年末調整の代行でよくある失敗7つと防ぎ方【令和8年分の改正対応】

年末調整の代行でよくある失敗は、依頼範囲の思い違い、従業員からの資料回収の遅れ、令和8年分の改正の取り違えの3つにほぼ集約されます。いずれも「誰が・何を・いつまでに」を契約前に決め、源泉徴収票などの提出期限から逆算して段取りを組めば防げます。

年末調整の代行で起きやすい失敗は？原因と防ぎ方の一覧

年末調整は、1年間の給与と源泉徴収税額を確定させ、納めすぎや不足を精算する手続です。税額の計算だけでなく、従業員への源泉徴収票の交付、税務署への法定調書合計表の提出、市区町村への給与支払報告書の提出までがひと続きの作業になります。代行を使う場合の失敗は、次の7つに整理できます。

よくある失敗	主な原因	防ぎ方
1. 計算だけの契約なのに、書類の提出まで任せたつもりでいた	依頼の範囲を口頭で決めた	作業ごとの担当を一覧にし、契約書や依頼書に残す
2. 前職の源泉徴収票や控除証明書がそろわず、計算をやり直した	社内の回収締切が代行先の締切と同じだった	社内締切を1〜2週間前倒しにし、催促の担当を決める
3. 結婚・出産・配偶者の収入増・転居が反映されなかった	変化の申告を本人任せにした	案内文に具体例つきの確認欄を設ける
4. 改正前の要件で扶養を判定した	前年の様式や説明資料を使い回した	令和8年分の要件（合計所得62万円以下など）で確認する
5. 対象外の人まで計算した／中途入社者の前職分を合算しなかった	対象者の洗い出し不足	乙欄の人・退職者・中途入社者を一覧にする
6. 法定調書や給与支払報告書の期限・提出方法を誤った	期限が休日にかかる年や、e-Taxの義務を見落とした	年分ごとの期限と提出方法を代行先と確認する
7. マイナンバーを暗号化せずにメールで送った	受け渡しの方法を決めていなかった	受け渡し・保管・廃棄のルールを契約時に決める

このうち1〜3は毎年起こりうる段取りの失敗、4は令和8年分に特有の失敗、5〜7は対象者や提出のルールを知っていれば防げる失敗です。以下、順に具体的な防ぎ方を見ていきます。

代行にどこまで任せられる？会社に残る作業と契約前の確認

最も多いのは、計算だけの契約なのに書類の提出まで任せたつもりでいた、という失敗です。逆に代行先が「一式お任せください」と説明していても、従業員への案内や給与での精算など、会社にしかできない作業は残ります。作業ごとに担当を分けると、次のようになります。

作業	担当の例	決めておくこと
申告書の配布・回収	会社	案内文を代行先が用意するか、社内の回収締切はいつか
記載内容の確認と不備の問い合わせ	代行先（従業員への連絡は会社）	問い合わせの窓口を誰にするか
年税額と過不足額の計算	代行先	給与データの受け渡し方法と締切
過不足の精算（12月か1月の給与で還付・徴収）	会社（給与計算の担当）	精算する給与の月と、計算結果の連携方法
源泉所得税の納付	会社	毎月納付か、納期の特例（年2回）か
源泉徴収票の作成と本人への交付	作成は代行先、交付は会社が多い	書面で渡すか、電子データで渡すか
法定調書合計表の提出（税務署）	代行先	e-Taxで代理送信するか
給与支払報告書の提出（市区町村）	代行先	提出先の市区町村の数と提出方法
翌年分の扶養控除等申告書の回収と給与ソフトの更新	会社	1月の給与から新しい税額表になっているか

税額の計算を伴う年末調整の代行は、税理士の業務とされています。給与計算を社会保険労務士事務所や代行会社に任せている場合は、年末調整の計算と税務書類の作成を誰が担うのか、給与データを誰から誰へ渡すのかを、契約時に書面で確認しておきます。

契約前に確認しておきたいこと

• 対象となる人数（役員・パート・年の途中の入社者と退職者を含む）
• 資料の受け渡し方法と、代行先が受け取る締切日
• 源泉徴収票・法定調書合計表・給与支払報告書の作成と提出を含むか
• 従業員からの質問に誰が答えるか
• 年末調整の後に扶養の変更などが分かったときの対応と、追加費用の有無
• マイナンバーなど個人情報の受け渡し・保管・廃棄の方法

マイナンバーと個人情報の受け渡し

年末調整では、従業員と家族のマイナンバー、家族の所得、保険の契約内容など、機微な情報をまとめて扱います。マイナンバーを扱う事務を外部に委託した会社には、委託先を適切に監督する責任があります。暗号化しないままメールで送る、共有フォルダに置いたままにする、といった運用は避け、受け渡しと保管・廃棄のルールを決めておきます。給与や家族の情報を生成AIで扱う場合の注意点は、顧客データを生成AIに入れる前に確認したいことで整理しています。

資料の回収が遅れる・漏れるのを防ぐには？前職の源泉徴収票と年の途中の変化

扶養控除等申告書、保険料控除の証明書、中途入社者の前職の源泉徴収票。どれか1枚欠けるだけで、計算のやり直しになります。従業員8人の会社でも、申告書と証明書を合わせると書類は数十枚になるため、回収の段取りが年末調整全体の進み具合を左右します。

前職の源泉徴収票は最初に頼んでもらう

年の途中で入社した人は、前の勤務先の給与と源泉徴収税額を合算して年末調整をします。前職の源泉徴収票は、本人が前の勤務先に依頼してから届くまでに時間がかかりがちです。入社の時点か、書類を配る初日に依頼してもらいます。そろわなかった場合は前職分を合算できないため、その人は年末調整をせず、本人が確定申告で精算することになります。

年の途中の変化は具体例を示して確認する

結婚や出産、配偶者の収入の変化、引っ越しなどは、本人が申告しないと反映されません。住民税は翌年1月1日に住んでいる市区町村が課税するため、住所の変更は給与支払報告書の提出先にも影響します。案内文に次のような具体例を並べ、「この1年で当てはまるものはありませんか」と確認すると、申告漏れが減ります。

• 結婚・離婚、子の出生
• 配偶者の就職・退職、パート収入の増加
• 大学生年代（19〜22歳）の子のアルバイト収入
• 同居していた親の別居や施設への入所
• 引っ越し（翌年1月1日に住む市区町村）
• 生命保険・地震保険の新規加入や解約
• 住宅の取得（住宅ローン控除は1年目だけ本人の確定申告が必要）

社内の回収ルールを決めておく

社内の回収締切は、代行先へ渡す期限より1〜2週間前倒しに設定します。案内の窓口は1人に絞り、複数の部署からばらばらに連絡しないようにします。期限を過ぎても提出がない人への催促を、誰がいつ行うかもあらかじめ決めておきます。

保険料控除の証明書を電子データで受け取る従業員と、紙で出す従業員が混在すると、回収状況が見えにくくなります。受け取り方法と提出先のフォルダなどをそろえておくと、管理が楽になります。

令和8年分の改正で間違えやすいポイントは？

令和8年度税制改正により、令和8年分の年末調整では基礎控除、給与所得控除の最低保障額、扶養親族などの所得要件、生命保険料控除の一部が変わります。改正法の施行は2026年12月1日で、令和8年分の所得から適用されます。前年の説明資料や様式を使い回すと、改正前の基準で判定する失敗につながります。

項目	令和8年分の取扱い	よくある誤り
基礎控除	合計所得金額489万円以下（給与収入のみなら665万5,556円以下）は104万円、655万円以下は67万円、2,350万円以下は62万円などの段階制	所得にかかわらず一律104万円と考える
給与所得控除	給与収入220万円以下は74万円（本則69万円と特例5万円の合計）	改正前の最低保障額65万円で計算する
扶養親族・控除対象配偶者の所得要件	合計所得金額62万円以下（給与収入のみなら136万円以下）	改正前の58万円以下（給与収入123万円以下）で判定する
特定親族特別控除（19〜22歳の親族）	合計所得金額62万円超123万円以下（給与収入のみなら197万円以下）が対象	扶養控除から外れたら控除はないと考える
生命保険料控除	23歳未満の扶養親族がいる場合、新契約の一般生命保険料控除の上限が4万円から6万円に（合計の上限12万円は同じ）	改正前の上限で計算する

無料
ツール基礎控除の額を年分別に確認する合計所得金額を入れると、令和7年分から令和10年分までの基礎控除の額を年分ごとに確認できます。計算する

基礎控除の引上げで手取りや年末調整がどう変わるかは、基礎控除の引上げと課税最低限178万円の解説で詳しく説明しています。

毎月の源泉徴収は改正前の税額表のまま

令和8年中に支払う毎月の給与の源泉徴収は、改正前の税額表のまま計算し、改正による差額は12月の年末調整でまとめて精算します。改正に合わせて毎月の天引き額を変える必要はありません。令和9年分の源泉徴収税額表は、2027年1月1日以後に支払う給与から使います。

2026年11月30日以前に最後の給与を受けて退職した人などは、改正後の控除額との差を本人の確定申告などで精算します。年末調整の対象者を洗い出すときに、こうした退職者を含めないよう注意します。

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ツール年末調整の過不足を計算する年間の給与と源泉徴収税額、控除の額から、還付か追加徴収かの目安を計算できます。計算する

年末調整の対象外の人・中途入退社・やり直しはどう扱う？

年末調整は、扶養控除等申告書を提出している人について、その年の最後の給与を支払うときに行います。対象者の洗い出しを誤ると、本来は本人の確定申告で精算すべき人を計算に含めたり、年末調整すべき人を漏らしたりします。

区分	年末調整	注意点
扶養控除等申告書を提出している役員・社員・パート	対象	年の途中で入社した人は前職分を合算する
他の勤務先に扶養控除等申告書を出している人（乙欄の人）	対象外	2か所以上から給与を受けている人は、本人が確定申告をする場合がある
年の途中で退職した人	原則として対象外	一定の場合を除き、本人が確定申告などで精算する
給与の年収が一定額を超える人	対象外	本人が確定申告をする
住宅ローン控除を受ける人	2年目からは対象	1年目は本人が確定申告をする

年末調整の後に扶養の変更が分かったら

年末調整の後に扶養親族の異動などが分かった場合、源泉徴収票の提出期限（原則として翌年1月31日）までであれば、年末調整をやり直す（再調整する）取扱いがあります。それ以降に分かった分は、本人の確定申告などで精算するのが基本です。いつまでに届いた情報なら反映できるか、やり直しに追加の費用がかかるかを、代行先と事前にすり合わせておきます。

提出期限と提出先は？令和8年分のスケジュール

源泉徴収票の交付、法定調書合計表と給与支払報告書の提出は、原則として翌年1月31日が期限です。期限が土曜・日曜・祝日に当たるときは翌平日になるため、令和8年分は2027年2月1日（月）が期限です。源泉所得税の納付期限（原則は翌月10日）も、休日の関係で年ごとに日付が動きます。

手続き	相手・提出先	令和8年分の期限	注意点
12月分の源泉所得税の納付	金融機関・e-Tax	2027年1月12日（火）。納期の特例は2027年1月20日（水）	納期の特例は7〜12月分をまとめて納付する
源泉徴収票の交付	従業員本人	2027年2月1日（月）	税務署・市区町村への提出とは別に、本人への交付が必要
法定調書合計表	税務署	2027年2月1日（月）	前々年の提出枚数が30枚以上の法定調書は、e-Taxなどで提出する
給与支払報告書	従業員が翌年1月1日に住む市区町村	2027年2月1日（月）	2027年1月1日以後は、提出すれば源泉徴収票を税務署に提出したものとみなされる
退職所得の源泉徴収票	税務署	法定調書合計表とあわせて提出	2026年1月1日以後に支払った退職手当は、居住者全員の分が提出の対象

年末調整で還付が多く出た月は、納付する源泉所得税が少なくなるか、翌月以降の納付額から差し引いて調整します。納付が遅れたり不足したりすると、不納付加算税や延滞税がかかる場合があるため、精算の結果を給与計算と納付の担当者に早めに共有します。

失敗を防ぐ段取りは？逆算スケジュールと社内の役割分担

提出期限は動かせないため、段取りはそこからの逆算になります。令和8年分の場合の流れは次のとおりです。11月の回収をどれだけ前倒しできるかが、年末調整の代行がうまくいくかどうかをほぼ決めます。

1. 10月：範囲と締切を決める対象人数、資料の受け渡し方法、源泉徴収票・法定調書・給与支払報告書を含むかを代行先と書面で確認します。
2. 11月上旬：書類を配る令和8年分の申告書に加え、令和9年分の扶養控除等申告書も同時に配ります。案内文には年の途中の変化の具体例を載せます。
3. 11月末：社内の回収締切証明書類と前職の源泉徴収票の回収を締め切り、未提出の人に催促します。
4. 12月：計算と精算最後の給与（または賞与）で年税額を計算し、過不足を12月か1月の給与で精算します。
5. 2027年1月：納付と税額表の切替え12月分の源泉所得税を1月12日（納期の特例は1月20日）までに納め、1月の給与から令和9年分の税額表で計算します。
6. 2027年2月1日まで：交付と提出源泉徴収票を本人に交付し、法定調書合計表と給与支払報告書を提出します。

初めて代行を依頼する年は、例年より余裕を持った日程を組み、回収状況を途中で一度確認する機会を設けます。担当者が1人で抱え込まず、進捗を共有できる状態にしておくことも大切です。つまずいた点を簡単なメモに残しておくと、翌年の日程や代行先への依頼内容の見直しに役立ちます。依頼から完了までの具体的な進み方は、年末調整の代行を依頼してから完了するまでの流れで説明しています。

よくある質問

まとめ

年末調整の代行の失敗は、依頼範囲のあいまいさ、資料回収の遅れ、改正の取り違えから起こります。作業ごとの担当を書面に残し、社内の回収締切を前倒しにして、令和8年分の要件で判定すれば多くは防げます。期限は令和8年分なら2027年2月1日（月）なので、11月の回収から逆算して進めましょう。