ相談するのが得策です。

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よくある質問

まとめ

クリニックの税務調査では、レセプトで裏付けられる保険収入よりも、窓口現金と自費の収入、決算をまたぐ未収金、家族・非常勤医師・MS法人との取引、医薬品の在庫が重点的に確かめられます。どれも日々の精算記録と契約書・算定根拠があれば説明できる論点です。調査の連絡が来たら書類を作り直すのではなく、帳簿と院内の記録の対応関係を税理士と一緒に点検してから臨みましょう。