調剤薬局の開業届と税務の届出一覧｜薬局開設許可・保険薬局指定との順番

調剤薬局の開業届と税務の届出は、薬局開設許可・保険薬局の指定という許認可の流れと並行して進めます。税務署への開業届や青色申告承認申請書に加え、医薬品在庫の評価方法や、調剤報酬は非課税・OTC医薬品は課税という消費税の区分を、開業時に整理しておくことが大切です。

調剤薬局の開業で必要な手続きは？許認可と税務の全体像

調剤薬局の開業手続きは、薬局を開いて保険調剤を行うための許認可と、事業を始めたことを税務署などに知らせる税務の届出の2本立てです。保険調剤ができるのは保険薬局の指定を受けてからなので、実際には許認可の日程が開業日を決めます。

1. 物件と構造設備の事前相談薬局には構造設備の基準があるため、内装工事の前に図面を用意して、許可の窓口に事前相談します。
2. 薬局開設許可の申請医薬品医療機器等法（薬機法）に基づく許可です。薬局の所在地が保健所を設置する市（札幌市など）にある場合は、市長の許可になります。
3. 保険薬局の指定申請開設許可を受けた後、北海道厚生局に申請します。指定を受けるまでは保険調剤ができないため、指定日から逆算して開業日を決めます。
4. 税務の届出開業日が決まったら、開業届や青色申告承認申請書などを税務署へ、個人事業税や法人の設立の届出を北海道・市へ出します。
5. 取扱内容に応じた追加の手続き麻薬を扱うなら麻薬小売業者の免許、算定する調剤報酬に応じた施設基準の届出など、必要な手続きを時期に合わせて進めます。

許認可の窓口や必要書類、指定日の扱いは変わることがあるため、各窓口の案内で確認してください。薬事の申請書類は薬局の開設支援に慣れた専門家に、税務の届出と記帳の体制づくりは税理士に、と分担して進めると抜け漏れを防げます。

税務署・道・市に出す届出と期限は？個人開業と法人設立の違い

税務の届出は、個人で開業するか法人を設立するかで、書類名と期限の数え方が変わります。法人の期限は設立の日（登記の日）から数えるため、登記が済んだらすぐに準備を始めます。

届出（提出先）	個人で開業する場合	法人を設立する場合
開業・設立の届出（税務署）	個人事業の開業・廃業等届出書：開業の日から1か月以内	法人設立届出書：設立の日以後2か月以内
青色申告の承認申請書（税務署）	その年の3月15日まで（1月16日以後に開業した場合は開業の日から2か月以内）	設立の日以後3か月を経過した日と、最初の事業年度終了の日のいずれか早い日の前日まで
給与支払事務所等の開設届出書（税務署）	開設の日から1か月以内	同左（役員報酬だけを払う場合も必要）
源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書（税務署）	給与の支払いを受ける人が常時10人未満なら随時	同左
棚卸資産の評価方法の届出書（税務署）	開業した年分の確定申告期限まで	設立第1期の確定申告期限まで
減価償却資産の償却方法の届出書（税務署）	同上（届出がなければ定額法）	同上（届出がなければ定率法。建物・建物附属設備などは定額法）
道税事務所（北海道）	個人事業税の事業開始等申告書	法人の設立の届出
市（市税）	事業用の設備があれば償却資産の申告（毎年1月31日まで）	法人の設立の届出、償却資産の申告
年金事務所	常時5人以上を使用する場合に新規適用の届出	役員1人だけでも新規適用の届出

医薬品在庫を抱える薬局では、棚卸資産の評価方法と減価償却の方法の選択が、毎年の利益の出方に影響します。届出をしなければ法定の方法（棚卸資産は最終仕入原価法）になるため、別の方法を選ぶ場合は、最初の確定申告期限までに届け出ます。

どの税務署に出す？提出方法の注意点

提出先の税務署は、個人は納税地（原則は自宅の住所地）、法人は本店所在地で決まり、薬局の所在地とは限りません。札幌市内では、北区・東区なら札幌北税務署、白石区・厚別区なら札幌東税務署のように区ごとに管轄が決まり、中央区は住所によって札幌中税務署と札幌西税務署に分かれます。

2026年7月10日からは、市内5署の内部事務が札幌業務センターに集約され、書面で郵送する届出書は同センターあてに送ります。e-Taxでの提出と窓口への持参は、これまでどおり所轄の税務署です。

消費税はどうなる？調剤報酬は非課税、OTC医薬品は課税

保険調剤の収入（調剤報酬）は、社会保険医療として消費税法で非課税とされています。窓口で受け取る一部負担金も調剤報酬の一部なので非課税です。一方、OTC医薬品（一般用医薬品）や衛生用品の販売、自費の調剤などは課税売上になります。

収入の種類	消費税	ポイント
保険調剤（保険者からの支払い・窓口の一部負担金）	非課税	課税売上高には含めない。課税売上割合の計算では分母にだけ入る
介護保険の居宅療養管理指導	非課税	介護保険の給付の対象となる部分
OTC医薬品・医薬部外品・衛生用品の販売	課税（10%）	医薬品・医薬部外品は飲食料品に当たらない
特定保健用食品・栄養機能食品などの食品	課税（軽減税率8%）	レジで税率を分けて管理する
自費の調剤など保険外の収入	課税（10%）	保険調剤と混ざらないよう区分して記録する

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円以下なら原則として免除されます。非課税の調剤報酬はこの課税売上高に含めないため、売上の大半が保険調剤の薬局では、総売上が大きくても免税事業者になることがあります。

課税事業者になると、仕入れの消費税のうち控除できる額は、課税売上割合と、個別対応方式・一括比例配分方式のどちらを使うかで変わります。保険調剤に使う医薬品の仕入れは非課税売上に対応するため、個別対応方式では控除できず、一括比例配分方式でも課税売上割合の分しか控除できません。

インボイス登録をするかどうかは、取引先で判断します。患者や一般の買い物客が中心なら、登録しなくても取引への影響は小さいことが多いでしょう。介護施設などの事業者に衛生材料などを販売する取引が多い場合は、相手が仕入税額控除を受けられるかどうかを踏まえて検討します。

免税事業者が登録した場合、個人は令和8年分まで2割特例、令和9・10年分は3割特例を使えます。法人の2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終わり、後継の特例はありません。基準期間の課税売上高が5,000万円以下なら簡易課税も選べ、OTC医薬品などを仕入れてそのまま販売する部分は第2種（小売業、みなし仕入率80%）です。新たに事業を始めた場合は、その課税期間中に届出をすれば初年度から適用できます。登録の判断はインボイス制度の実務ガイドでも詳しく整理しています。

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医薬品在庫と分包機などの設備は、どう処理する？

期末の医薬品在庫は棚卸資産として計上する

決算日（個人は12月31日）に残っている医薬品は、棚卸資産として売上原価から差し引きます。在庫を数えずに仕入れた額をすべて経費にすると、利益が実際より小さく計算され、税務調査で指摘を受ける原因になります。

医薬品は品目数が多いため、レセコンや在庫管理システムのデータと実地の棚卸を突き合わせて数量を確定します。評価方法は、届出をしなければ最終仕入原価法です。棚卸の手順を毎期そろえておくと、利益の比較もしやすくなります。

期限切れ・後発医薬品への切り替えで生じる在庫に注意

使用期限切れや破損で廃棄した医薬品は、廃棄損として経費にできます。廃棄した日・品目・数量・金額を記録し、処理業者に委託した場合は委託契約書や処理を証明する書類も保存しておくと、在庫の減少を説明しやすくなります。

先発品から後発医薬品（ジェネリック）への切り替えでは、使わなくなった先発品の在庫が残りやすくなります。返品できるものは卸と調整し、残ったものは期限や廃棄の状況を記録しておくと、期末の評価で迷いません。

分包機・レセコンなどは取得価額で処理が変わる

取得価額	処理	ポイント
10万円未満	消耗品費などとして全額経費	使用可能期間が1年未満のものも同様
20万円未満	一括償却資産として3年で均等に経費化も選べる	償却資産の申告の対象外
40万円未満	少額減価償却資産の特例で全額経費（年300万円まで）	青色申告の中小事業者が対象。2026年4月1日以後の取得（それまでは30万円未満）、2029年3月31日まで。償却資産の申告の対象
上記以外	耐用年数に応じて減価償却	分包機・調剤台・内装工事など資産の種類で耐用年数が異なる

分包機や監査システム、調剤台、パソコンなどの事業用資産は、毎年1月31日（休日の場合は翌開庁日）までに市へ償却資産の申告をします。免税点は令和9年度分（2027年1月1日が賦課期日）から150万円が180万円に引き上げられます。

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調剤報酬はいつ売上にする？開業1年目の資金繰りと記帳

調剤報酬のうち保険者が負担する部分は、レセプト（調剤報酬明細書）で請求し、審査を経てから入金されます。調剤した月と入金の月がずれるため、開業当初は医薬品の仕入代金や人件費の支払いが先行します。

売上は入金の時ではなく、調剤した時点で計上するのが原則です。決算日時点で未入金の調剤報酬は未収金として計上し、返戻や査定で請求額が変わった分は、確定した時点で調整します。入金の時に売上を計上する方法を続けると、決算月前後の売上がずれて計上されてしまいます。

• 調剤報酬の請求額と入金額の差（返戻・査定）を月ごとに照合する
• 窓口の一部負担金はレジの日計と入金額を毎日そろえ、後日払いの分は一覧で管理する
• 医薬品の仕入額と在庫金額の推移を月次で確認する
• 卸からの値引きや割戻しの通知を、対応する仕入と結び付けて記録する
• 融資の返済日と調剤報酬の入金日を並べ、手元資金が不足する月がないか確認する

開業資金は、内装や分包機などの設備資金に加えて、入金までの医薬品仕入と人件費をまかなう運転資金を見込みます。日本政策金融公庫の新規開業・スタートアップ支援資金は、開業前からおおむね7年以内の事業者が対象で、限度は7,200万円です。返済期間は設備資金20年以内、運転資金10年以内（据置5年以内）です。

薬剤師や事務スタッフを雇うときの届出と社会保険は？

給与を払う場合は、給与支払事務所等の開設届出書を出し、毎月の給与から源泉所得税を差し引いて納めます。納付は原則として翌月10日です。給与の支払いを受ける人が常時10人未満なら、納期の特例の承認を受けて、1〜6月分を7月10日、7〜12月分を翌年1月20日の年2回にまとめられます。

社会保険は、法人なら役員1人でも加入が義務です。調剤薬局は法定の業種に含まれるため、個人開業でも常時5人以上を使用すると健康保険・厚生年金保険の強制適用事業所になります。労災保険は労働基準監督署、雇用保険はハローワークで手続きします。

項目	2026年10月時点の値
北海道の最低賃金	時間額1,131円（2026年10月1日から）
健康保険料率（協会けんぽ北海道）	10.28%（介護保険の対象者は別に1.62%）
子ども・子育て支援金	0.23%（令和8年4月分から、労使折半）
厚生年金保険料率	18.3%
雇用保険料率（一般の事業）	13.5/1000（労働者5／事業主8.5。2026年4月1日〜2027年3月31日）

事務スタッフをパートで雇う場合は、月給の人も含めて時間あたりの賃金が最低賃金を下回っていないかを確認します。年末調整の後は源泉徴収票と給与支払報告書を作り、給与支払報告書は従業員が住む市区町村へ出します。年間の期限は個人事業主の年間スケジュールで確認できます。

開業前の支出の扱いと、個人か法人かの判断は？

開業準備のために支出した広告費、研修費、開業前の打合せの交通費などは「開業費」として資産に計上し、開業後に任意の時期に経費にできます。内装工事や分包機などは開業費ではなく、減価償却資産として扱います。領収書は開業前の分も保存しておきましょう。

個人で開業すると、事業の利益に累進税率の所得税がかかり、開設者本人への給与は経費になりません。法人を設立すると、役員報酬を経費にでき、所得800万円以下の部分の法人税率は15%（2027年3月31日までに開始する事業年度）です。その一方で、赤字でも均等割が最低で年7万円かかり、社会保険にも加入します。

個人と法人のどちらで始めるかは、見込みの利益、従業員の数、将来の店舗展開で判断が分かれます。判断の目安は調剤薬局の法人化のタイミングと判断基準で詳しく整理しています。

よくある質問

まとめ

調剤薬局の開業では、薬局開設許可と保険薬局の指定の日程が開業日を決め、税務の届出はその日程に合わせて税務署・北海道・市へ出します。税務では、調剤報酬は非課税・OTC医薬品は課税という消費税の区分、医薬品在庫の評価方法、調剤報酬の未収計上を最初に整えておくと、開業1年目の申告と資金繰りが安定します。