適格合併とは？要件・非適格との税額の違いと欠損金の引継ぎ制限

適格合併とは、法人税法の要件を満たす合併で、被合併法人の資産・負債を帳簿価額のまま引き継ぎ、含み益への課税を繰り延べられます。要件を外れた非適格合併では時価で譲渡したものとして課税されるため、合併の前に適格かどうかと、欠損金の引継ぎ制限を確認しておくことが欠かせません。

適格合併とは？非適格合併との違いを一覧で比較

合併は、被合併法人（消滅する会社）の資産・負債を、合併法人（存続する会社）がまとめて引き継ぐ組織再編です。法人税では原則として、被合併法人が資産・負債を時価で合併法人に譲渡したものとして扱います。そのうえで、法人税法の要件を満たす合併を「適格合併」とし、帳簿価額での引継ぎを認めて課税を繰り延べます。

項目	適格合併	非適格合併
資産・負債の引継ぎ	帳簿価額のまま引き継ぐ	時価で譲渡したものとして扱う
被合併法人の課税	譲渡損益は生じない（課税の繰延べ）	含み益・含み損が最後の事業年度の所得になる
合併法人の受入れ	帳簿価額で受け入れ、利益積立金も引き継ぐ	時価で受け入れる。対価との差額は資産調整勘定（税務上ののれん）などとして扱う
繰越欠損金	引き継げる（制限あり）	引き継げない
株主のみなし配当	生じない	生じることがある
株主の株式の譲渡損益	合併法人の株式だけを受け取れば生じない	株式だけを受け取れば生じない。金銭などを受け取ると生じる

適格合併は「税金がかからない合併」ではなく、含み益への課税を先送りする仕組みです。合併法人が引き継いだ土地を将来売却すれば、引き継いだ帳簿価額をもとに譲渡益が計算され、そのときに課税されます。

適格要件は？3つの類型と満たすべき条件

適格要件は、合併の当事者の関係に応じて、完全支配関係・支配関係・共同事業の3つの類型で段階的に定められています。当事者の資本関係が薄くなるほど、満たすべき要件が増えます。

要件	完全支配関係	支配関係	共同事業
当事者の関係	発行済株式の全部を直接・間接に保有する関係（親子・兄弟会社）	発行済株式の過半数を直接・間接に保有する関係	資本関係が薄い、またはない会社どうし
株式以外の資産を交付しない（対価要件）	必要	必要	必要
合併後も関係が続く見込み	同一の者が支配する兄弟会社の合併では必要	同一の者が支配する兄弟会社の合併では必要	―
従業者の引継ぎ	不要	必要	必要
主要な事業の継続	不要	必要	必要
事業の関連性	不要	不要	必要
事業の規模が近い、または特定役員の引継ぎ	不要	不要	必要
株式の継続保有	不要	不要	被合併法人に支配株主がいる場合に必要

従業者の引継ぎは、被合併法人の従業者の大部分（法令で定める割合以上）が合併後も合併法人の業務に従事する見込みであること、主要な事業の継続は、被合併法人の主な事業が合併後も合併法人で続けられる見込みであることを指します。いずれも「見込み」で判定するため、合併の時点の計画と、その後の実態が食い違わないように記録を残しておきます。

非適格だと税金はいくら？含み益のある土地での計算例

非適格合併では、被合併法人が資産を時価で譲渡したものとして、合併の日の前日までの最後の事業年度で含み益が課税されます。その税金を納めるのは、被合併法人の納税義務を引き継いだ合併法人です。

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要件を満たすかどうかで、合併のコストが数百万円単位で変わることがあります。反対に、含み損のある資産が多い会社では、非適格のほうが損失を計上できる面もあります。資産の含み損益を一覧にして、どちらになった場合の税額も事前に試算しておきます。

なお、完全支配関係にある会社どうしの非適格合併では、グループ法人税制により、一定の資産の譲渡損益が繰り延べられる場合があります。グループ内の取引全般のルールはグループ法人税制の解説で確認できます。

適格合併でも欠損金を使えない？引継ぎ制限と判定の順番

適格合併では、被合併法人の繰越欠損金を合併法人が引き継げます。ただし、支配関係ができてからの期間が短い場合などは、引継ぎや使用が制限されます。「赤字会社を買って欠損金だけ使う」ような組織再編を防ぐためのルールです。

制限	内容	制限を受けない主な場合
被合併法人の欠損金の引継ぎ制限	支配関係が生じる前の事業年度の欠損金や、支配関係の後でも含み損の実現に由来する欠損金は引き継げない	一定期間より前から支配関係が続いている、設立のときから支配関係が続いている、みなし共同事業要件を満たす
合併法人自身の欠損金の使用制限	合併法人がもともと持っていた欠損金にも、同様の制限がかかる	同上
含み損の利用制限（特定資産譲渡等損失）	支配関係の前から持っていた資産の含み損を、合併後の一定期間に実現させても、損金にならない部分がある	同上

見落としやすいのは、制限が被合併法人の欠損金だけでなく、合併法人の欠損金や含み損にも及ぶ点です。判定は次の順番で進めると整理しやすくなります。

1. 支配関係の有無と発生時期を確かめる株主名簿や過去の株式の移動の記録から、いつ支配関係が生じたかを確認します。法令で定める期間より前から続いていれば、制限はかかりません。
2. 設立のときから支配関係が続いているかを見るグループ内で設立した会社は、設立のときから支配関係が続いていれば、原則として制限の対象外です（例外があります）。
3. みなし共同事業要件を検討する事業の関連性、事業の規模、特定役員の引継ぎなどの要件を満たせば、制限を受けません。
4. 時価純資産による特例を検討する支配関係が生じた時点の含み益の状況によって、引き継げる欠損金の範囲が広がる場合があります。
5. 使える金額と時期を試算する繰越期間（10年。2018年4月1日より前に開始した事業年度の分は9年）と控除の上限（中小法人等は所得の全額、それ以外は所得の50%）を当てはめ、何年でいくら使えるかを計算します。

株主・消費税・登記で見落としやすい論点は？

合併は会社の法人税だけの話ではありません。検討の初期に、次の論点もあわせて確認しておきます。

論点	確認すること
株主側の課税	非適格合併でみなし配当が生じる場合や、株主が金銭などを受け取る場合は、被合併法人の株主に課税が生じる。オーナー個人の税負担まで含めて全体を設計する
消費税	合併による資産の移転は包括的な承継のため、消費税の課税対象外（不課税）。合併法人の納税義務の判定では、被合併法人の課税売上高も考慮する特例がある
インボイス	被合併法人の登録番号は合併後に使えない。合併法人が適格請求書発行事業者の登録を受けているかを確認する
合併期日と事業年度	被合併法人は、事業年度開始の日から合併の日の前日までが最後の事業年度になり、その申告は合併法人が行う。期日によって申告の回数や時期が変わる
登記・不動産の費用	課税が繰り延べられる場合でも、合併の登記や不動産の所有権移転登記には登録免許税がかかる（不動産の移転は売買より低い税率）。合併による不動産の取得には不動産取得税がかからない
許認可の承継	業種によっては合併で許認可を引き継げず、再取得や事前の認可・届出が必要になる。建設業や運送業などは、税務と並行して所管の窓口に確認する

インボイスの登録や消費税の届出の基本は、消費税インボイス制度の基本で整理しています。取引先に請求書を出す会社どうしの合併では、効力発生日以後の請求書の発行者と登録番号を、取引先に早めに知らせておきます。

合併の検討はどう進める？初期にそろえる資料と手順

合併は税務だけでなく、登記・契約・許認可・雇用の論点が絡むため、効力発生日から逆算してスケジュールを組むのが一般的です。検討の初期には、次の資料をそろえるところから始めると議論が具体的になります。

• グループ全体の株主構成図（過去の株式の移動の経緯と時期を含む）
• 各社の直近の貸借対照表と、資産の含み損益の一覧
• 繰越欠損金の発生年度別の一覧
• 主要な契約・許認可・従業員の雇用条件の一覧

特に株式の持ち分の関係と取得の時期は、適格要件と欠損金の制限の判定に直結します。そのうえで、一般的には次の流れで進めます。

1. 目的と方式の整理合併・事業譲渡・会社分割などから、目的に合う方式を選びます。受皿会社を新たに作る場合は、会社設立の基礎知識も確認しておきます。
2. 税務の判定と試算適格要件、欠損金・含み損の制限、株主の課税、消費税を確認し、適格・非適格それぞれの税額を試算します。
3. 合併契約と株主総会合併契約を結び、原則として各社の株主総会の特別決議で承認します（簡易合併・略式合併の例外があります）。総会の基本は株主総会の基本と進め方で確認できます。
4. 債権者保護手続官報への公告と、知れている債権者への個別の催告を行い、異議を述べられる期間を設けます。
5. 効力発生と登記合併契約で定めた効力発生日に合併の効力が生じ、その後に合併の登記を申請します。
6. 届出と申告税務署・自治体へ異動の届出を出し、被合併法人の最後の事業年度の申告を期限までに済ませます。

札幌市内の会社が合併するときの届出先と地方税は？

合併後の届出は、合併法人の本店所在地を管轄する税務署と、北海道・札幌市の地方税の窓口に行います。札幌市内の税務署は区ごとに管轄が分かれているため、被合併法人と合併法人で所轄署が異なることもあります。

項目	札幌での取扱い（2026年10月時点）
税務署の管轄	札幌中（中央区の一部）、札幌北（北区・東区・石狩市・石狩郡）、札幌南（豊平区・南区・清田区・千歳市・恵庭市・北広島市）、札幌西（中央区の一部・西区・手稲区）、札幌東（白石区・厚別区・江別市）。中央区は、おおむね西10丁目以東が札幌中、大通西11丁目以西や円山・宮の森などが札幌西
書面の提出先	2026年7月10日から、5署の内部事務は札幌業務センターに集約。書面は〒060-8510 札幌市中央区大通西10丁目 札幌第2合同庁舎の同センターへ郵送し、e-Taxや窓口への持参は所轄署
法人市民税の均等割	資本金等の額と従業者数で決まる。従業者50人以下の場合、資本金等1,000万円以下は年5万円、1,000万円超1億円以下は年13万円。合併で資本金等の額が増えると区分が上がることがある
法人税割の税率	資本金1億円以下かつ法人税額1,000万円以下の法人は、法人道民税1.0%・法人市民税6.0%（それ以外は1.8%・8.2%）。合併後の規模で適用される税率が変わることがある
不動産取得税（北海道）	合併による不動産の取得にはかからない

被合併法人の法人住民税・事業税は、最後の事業年度の申告で精算します。合併法人の側では、資本金等の額や事業所の数が変わるため、均等割の区分と申告先を合併の前に確認しておくと、初年度の申告で慌てずに済みます。

よくある質問

まとめ

適格合併は、資産・負債を帳簿価額のまま引き継いで含み益への課税を繰り延べる仕組みで、要件は完全支配関係・支配関係・共同事業の3つの類型ごとに定められています。非適格になると含み益に課税され、株主にもみなし配当などの課税が及ぶことがあります。適格でも欠損金や含み損の利用には制限があるため、株主構成図・含み損益・欠損金の一覧をそろえ、基本合意の前に検討を始めましょう。