住宅ローン控除（住宅借入金等特別控除）は、初年度は確定申告、2年目以降は年末調整で適用するのが基本の流れです。控除率は年末ローン残高の0.7％で、期間は新築等で最長13年となっています。
令和8年度税制改正では適用期限が5年延長され、令和8年1月～令和12年12月の入居まで対象になりました。本記事では制度の概要と申告スケジュール、必要書類を整理します。
この記事は、こんな方に役立ちます
- 決算・申告を控えて段取りを確認したい経営者
- 記帳や決算整理をどこまで自社でやるか迷っている方
- 申告期限と納税の流れを把握したい方
- 控除率は残高の0.7％、新築は最長13年・中古は10年
- 令和8年度改正で令和12年入居分まで5年延長
- 借入限度額は住宅性能と世帯区分で最大5,000万円。最新表を要確認
- 初年度は確定申告、2年目以降は年末調整でOK
- 繰上返済・転居の前には適用要件への影響をチェック
制度の基本：残高×0.7％を最長13年
住宅ローン控除は、年末のローン残高に0.7％を掛けた金額を所得税から直接差し引く「税額控除」です（引ききれない分は一定の範囲で住民税からも控除されます）。控除期間は新築・買取再販住宅が原則13年、中古住宅が10年です。
借入限度額は住宅の環境性能（認定住宅・ZEH水準・省エネ基準適合）と子育て・若者夫婦世帯かどうかで段階的に設定されており、最大で5,000万円です。詳細の区分は国土交通省の住宅ローン減税ページで確認できます。
なお、2024年以降に建築確認を受けた新築は、省エネ基準を満たさない場合は控除の対象外となる点に注意が必要です。
令和8年度改正：5年延長と見直し
令和8年度税制改正で、適用期限が令和12年（2030年）12月31日入居分まで5年延長されました。あわせて、新築の省エネ基準適合住宅の借入限度額の引下げや、床面積要件の見直しなども行われています。
入居年によって適用される限度額が変わるため、計画段階で最新の表を確認することをおすすめします。改正全体の流れは「2026年度税制改正そのほかの注目点」でも解説しています。
初年度：確定申告のスケジュールと必要書類
入居した年の翌年、2月16日から3月15日の確定申告期間に申告します（還付申告のみの場合は1月から提出可能です）。
主な必要書類は、登記事項証明書、売買・請負契約書、金融機関の年末残高証明書、性能を証す書類（住宅性能評価書等）などです。e-Taxであれば自宅から提出でき、還付も書面提出より早くなる傾向があります。
医療費控除など他の還付項目とまとめて申告すると効率的です（「医療費控除の解説」参照）。
2年目以降：年末調整で完結
給与所得者は、2年目以降、税務署から交付される「年末調整のための控除証明書」と金融機関の残高証明書を勤務先に提出することで、年末調整で控除を受けられます。個人事業主は毎年確定申告で適用します。
転居や繰上返済によって要件を満たさなくなるケース（例：残りの償還期間が10年未満になる繰上返済）もあるため、大きな返済の前には影響を確認しましょう。
見落としやすいポイント
- ペアローン・連帯債務は「それぞれ」申告／夫婦でペアローンを組んだ場合、控除はそれぞれの借入残高と持分に応じて別々に適用します。初年度の確定申告も2人分必要です。登記の持分割合と資金負担のバランスがずれていると贈与の論点が生じることもあるため、契約段階から整理しておきましょう。
- ふるさと納税のワンストップ特例が無効になる／初年度は確定申告を行うため、ワンストップ特例を申請していても効力がなくなります。寄附金控除も確定申告に含めて申告し直す必要がある点を忘れがちです。
- 転勤で住まなくなったとき／単身赴任で家族が住み続ける場合や、転勤後に再入居した場合には、控除を受けられる・再開できるケースがあります。住まなくなった事情と時期の記録を残し、要件を確認してから手続きしましょう。
- 中古住宅は要件確認を購入前に／中古の場合は建築時期や耐震性など適用要件の確認資料が必要になることがあります。契約後に「対象外だった」と気づかないよう、購入検討の段階で不動産会社と書類の有無を確認しておくのが安全です。
繰上返済・借換えの前に確認したいこと
本文で触れたとおり、繰上返済で償還期間の要件を下回ると控除が受けられなくなることがあります。一方、借換えの場合は、新しいローンが要件を満たせば控除を継続できる扱いがあります。金利負担の軽減額と控除への影響は方向が逆に働くこともあるため、実行前に「利息がいくら減り、控除がどう変わるか」を並べて試算してから判断するのがおすすめです。
実務ワンポイント｜書類は「入居年」から一式で保管
2年目以降の年末調整では、税務署から交付される控除用の申告書と金融機関の残高証明書を毎年使います。この書類一式を住宅関係のファイルにまとめ、契約書・登記事項証明書・性能関係の書類と一緒に保管しておくと、転職や借換えなど状況が変わったときにも対応が速くなります。書類を紛失した場合も再交付の手続きはありますが、時間がかかるため年末調整の時期より前に気づける体制にしておきましょう。
まとめ
住宅取得年の確定申告については、当事務所へお気軽にご相談ください。
決算前にそろえておく主な書類
- 売上・仕入の請求書と入金記録
- 預金通帳・借入金の返済予定表
- 請求書・領収書（経費）
- 固定資産の取得・売却の資料
- 棚卸表（在庫の数量と金額）
※本記事は2026年6月時点の法令・情報に基づく一般的な解説であり、個別の税務判断を保証するものではありません。実際の適用にあたっては税理士等の専門家にご相談ください。
出典・参考情報（公的機関）
本記事は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の税務判断・アドバイスを行うものではありません。税制・法令は改正される場合があります。実際の申告・手続の際は、上記の公的機関が公表する最新情報をご確認のうえ、税理士など専門家へご相談ください。