整骨院・接骨院のインボイス対応｜自費の課税判定と登録の判断基準

整骨院・接骨院のインボイス対応は、健康保険の療養費が消費税の非課税で、自費施術と物販などだけが課税売上になる点から考えます。患者さんが個人中心なら登録を急ぐ必要は高くありませんが、企業契約やトレーナー契約など事業者向けの収入がある院は、納税額を試算して登録を判断します。

整骨院の売上は何が課税で、何が非課税？

柔道整復師の施術のうち、骨折・脱臼・打撲・捻挫などに対する健康保険の対象となる施術（療養費）は、消費税が非課税です。受領委任の仕組みで患者さんから受け取る窓口負担金も療養費の一部なので、同じく非課税になります。

一方、保険の対象にならないメニューや物販は課税売上です。同じ院の売上に非課税と課税が混ざるため、収入の種類ごとに扱いを決めておくことが、インボイス対応と消費税の判定の出発点になります。

収入の種類	消費税	判断のポイント
健康保険の療養費（保険者に請求する分）	非課税	骨折・脱臼・打撲・捻挫など、保険の対象となる施術
窓口負担金（患者さんから受け取る分）	非課税	療養費の一部なので保険施術と同じ扱い
自費施術（骨盤矯正・産後ケア・マッサージなど）	課税（10%）	保険の対象外のメニューは課税売上
物販（サポーター・テーピング・インソールなど）	課税（10%）	健康食品・サプリメントなどの飲食料品は軽減税率8%
企業・スポーツチームなどとの契約収入	課税（10%）	相手が事業者なので、インボイスを求められやすい
施術所の一部を貸した賃料	課税（10%）	店舗・事務所としての貸付けは課税、住宅の貸付けは非課税
交通事故の施術（自賠責保険・任意保険）	個別に確認	支払いの根拠や契約の形によって判断が分かれやすい

健康食品やプロテインを販売している院は、税率が8%になる点に注意します。医薬品・医薬部外品は飲食料品に当たらないため10%です。商品ごとに税率をレジに登録しておくと、レシートと帳簿の税率がずれません。

インボイス登録は必要？患者さんと取引先の構成で判断する

インボイス（適格請求書）が必要になるのは、買い手が事業者で、仕入税額控除のために求めてくる場合です。整骨院の主な顧客は一般の患者さん（消費者）なので、インボイスの発行を求められる場面はほとんどありません。

治療を目的とした柔道整復師の施術代は医療費控除の対象になるため、患者さんが領収書を確定申告に使うことはあります。ただし、医療費控除は所得税の手続きで、インボイスである必要はありません。個人事業主の患者さんでも、自分の体の施術代は通常は事業の経費にならないため、インボイスを求められることは多くありません。

すでに課税事業者の院は、登録しても納税額が大きく変わらないため、取引先の求めに応じて登録しても困る場面は多くありません。悩ましいのは、免税事業者のまま事業者向けの収入がある院です。登録すると自費部分の消費税を納めることになるため、取引先の負担と自院の納税額を比べて決めます。制度の全体像は「インボイス制度の実務を全体から確認する」で整理しています。

免税事業者のままだと、取引先の控除はどう変わる？

免税事業者からの仕入れでも、経過措置によって取引先は消費税相当額の一定割合を控除できます。割合は段階的に下がり、施術の提供が終わった日（課税仕入れの日）で判定します。

課税仕入れの日（施術の提供が終わった日）	取引先が控除できる割合
2026年9月30日まで	80%
2026年10月1日〜2028年9月30日	70%
2028年10月1日〜2030年9月30日	50%
2030年10月1日〜2031年9月30日	30%
2031年10月1日以後	0%（控除できない）

取引先が経過措置を使うには、院が発行する領収書・請求書を保存し、帳簿に「70%控除対象」などと記載する必要があります。年間契約で毎月施術している場合は、月ごとの施術の終了日で割合が決まります。割合が下がるときの対応は「経過措置が80%から70%になったときの対応を確認する」でまとめています。

課税事業者になるのはいつ？1,000万円の判定は自費部分だけで行う

消費税の納税義務は、基準期間（個人は前々年、法人は前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定します。ここで使うのは自費施術・物販・契約収入などの課税売上（税抜）だけで、非課税の療養費と窓口負担金は含めません。

基準期間の課税売上高が1,000万円以下でも、特定期間（個人は前年1〜6月、法人は前期の期首から6か月）の課税売上高が1,000万円を超え、その期間の給与等の支払額も1,000万円を超えると、課税事業者になります。自費メニューを強化している院は、自費部分の伸びを毎年確認し、1,000万円を超えた年の翌々年から納税が始まることを前提に資金を準備します。

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ツール課税事業者になるかを判定する基準期間・特定期間の課税売上高などを入れると、消費税の納税義務があるかを確認できます。判定する

なお、インボイスに登録すると、課税売上高が1,000万円以下でも消費税の申告と納税が必要になります。免税事業者が年の途中で登録する場合は、提出日から15日以降の希望日を登録日にでき、この扱いは2029年9月30日を含む課税期間まで使えます。

登録したら消費税はいくら？2割特例・3割特例・簡易課税を比べる

登録して課税事業者になる場合は、納付税額の計算方法の選び方で負担が大きく変わります。整骨院は経費に家賃や人件費が多く、人件費には消費税がかからないため、売上の消費税から差し引ける額が小さくなりがちです。

計算方法	使える人・期間	納付税額の計算	整骨院での注意点
2割特例	登録しなければ免税事業者になる人。個人は令和8年分まで、法人は2026年9月30日を含む課税期間まで（3月決算法人は2027年3月期）	売上の消費税×20%	事前の届出は不要で、申告のときに選ぶ
3割特例	個人事業者だけ。令和9・10年分	売上の消費税×30%	届出不要。法人には後継の特例がない
簡易課税	基準期間の課税売上高5,000万円以下。事前の届出が必要で、2年間は継続	売上の消費税−売上の消費税×みなし仕入率	施術は第5種（50%）、患者さんへの物販は第2種（80%）、他の事業者への卸売は第1種（90%）
本則課税	特例・簡易課税を選ばない場合の原則の方法	売上の消費税−経費の消費税のうち控除できる額	保険収入が多いと課税売上割合が下がり、経費の消費税を全額は控除できない

3割特例は、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える年や、特定期間で課税事業者になる年、課税期間を短縮している年などには使えません。要件の詳細は「2割特例の終了後に使える3割特例の要件を確認する」で解説しています。

この例のように、非課税の保険収入が多い院ほど本則課税は不利になりやすく、特例や簡易課税との差が開きます。本則課税でも、自費・物販のためだけの仕入れを区分できれば「個別対応方式」で控除を増やせる場合があるため、仕入れの区分を日頃から残しておくと選択肢が広がります。

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ツール簡易課税・本則課税・2割特例を比較する売上と経費の消費税を入れると、計算方法ごとの納付税額を並べて比べられます。計算する

登録した院の領収書・請求書には何を書く？

登録した院が事業者に渡す請求書・領収書は、インボイスの記載事項を満たす必要があります。企業契約の月ごとの請求書や、物販の卸の納品書が主な対象です。

• 院の名称（個人は氏名でも可）と登録番号
• 施術・販売の年月日
• 施術や商品の内容（軽減税率の対象品はその旨）
• 税率ごとに区分した合計額と適用税率
• 税率ごとに区分した消費税額
• 企業などの取引先の名称

保険施術の窓口負担金は非課税なので、自費施術や物販と同じ領収書に載せる場合は、非課税の金額と課税の金額を分けて書きます。不特定多数の患者さんに渡すレシートは、取引先の名称を省略できる「適格簡易請求書」の対象になるかを確認しておきます。

企業などの取引先への返金や値引きでも、税込1万円未満なら返還インボイスの交付は不要です。課税事業者になったあと本則課税で計算する場合は、税込1万円未満の消耗品などの仕入れをインボイスなしで帳簿の記載だけで控除できる少額特例が、2029年9月30日まで使えます（基準期間の課税売上高1億円以下などの要件あり）。

区分経理でつまずきやすいのは療養費の未収と回数券

課税と非課税の区分は、レセコンの保険請求データと、自費のレジ・キャッシュレス決済のデータを会計ソフトで分けて記録することから始まります。消費税だけでなく所得税の計算でも、整骨院ならではのずれが起きやすい論点があります。

• 療養費は施術から入金まで時間がかかるため、年末（法人は期末）に請求済み・未入金の分を売上（未収金）として計上する
• 返戻や減額になった療養費は、金額が確定した時点で売上を調整する
• 回数券・コース料金は受け取った時点の前受金と、施術を提供した分の売上を分けて管理し、毎期同じ方法で処理する
• キャッシュレス決済は、手数料を引いた入金額ではなく施術代の総額を売上にし、手数料は経費に分ける
• 決済サービスの利用明細やネット通販の領収書は、電子取引データとして電子のまま保存する

2024年1月1日以後の電子取引で受け取った領収書・請求書は、印刷して保存するだけでは足りず、電子帳簿保存法の要件に沿って電子データで保存する必要があります。区分の誤りは、課税売上高の判定（1,000万円）にも直接響くため、月次で税区分を確認する習慣をつけておくと安心です。

よくある質問

まとめ

整骨院・接骨院のインボイス対応は、保険施術が非課税で自費・物販だけが課税という区分を土台に、事業者向けの収入があるかどうかで登録を判断します。免税事業者のままでいられるかは自費部分の課税売上高で決まり、登録する場合は令和8年分までの2割特例、令和9・10年分の3割特例、簡易課税を比べて計算方法を選びます。日頃から課税と非課税を分けて記録しておくことが、判定と申告の両方を楽にします。