合同会社から株式会社への組織変更｜手続きの流れ・費用・税務の注意点

合同会社から株式会社への組織変更は、会社を解散せずに法人格を引き継いだまま株式会社に変える手続きで、官報公告を含む債権者保護手続きがあるため最短でも約2か月かかります。手続きの流れ、登録免許税などの費用、事業年度・欠損金・インボイスの税務上の注意点を整理します。

組織変更とは何か：会社を続けたまま株式会社に変える手続き

会社法上の「組織変更」は、合同会社などの持分会社が株式会社に変わる（またはその逆の）手続きです。会社そのものは同一性を保ったまま、法人の種類だけを変える点が特徴です。解散して新たに設立するわけではないため、既存の契約・口座・許認可の名義を引き継ぎやすい一方、債権者保護手続きが必要なため一定の期間がかかります。

• 組織変更後の会社：同一の法人格が続きます（法人番号は変わりません）
• 出資者の構成：合同会社の社員が、株式会社の株主になる形で移行します
• 登記の形：合同会社の解散の登記と、株式会社の設立の登記を同時に申請し、それぞれに登録免許税がかかります

検討のきっかけとして多いのは、上場の準備、外部の投資家からの出資の受入れ、採用の強化などです。株式会社になると、株式や新株予約権を使った資金調達ができ、対外的な信用の面でも説明しやすくなります。その代わり、毎年の手続きの負担は増えます。

株式会社を新しく設立して事業を移す方法もありますが、契約や許認可の移し替え、資産の移転にかかる税金などが生じます。違いを比べると、組織変更が向いている場面が分かります。

比較の観点	組織変更	株式会社を新設して事業を移す
会社（法人格）	同じ会社が続く	別の会社になる
契約・口座・許認可	名義の変更で足りることが多い	結び直し・取り直しが必要になることが多い
繰越欠損金	そのまま使える	事業を譲渡しても新会社には移らない
資産の移転と税金	資産は移らないため、移転に伴う課税は生じない	事業譲渡として資産を移すため、譲渡損益や消費税が生じる場合がある
登録免許税	解散の登記と、組織変更による設立の登記（通常の設立より低い区分）	株式会社の設立は資本金の0.7%（最低15万円）。元の合同会社を閉じる費用も別にかかる
期間	債権者保護手続きがあり、最短でも約2か月	設立は短期間でも、契約や許認可の移し替えに時間がかかる

なお、合同会社から合名会社・合資会社への変更は、同じ持分会社の中での「種類の変更」で、組織変更とは別の手続きです。新設する場合の手順は株式会社設立の流れと必要日数で確認できます。

手続きの流れと期間：最短でも約2か月

組織変更は、おおむね次の順序で進めます。各ステップに会社法上の要件があるため、司法書士・税理士と連携して進めるのが安全です。

ステップ	主な内容	必要期間の目安
①組織変更計画の作成	組織変更計画書を作成し、効力発生日の前日までに総社員の同意を得る（会社法第781条。定款に別段の定めがある場合を除く）	1〜2週間
②債権者保護手続き	官報公告（1か月以上）と、知れている債権者への個別の催告を行い、異議を述べる期間を設ける	1か月以上（官報公告期間）
③組織変更の登記	効力発生日の後、合同会社の解散の登記と株式会社の設立の登記を同時に申請する	登記申請後1〜2週間
④各種名義変更・届出	税務署・北海道・市町村・金融機関・取引先・年金事務所などへの変更手続き	登記後、順次対応

組織変更計画には、株式会社の目的・商号・本店の所在地・発行可能株式総数などの定款の内容、取締役の氏名、社員が受け取る株式の数、効力発生日などを定めます。商号は「株式会社」を含むものに改める必要があります。新しく設立する場合と違い、公証人による定款の認証は不要です。

債権者保護手続きでは、官報への公告に加えて、取引先や金融機関など知れている債権者へ個別に催告します。定款で定めた公告方法が電子公告などの場合は、官報との二重の公告で個別の催告を省略できる場合があります。異議を述べた債権者には、弁済や担保の提供などで対応します。

組織変更の効力は、登記の日ではなく、組織変更計画で定めた効力発生日に生じます。債権者保護手続きが終わっていないと効力は生じないため、効力発生日は余裕をもって設定し、間に合わなければ変更します。効力発生日の後、法定の期限内に本店所在地の法務局へ登記を申請します。

費用はいくら？登録免許税・官報公告・専門家の報酬

組織変更にかかる費用は、登録免許税と官報公告の掲載料という法定の実費に、司法書士などの専門家の報酬を加えた額です。金額は資本金の額・債権者の数・依頼する範囲によって変わります。

費用の項目	内容	金額が決まる要素
登録免許税（合同会社の解散の登記）	組織変更前の合同会社について申請する登記の税	1件ごとの定額。国税庁の登録免許税の税額表で確認する
登録免許税（組織変更による株式会社の設立の登記）	資本金の額に税率を掛けて計算し、最低額がある。新しく株式会社を設立する場合（資本金の0.7%、最低15万円）より低い税率の区分	組織変更にあわせて資本金を増やすと、増えた部分には通常の設立と同じ税率がかかる
官報公告の掲載料	債権者保護手続きの公告	掲載する行数で決まる。概算で3万〜5万円程度
司法書士の報酬	組織変更計画書・定款・登記申請書類の作成と申請、公告の手配	債権者の数、定款の内容、役員の構成、商号・目的などの同時変更の有無
税理士の報酬	税務上の影響の確認、届出、組織変更前後の決算・申告	事業年度との関係、欠損金や役員給与の論点の有無
その他の実費	会社の印鑑の作り直し、登記事項証明書の取得、名刺・看板・ウェブサイトの表記変更	作り直す物の量

見積もりを依頼するときは、資本金の額、主な債権者の数、組織変更と同時に変えたい事項（商号・目的・役員など）を伝えると比較しやすくなります。登録免許税は、次のツールで登記の種類ごとに確認できます。

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ツール登録免許税を登記の種類別に計算する会社の設立や変更など、登記の種類ごとに登録免許税の額を確認できます。計算する

株式会社になった後に毎年かかる手間と費用

組織変更の費用は一度きりですが、株式会社には継続的な負担があります。毎年の決算公告（官報などへの掲載）、取締役などの任期が満了するたびの変更登記、定時株主総会の運営と議事録の作成です。組織変更を決める前に、これらを毎年続けられる体制かどうかも確認しておきましょう。

税務上の注意点：事業年度・欠損金・消費税・役員給与

組織変更では登記上「解散」と「設立」が行われますが、法人税法上は解散や設立はなかったものとして扱われ、事業年度は組織変更で区切られずに続きます（法人税基本通達1-2-2）。組織変更の日に決算をして申告を分ける必要はなく、その事業年度の申告は株式会社として行います。

論点	組織変更後の扱い	確認すること
事業年度	区切られずに続く（消費税の課税期間も同様）	定款で事業年度を変える場合は、事業年度の変更として届け出る
青色申告の承認	同じ法人として、引き続き効力がある	改めての申請は原則として不要
繰越欠損金	そのまま繰り越して控除できる（2018年4月1日以後に開始した事業年度の欠損金は10年。中小法人等は所得の全額まで控除できる）	新しい株主が過半数の株式を持ち、その後に事業を大きく変えるなどの事由があると、使えなくなる規定がある
消費税の納税義務・届出	基準期間の課税売上高は合同会社の期間から続けて判定し、簡易課税などの届出の効力も続く	基準期間・特定期間の判定を組織変更前の数字で確認する
インボイス	登録番号は「T＋法人番号」のため変わらない	登録されている名称の変更を届け出て、請求書の会社名を改める
役員給与	事業年度が続くため、組織変更は報酬を改定する区切りにならない	期の途中で増額すると、定期同額給与（期首から3か月以内の改定など）から外れ、損金にならないおそれがある
社員への金銭などの交付	株式の代わりに金銭などを交付すると、みなし配当などの課税関係が生じる場合がある	組織変更計画で、社員に何を交付するかを事前に決めておく
法人住民税の均等割	資本金等の額と従業者数で決まるため、資本金等が変わらなければ区分も変わらない	札幌市内の資本金等1,000万円以下・従業者50人以下の法人なら、北海道2万円＋札幌市5万円の年7万円

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ツール繰越欠損金の控除限度を計算する所得の金額と繰越欠損金を入れると、その事業年度に控除できる額の目安を確認できます。計算する

役員報酬を見直したい場合は、組織変更の効力発生日を期首（事業年度の初日）にそろえ、期首から3か月以内に改定する方法も考えられます。登記が完了したら、税務署には異動届出書を、北海道と市町村にも組織変更の届出を出します。札幌の税務署の管轄で書面を郵送する場合、送付先は2026年7月10日から内部事務を集約した札幌業務センターです。

組織変更後に名義変更が必要になるもの

銀行口座、リース契約、賃貸借契約、許認可などは、組織変更後も法人格の同一性が保たれるため、契約自体を結び直す必要がないケースが多くあります。一方、取引先によっては会社名の変更の届出や、登記事項証明書の再提出を求められることがあります。

相手先	主な手続き・確認すること
金融機関	預金口座の名義変更、届出印の変更、借入れや保証の契約の名義の確認
リース・賃貸借・取引基本契約	相手方への通知、契約書に記載された会社名・法人の種類の確認
許認可の窓口	変更の届出の要否（業種によって異なるため事前に確認）
不動産・自動車	会社名義の不動産は登記の名義人の表示（名称）の変更、自動車は車検証の名義の変更
税務署・北海道・市町村	組織変更の届出（税務署は異動届出書）
インボイス	登録されている名称の変更の届出
年金事務所・労働基準監督署・ハローワーク	社会保険・労働保険の適用事業所の名称変更の届出
取引先・顧客	請求書・見積書の会社名、振込先の口座名義の案内

主要な取引先や金融機関には、組織変更のスケジュールを事前に伝えておくと、書類のやり取りがスムーズです。振込先の口座名義が変わる場合は、入金の照合でトラブルにならないよう、請求書で早めに案内します。

見落としやすいポイント

• 商号・印鑑：商号を「株式会社」に改めるのにあわせて会社の実印・銀行印を作り直す場合は、法務局への印鑑の届出や金融機関の届出印の変更もあわせて行う
• 就業規則・社会保険の届出名義：従業員がいる場合は、就業規則の会社名の表記や、社会保険・労働保険の適用事業所名も変更の届出が必要
• 各種契約書の会社名表記：取引基本契約やリース契約などの会社名・法人の種類が、組織変更前のままになっていないか確認する
• 許認可の名義：業種によっては、法人の種類の変更を機に届出の対象になることがあるため、所管の窓口に事前に確認する
• 機関設計と株式の譲渡制限：取締役会を置くか、株式の譲渡に会社の承認を必要とするかを、組織変更計画で定める定款で決めておく
• 役員の任期：取締役には任期があり、満了ごとに変更登記が必要になる。非公開会社なら定款で長めに設定できる

専門家との役割分担：司法書士・税理士・社会保険労務士

組織変更は会社法上の手続きが中心のため、登記は司法書士が担当し、税務署・都道府県・市町村への届出や税務上の取扱いは税理士が担当するというように、役割が分かれています。どちらか一方にだけ相談すると手続き漏れが生じることもあるため、早い段階で両方の専門家に連絡しておくと安心です。

専門家	主な担当
司法書士	組織変更計画書・定款の作成、官報公告と催告の手配、解散・設立の登記
税理士	事業年度・欠損金・役員給与・消費税への影響の確認、税務署などへの届出、決算・申告
社会保険労務士	社会保険・労働保険の名称変更の届出、就業規則の見直し
行政書士	許認可の変更の届出（業種によって必要な場合）

当事務所では、組織変更の時期や税務上の影響を整理したうえで、登記は司法書士と連携して進められます。組織変更の前後の決算・申告は、継続的な会計・税務顧問の契約の中でお受けしています。

よくある質問

まとめ

合同会社から株式会社への組織変更は、債権者保護手続き（官報公告を含む）が必要なため最短でも約2か月かかります。費用は登録免許税（解散と設立の2件分）・官報公告・専門家の報酬で決まります。税務上は事業年度や欠損金がそのまま続く一方、期の途中の役員報酬の改定やインボイスの名称変更などの確認が必要です。効力発生日を決める前に、司法書士と税理士へ早めに相談しておきましょう。