不動産賃貸オーナーのインボイス登録は必要?住宅・店舗・駐車場別の判断

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不動産賃貸オーナーのインボイス登録は、収入の中身と借主の顔ぶれで決まります。住宅家賃だけなら非課税のため原則不要です。事務所・店舗の家賃や駐車場収入があり、借主が本則課税の事業者なら登録を求められやすく、2026年10月からの経過措置70%と自分の納税額を比べて判断します。

執筆:ジェイスタート会計事務所 編集部(札幌の公認会計士・税理士事務所)2026年10月時点の法令に基づき作成

この記事の結論

住宅家賃だけのオーナーは、非課税のためインボイス登録は原則不要です。事務所・店舗・駐車場などの課税収入があり、借主が本則課税の事業者なら、免税のままにした場合の借主の負担増と、登録した場合の自分の納税額を比べて決めます。

  • 住宅の家賃や土地の地代は非課税。事務所・店舗の家賃、設備のある駐車場、自販機・アンテナの設置料は課税
  • オーナーが免税のままだと、本則課税の借主は2026年10月1日〜2028年9月30日の家賃について、消費税相当額の70%しか控除できない
  • 個人オーナーが登録した場合、令和8年分までは2割特例、令和9・10年分は3割特例で納税額を抑えられる
  • 簡易課税では不動産業は第6種(みなし仕入率40%)。課税事業者の間に建物を売却すると、建物代金にも消費税がかかる
目次

家賃の消費税は物件の用途で決まる:収入ごとの課税・非課税

消費税では、居住用の住宅家賃は非課税、事務所・店舗・倉庫など事業用の家賃は課税と、用途で扱いが分かれます。住宅かどうかは、契約書で居住用とされているか、契約書に記載がなくても貸付けの状況から居住用であることが明らかかで判断します。

インボイスは消費税の仕組みなので、非課税の住宅家賃には関係しません。関係するのは、課税となる事業用の賃料や駐車場代などです。主な収入を整理すると次のとおりです。

収入の種類消費税インボイスとの関係・補足
住宅の家賃・共益費・礼金・更新料非課税関係しない。旅館業に当たる貸付けや、ごく短期の貸付けは課税になる場合がある
法人が社宅として借りる住宅の家賃非課税(従業員の住居として使う場合)関係しない
事務所・店舗・倉庫の家賃、共益費、礼金・更新料課税借主から求められる可能性がある
敷金・保証金(退去時に返すもの)対象外(不課税)関係しない。返さない部分は、住宅なら非課税、事業用なら課税
駐車場(舗装・区画・フェンスなどの設備あり)課税借主が事業者なら論点になる
住宅の家賃に含めて1戸ごとに割り当てる駐車場非課税(住宅家賃の一部)家賃と別に駐車場代を受け取る場合は、駐車場の貸付けとして判定する
区画も設備もない更地の駐車場、土地の地代非課税(土地の貸付け)関係しない。舗装や区画などの設備があれば課税
自販機・アンテナ・看板の設置料課税相手と金額によって検討する
建物の売却代金(土地部分は非課税)課税売却時に課税事業者なら申告の対象になる
不動産賃貸の主な収入と消費税(2026年10月時点の一般的な取扱い)

家賃収入が多くても免税事業者のことがある

消費税の納税義務は、基準期間(個人は前々年、法人は原則として前々事業年度)の課税売上高が1,000万円以下なら、原則として免除されます。非課税の住宅家賃は課税売上高に含めないため、家賃収入の合計が大きくても、課税売上が店舗や駐車場の分だけなら免税事業者のままのことがあります。

ただし、特定期間(個人は前年1〜6月)の課税売上高が1,000万円を超えると課税事業者になります(給与等の支払額で判定することもできます)。

登録を求められるのはどんな借主?

借主が本則課税(売上の消費税から仕入れの消費税を実額で差し引く方法)で申告している場合、支払った家賃の消費税を差し引くには、オーナーが交付するインボイスの保存が必要です。オーナーが免税事業者のままだと借主の税負担が増えるため、家賃の見直し交渉や移転検討の材料にされることがあります。

一方、借主が簡易課税や2割特例・3割特例を使っている場合は、売上の消費税から控除額を計算するため、インボイスがなくても借主の控除額は変わりません。借主のタイプごとの影響は次のとおりです。

借主のタイプインボイスの必要性オーナーへの影響
本則課税の法人・個人事業者(事務所・店舗の一般的なテナント)高い免税のままだと借主の控除が減り、家賃交渉の材料になりやすい
簡易課税・2割特例・3割特例の事業者低い借主の控除額は売上から計算するため、影響は小さい
免税事業者、住居として借りる個人不要影響しない
保険診療が中心の医療機関など、非課税売上が多い事業者低い場合がある控除できる割合がもともと小さいため、影響は限られる
借主のタイプ別に見たインボイスの必要性(借主の申告方法は将来変わることがあります)

借主の申告方法はオーナーからは見えません。登録を依頼されたら、管理会社を通じて「どの方法で申告しているか」「免税のままだと何が困るか」を確認すると、判断の材料がそろいます。制度の全体像はインボイス制度の実務ガイドで整理しています。

免税のままだと借主の負担はいくら増える?経過措置70%の計算

免税事業者からの仕入れでも、一定割合の控除を認める経過措置があります。割合は段階的に下がり、2026年10月1日から2028年9月30日までは70%です。どの割合を使うかは、課税仕入れを行った日で判定します。

課税仕入れを行った日借主が控除できる割合
2026年9月30日まで80%
2026年10月1日〜2028年9月30日70%
2028年10月1日〜2030年9月30日50%
2030年10月1日〜2031年9月30日30%
2031年10月1日以後控除できない
免税事業者等からの仕入れに係る経過措置(令和8年度税制改正後)

「2026年10月から50%」は改正前の情報

改正前は、2026年10月から控除割合が50%に下がる予定でした。令和8年度税制改正で70%の段階が設けられたため、古い情報をもとに家賃交渉の金額を決めないよう注意します。

計算例:店舗を年330万円(税込)で貸している免税のオーナー

例えば、本則課税の法人に店舗を年330万円(税込)で貸している場合です。借主から見た消費税相当額は、330万円×10/110=30万円です。

  • 2026年10月1日〜2028年9月30日(70%):控除できるのは30万円×70%=21万円、控除できない額は30万円−21万円=9万円
  • 2028年10月1日〜2030年9月30日(50%):控除できるのは30万円×50%=15万円、控除できない額も15万円
  • 2031年10月1日以後:30万円の全額が控除できない

借主から見ると、年9万円の負担増が段階的に年30万円まで広がります。家賃の見直しを求められたときは、この金額が話し合いの目安になります。

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インボイスの経過措置で控除できる額を計算する免税事業者に支払う家賃などについて、時期ごとに控除できる消費税額を試算できます。計算する

登録した場合の納税額は?2割特例・3割特例・簡易課税で比べる

登録すると課税事業者になり、毎年消費税の申告が必要になります。申告・納付の期限は、個人が翌年3月31日、法人が課税期間の末日の翌日から2か月以内です。納める税額は、計算方法によって大きく変わります。

計算方法納付税額の考え方使える期間・条件
本則課税売上の消費税−仕入れの消費税(実額)住宅と共用の費用は控除が限られる。一定額以上の居住用賃貸建物の取得にかかる消費税は控除できない
簡易課税売上の消費税×(1−みなし仕入率)。不動産業は第6種で40%基準期間の課税売上高5,000万円以下。適用したい課税期間の初日の前日までに届出、2年継続
2割特例売上の消費税×20%登録しなければ免税事業者になる人。個人は令和8年分まで、法人は2026年9月30日を含む課税期間まで
3割特例売上の消費税×30%個人事業者のみ、令和9年分と令和10年分。事前の届出は不要
消費税の計算方法の比較(2026年10月時点の法令に基づく)

計算例:店舗家賃を年330万円(税込)受け取る個人オーナーが登録した場合

例えば、住宅家賃のほかに、店舗の家賃を年330万円(税込)受け取っている個人オーナーの場合です。住宅家賃は非課税なので、売上の消費税は店舗分の30万円だけです(地方消費税を含む概算)。

  • 2割特例(令和8年分まで):30万円×20%=6万円
  • 3割特例(令和9・10年分):30万円×30%=9万円
  • 簡易課税(第6種):30万円×60%=18万円

70%の経過措置が続く間は、3割特例で納める税額(年9万円)と、免税のままにした場合の借主の負担増(年9万円)がほぼ同じ水準です。3割特例が終わる令和11年分以後は簡易課税で年18万円の納税になる一方、借主の負担増も年15万円から段階的に年30万円へ広がります。

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簡易課税・本則課税・2割特例を比べる売上と仕入れの消費税を入れると、計算方法ごとの納税額を並べて比較できます。計算する

3割特例は、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える年や、建物など高額な資産を取得して一定の制限を受ける年などは使えません。対象や使えない場合は2割特例終了後の3割特例の解説で詳しく整理しています。

特例の後に簡易課税へ移る場合は、特例を使った課税期間の翌課税期間の確定申告期限までに届出を出せば間に合います。例えば、令和10年分に3割特例を使い、令和11年分から簡易課税にするなら、届出の期限は2030年4月1日です。

法人オーナー(資産管理会社)は2割特例の終わりが早い

法人には3割特例がありません。2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わり、例えば3月決算法人は2027年3月期が最後です。その後は簡易課税か本則課税で計算するため、法人で登録している場合は、簡易課税の届出が必要かどうかを早めに検討します。法人化そのものの判断は不動産オーナーの法人化の判断の目安をご覧ください。

登録するかどうかの判断軸と確認リスト

判断の軸は三つです。第一に課税売上の金額と収入全体に占める割合、第二に借主の属性、第三に登録した場合の納税額と事務負担です。これに、将来の建物の売却や大規模修繕の予定を加えて考えます。

具体例:住宅8室と1階に店舗2区画を持つオーナー

収入の大半が非課税の住宅家賃で、課税売上は店舗2区画の家賃だけという構成です。登録した場合も、納める消費税は店舗分だけで計算されます。

  • 店舗の借主がともに本則課税の法人:免税のままだと家賃の見直しを求められやすい。3割特例などで納税額を試算し、登録を前向きに検討する
  • 店舗の借主がともに簡易課税の個人事業者:インボイスがなくても借主の控除は変わらないため、登録を急ぐ必要は小さい
  • 借主の申告方法が区画ごとに違う:登録の効果は借主ごとに違うため、家賃の条件見直しも含めて比べる

住宅部分の修繕費などにかかる消費税は、本則課税でも控除が限られます。登録で取り戻せる消費税にはあまり期待せず、納税額と借主との関係で判断するのが現実的です。

課税事業者の間に建物を売ると消費税がかかる

課税事業者の間に賃貸物件を売却すると、土地部分は非課税ですが、建物部分の代金には消費税がかかります。売却する年に課税事業者かどうかは登録の有無や基準期間の課税売上高で決まるため、売却を考えているオーナーは、登録前に時期を確認しておきます。

  • 課税収入(事務所・店舗の家賃、駐車場代、設置料)の年額
  • 基準期間(個人は前々年)の課税売上高が1,000万円以下か
  • 借主ごとに、課税事業者か、本則課税か簡易課税か
  • 登録の依頼や家賃見直しの相談が来ているか
  • 2割特例・3割特例・簡易課税で計算した納税額
  • 建物の売却・建替え・大規模修繕の予定
  • 家賃の請求・集金を管理会社に任せているか

登録するかどうかは、物件の構成と借主の申告方法で答えが変わります。納税額と家賃交渉への影響の試算は、初回無料でご相談いただけます。

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登録後の実務:契約書・請求書・管理会社で確認すること

登録する場合は、賃貸借契約書の家賃が税込か税抜かを確認し、必要に応じて覚書で消費税の記載を明確にします。税込の家賃を据え置けば、消費税分はオーナーの手取りから納めることになります。

インボイスには、登録番号、取引年月日、取引内容、税率ごとに区分した対価の額と適用税率、消費税額等、交付先の名称を記載します。毎月の請求書を発行しない家賃は、これらを記載した契約書や通知書と、振込の記録をあわせてインボイスとして扱えます。既存の契約は、登録番号などを書面で通知する方法で対応できます。

  • 借主と管理会社に、登録番号と登録日を書面で通知する
  • 管理会社が家賃を請求・集金している場合は、管理会社がオーナーに代わってインボイスを交付する方法もある(オーナーと管理会社の双方が登録事業者で、オーナーが登録の事実を管理会社に通知していることなどが条件)
  • 振込手数料を差し引いて家賃が入金された場合は、売上の値引きとして処理すれば、1万円未満の返還インボイスは交付不要
  • 本則課税なら、修繕・清掃などの仕入先のインボイスを保存する。税込1万円未満の仕入れは、基準期間の課税売上高が1億円以下などの要件を満たせば帳簿の記載だけで控除できる(少額特例、2029年9月30日まで)
  • メールやPDFで受け取った請求書は、電子取引データとして電子のまま保存する(2024年1月1日以後は義務)

札幌市内のオーナーの場合

消費税の申告先は物件の所在地ではなく、オーナーの住所地(法人は本店所在地)を管轄する税務署です。例えば北区・東区・石狩市にお住まいなら札幌北税務署、白石区・厚別区・江別市なら札幌東税務署です。申告書などの書面を郵送する場合は、2026年7月10日から札幌業務センターあてに送ります(e-Taxと窓口への持参は所轄の税務署)。

冬の除排雪を業者に頼んでいる物件では、本則課税ならその消費税も控除の対象になります。住宅と店舗が混在する建物では、課税売上の割合などに応じて控除できる額が限られます。簡易課税・2割特例・3割特例では、仕入れの消費税は納税額の計算に影響しません。

よくある質問

住宅だけを貸しています。管理会社から登録番号を聞かれましたが、登録は必要ですか?

住宅家賃は非課税でインボイスとは関係しないため、登録していない旨を伝えれば足ります。管理会社がオーナー全員に一律で確認している場合もあります。ただし、駐車場代や設置料など課税の収入があるなら、その借主が誰かは確認しておきましょう。

免税事業者のまま、家賃を「税込」として受け取ってもよいですか?

免税事業者でも、家賃の金額や税込という表示は契約で自由に決められます。ただし、登録番号のような番号を記載するなど、インボイスと誤認されるおそれのある書類を交付することは法律で禁止されています。

年の途中で登録した場合、その年の消費税はどうなりますか?

免税事業者が年の途中で登録すると、登録日から課税事業者になり、登録日以後の課税売上が申告の対象になります。登録希望日は、申請書の提出日から15日以降の日を指定できます(2029年9月30日を含む課税期間までの取扱い)。

登録をやめたくなったら、すぐにやめられますか?

登録の取消しは、やめたい課税期間の初日から数えて15日前までに届出書を出す必要があります。また、登録した時期によっては、取り消しても一定期間は免税事業者に戻れない場合があるため、登録前に確認しておくと安心です。

駐車場を数台だけ貸しています。登録しないと困ることはありますか?

借主が近所に住む個人なら影響はありません。法人の社用車や店舗の来客用として借りている場合、その借主が本則課税なら控除が減るため、相談を受けることがあります。課税売上が少なければ、登録せずに借主と条件を話し合う選択肢もあります。

まとめ

不動産賃貸オーナーのインボイス対応は、収入を課税と非課税に分け、課税収入の借主が本則課税かどうかを確かめるところから始まります。免税のままなら2026年10月1日〜2028年9月30日は借主の控除が70%に下がり、登録すれば個人は2割特例・3割特例で納税額を抑えられます。建物の売却予定も含め、借主への影響と自分の納税額を数字で比べて決めましょう。

札幌の公認会計士・税理士事務所

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出典・参考(公的機関)

本記事は2026年10月時点の法令等に基づく一般的な解説です。個別の状況により取扱いが異なる場合がありますので、実際の申告・手続きは税理士等の専門家にご相談ください。

更新履歴:2026年10月 全面改訂(令和8年度税制改正を反映)

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